SAXSdb — 3gty

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Trigger factor

Thermotoga maritima

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	30S ribosomal protein S7 × 1 （P38526）	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	无其他共同聚合物	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TIG_THEMA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 X； PDB构建体 1–425； UniProt 1–425

30S ribosomal protein S7

Thermotoga maritima

UniProt P38526

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Trigger factor × 1 （Q9WZF8）	与蛋白数一致
3	蛋白单体	单体	蛋白 1	无其他共同聚合物	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RS7_THEMA
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 S； PDB构建体 3–149； UniProt 9–155

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3gty
沉积日期 deposition_date	2009-03-28
结构标题 title	Promiscuous Substrate Recognition in Folding and Assembly Activities of the Trigger Factor Chaperone
关键词 keywords	;Chaperone-Client Complex, Cell cycle, Cell division, Chaperone, Isomerase, Rotamase, Ribonucleoprotein, Ribosomal protein, RNA-binding, rRNA-binding, tRNA-binding, Chaperone-Ribosomal protein COMPLEX ;; Chaperone/Ribosomal protein
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3gty__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3gty__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3gty__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	32.61 Å
Rg（电子密度）	32.55 Å
总 Rg	32.91 Å
原子数	4610
残基数	561
排除体积	82618 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3gty__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3gty__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`3gty__assembly_3__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Trigger factor
分子量 formula_weight	51048.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	X
原子数 atom_count	4610

MEVKELERDKNRVVLEYVFGAEEIAQAEDKAVRYLNQRVEIPGFRKGRIPKNVLKMKLGEEFQEYTLDFLMDLIPDTLKDRKLILSPIVTERELKDVTARVVVEVHEEPEVRIGDISKIEVEKVDEEKVLEKYVERRIEDLRESHALLEPKEGPAEAGDLVRVNMEVYNEEGKKLTSREYEYVISEDEDRPFVKDLVGKKKGDVVEIEREYEGKKYTYKLEVEEVYKRTLPEIGDELAKSVNNEFETLEQLKESLKKEGKEIYDVEMKESMREQLLEKLPEIVEIEISDRTLEILVNEAINRLKREGRYEQIVSSYESEEKFREELKERILDDIKRDRVIEVLAQEKGISVNDEELEKEAEELAPFWGISPDRAKSLVKARQDLREELRWAILKRKVLDLLLQEVKVKVVEPKGEGDDSEGKEDNLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Thermotoga maritima
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2336
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S7
分子量 formula_weight	17124.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	S

MGRQIPPDPVFGDVLVAKLINRVMWDGKKTIAQKIVYGAFDIIREKTKKDPLEVFRQAVENVKPVLEVRPRRVGGATYQVPIEVQEPRRTSLALRWIVEAARAKKGRPMKEKLAEEIIAAYNNTGTAIKKKEDTHRMAEANRAFAHYRW

来源 Source

来源生物 organism	Thermotoga maritima
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2336
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	3gtyS00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	455 — Ribosomal Protein S7
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribosomal protein S7/S5

结构域编号 domain_id	3gtyX01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1050 — Trigger factor ribosome-binding domain

结构域编号 domain_id	3gtyX02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	50 — Chitinase A; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Transcription elongation factor, GreA/GreB, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	3gtyX03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	3120 — Trigger factor, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trigger factor, C-terminal domain

▶

晶胞边长 a length_a	94.162 Å
晶胞边长 b length_b	94.162 Å
晶胞边长 c length_c	193.072 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.400 Å
最低分辨率 resolution_low	12.000 Å
R 因子 r_factor	0.2610
R_work r_work	0.2570
R_free r_free	0.3290

Promiscuous Substrate Recognition in Folding and Assembly Activities of the Trigger Factor Chaperone

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Trigger factor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

30S ribosomal protein S7

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3gty__assembly_1__model_1

3gty__assembly_1__model_1 | I(q)

3gty__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Promiscuous Substrate Recognition in Folding and Assembly Activities of the Trigger Factor Chaperone

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Trigger factor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

30S ribosomal protein S7

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3gty__assembly_1__model_1

3gty__assembly_1__model_1 | I(q)

3gty__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)