← 返回搜索
3gty

Promiscuous Substrate Recognition in Folding and Assembly Activities of the Trigger Factor Chaperone

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 112.7 Å Quality: REASONABLE
▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Trigger factor

Thermotoga maritima

UniProt Q9WZF8

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 X； UniProt 1–425 未记录 30S ribosomal protein S7 × 1 （P38526） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；5-10 % PEG4000, 100 NaOAc, pH 5.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K 分辨率 3.40 Å R-free 0.329
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 X； UniProt 1–425 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；5-10 % PEG4000, 100 NaOAc, pH 5.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K 分辨率 3.40 Å R-free 0.329

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3GTY Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2NSA Structures of and interactions between domains of trigger factor from Themotoga maritim 提交 2006-11-03 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 244–405（162 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.4；293 K；1.35M ammonium sulfate 0.05M TrisCl, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
分辨率 1.70 Å R-free 0.252
2NSA Structures of and interactions between domains of trigger factor from Themotoga maritim 提交 2006-11-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 244–405（162 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SO4 SULFATE ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.4；293 K；1.35M ammonium sulfate 0.05M TrisCl, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
分辨率 1.70 Å R-free 0.252
2NSB Structures of and interactions between domains of trigger factor from Themotoga maritima 提交 2006-11-03 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–109（109 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；14% PEG 4000, 0.2M potassium chloride 0.2M, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
分辨率 3.20 Å R-free 0.262
2NSB Structures of and interactions between domains of trigger factor from Themotoga maritima 提交 2006-11-03 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–109（109 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；14% PEG 4000, 0.2M potassium chloride 0.2M, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
分辨率 3.20 Å R-free 0.262
2NSC Structures of and interactions between domains of trigger factor from Themotoga maritima 提交 2006-11-03 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–109（109 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；293 K；15% PEG 4000, 0.2M potassium chloride, 0.1M MES, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K, pH 6.50
分辨率 2.20 Å R-free 0.260
2NSC Structures of and interactions between domains of trigger factor from Themotoga maritima 提交 2006-11-03 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–109（109 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；293 K；15% PEG 4000, 0.2M potassium chloride, 0.1M MES, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K, pH 6.50
分辨率 2.20 Å R-free 0.260
3GU0 Promiscuous Substrate Recognition in Folding and Assembly Activities of the Trigger Factor Chaperone 提交 2009-03-28 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–405（405 aa） 片段：residues 1-405
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；10-15% PEG4000, 200 MgCl2, 100 Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.50 Å R-free 0.358
6J0A Crystal structure of E. coli methionine aminopeptidase enzyme and chaperone trigger factor fitted into the cryo-EM density map of the complex 提交 2018-12-22 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 Q 1–405（405 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 14.20 Å

共 5 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TIG_THEMA
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 X； PDB构建体 1–425； UniProt 1–425

30S ribosomal protein S7

Thermotoga maritima

UniProt P38526

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 S； UniProt 9–155 片段：sequence database residues 9-155 Trigger factor × 1 （Q9WZF8） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；5-10 % PEG4000, 100 NaOAc, pH 5.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K 分辨率 3.40 Å R-free 0.329
3 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 S； UniProt 9–155 片段：sequence database residues 9-155 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；5-10 % PEG4000, 100 NaOAc, pH 5.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K 分辨率 3.40 Å R-free 0.329

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RS7_THEMA
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 S； PDB构建体 3–149； UniProt 9–155

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3gty

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3gty
下载 Download
▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3gty
沉积日期 deposition_date2009-03-28
结构标题 titlePromiscuous Substrate Recognition in Folding and Assembly Activities of the Trigger Factor Chaperone
关键词 keywords;Chaperone-Client Complex, Cell cycle, Cell division, Chaperone, Isomerase, Rotamase, Ribonucleoprotein, Ribosomal protein, RNA-binding, rRNA-binding, tRNA-binding, Chaperone-Ribosomal protein COMPLEX ;; Chaperone/Ribosomal protein
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier32.61 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron32.55 Å
零角强度 I(0) i067774400.00
分子量 molecular_weight65477.0 kDa
排除体积 excluded_volume82618 ų
包络体积 envelope_volume125280 ų
水化壳体积 shell_volume35033 ų
包络直径 envelope_diameter120.0 Å
壳层 Rg shell_rg35.92 Å
包络 Rg envelope_rg32.40 Å
形状 Rg shape_rg32.54 Å
总 Rg total_rg32.91 Å
总原子数 total_atoms4610
残基数 n_residues561
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax112.7 Å
Rg (实空间) rg_real34.21 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.44 Å
I(0) (实空间) i0_real6.8040e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error8.3530e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal32.78 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal67770000.0000
解质量估计 total_estimate0.6310
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary39.1 Å
偏度 Skewness skewness0.613
峰度 Kurtosis kurtosis-0.018
角度范围 angular_range— – 0.2450 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha2.6780
最高正则化参数 α highest_alpha5918000.0000
实空间数据点数 n_real_points50
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.778; Stabil: 0.878; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.934; Smooth: 0.338
▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id3gtyS00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology455 — Ribosomal Protein S7
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ribosomal protein S7/S5
结构域编号 domain_id3gtyX01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1050 — Trigger factor ribosome-binding domain
结构域编号 domain_id3gtyX02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology50 — Chitinase A; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Transcription elongation factor, GreA/GreB, C-terminal domain
结构域编号 domain_id3gtyX03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology3120 — Trigger factor, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trigger factor, C-terminal domain
▶

8. 引用文献 (1)

▶

9. 文件与曲线 (10)