3gut

Crystal structure of a higher-order complex of p50:RelA bound to the HIV-1 LTR

Method: X-RAY DIFFRACTION

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transcription factor p65

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 4 DNA 2	Nuclear factor NF-kappa-B p105 subunit × 2 （P19838） HIV-LTR Core Forward Strand × 1 HIV-LTR Core Reverse Strand × 1	与全部聚合物一致
2	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 4 DNA 2	Nuclear factor NF-kappa-B p105 subunit × 2 （P19838） HIV-LTR Core Forward Strand × 1 HIV-LTR Core Reverse Strand × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TF65_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–273； UniProt 20–291 作者链 C； PDB构建体 2–273； UniProt 20–291 作者链 E； PDB构建体 2–273； UniProt 20–291 作者链 G； PDB构建体 2–273； UniProt 20–291

Nuclear factor NF-kappa-B p105 subunit

物种未注明

UniProt P19838

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 4 DNA 2	Transcription factor p65 × 2 （Q04206） HIV-LTR Core Forward Strand × 1 HIV-LTR Core Reverse Strand × 1	与全部聚合物一致
2	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 4 DNA 2	Transcription factor p65 × 2 （Q04206） HIV-LTR Core Forward Strand × 1 HIV-LTR Core Reverse Strand × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NFKB1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–312； UniProt 41–352 作者链 D； PDB构建体 1–312； UniProt 41–352 作者链 F； PDB构建体 1–312； UniProt 41–352 作者链 H； PDB构建体 1–312； UniProt 41–352

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3gut
沉积日期 deposition_date	2009-03-30
结构标题 title	Crystal structure of a higher-order complex of p50:RelA bound to the HIV-1 LTR
关键词 keywords	;IG Fold, Protein-DNA Complex, Pseudocontinuous Helix, Rel Family, Multiprotein Assembly, Acetylation, Activator, Alternative splicing, Cytoplasm, DNA-binding, Nucleus, Phosphoprotein, Transcription, Transcription regulation, Ubl conjugation, ANK repeat, Apoptosis, Polymorphism, S-nitrosylation, TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX ;; TRANSCRIPTION/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3gut__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3gut__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3gut__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	38.05 Å
Rg（电子密度）	38.25 Å
总 Rg	38.51 Å
原子数	10320
残基数	1222
排除体积	179400 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3gut__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3gut__assembly_2__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Transcription factor p65
分子量 formula_weight	30984.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G
原子数 atom_count	20640

AYVEIIEQPKQRGMRFRYKCEGRSAGSIPGERSTDTTKTHPTIKINGYTGPGTVRISLVTKDPPHRPHPHELVGKDCRDGYYEADLCPDRSIHSFQNLGIQCVKKRDLEQAISQRIQTNNNPFHVPIEEQRGDYDLNAVRLCFQVTVRDPAGRPLLLTPVLSHPIFDNRAPNTAELKICRVNRNSGSCLGGDEIFLLCDKVQKEDIEVYFTGPGWEARGSFSQADVHRQVAIVFRTPPYADPSLQAPVRVSMQLRRPSDRELSEPMEFQYLPD

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Nuclear factor NF-kappa-B p105 subunit
分子量 formula_weight	34924.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H

GPYLQILEQPKQRGFRFRYVCEGPSHGGLPGASSEKNKKSYPQVKICNYVGPAKVIVQLVTNGKNIHLHAHSLVGKHCEDGVCTVTAGPKDMVVGFANLGILHVTKKKVFETLEARMTEACIRGYNPGLLVHSDLAYLQAEGGGDRQLTDREKEIIRQAAVQQTKEMDLSVVRLMFTAFLPDSTGSFTRRLEPVVSDAIYDSKAPNASNLKIVRMDRTAGCVTGGEEIYLLCDKVQKDDIQIRFYEEEENGGVWEGFGDFSPTDVHRQFAIVFKTPKYKDVNITKPASVFVQLRRKSDLETSEPKPFLYYPE

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	HIV-LTR Core Forward Strand
分子量 formula_weight	7995.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	X,I

AGGGACTTTCCGCTGGGGACTTTCCA

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	HIV-LTR Core Reverse Strand
分子量 formula_weight	7982.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	Y,J

TTGGAAAGTCCCCAGCGGAAAGTCCC

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

CATH v4.4 (16 domains)

结构域编号 domain_id	3gutA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	340 — Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain

结构域编号 domain_id	3gutA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3gutB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	340 — Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain

结构域编号 domain_id	3gutB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3gutC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	340 — Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain

结构域编号 domain_id	3gutC02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3gutD01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	340 — Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain

结构域编号 domain_id	3gutD02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3gutE01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	340 — Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain

结构域编号 domain_id	3gutE02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3gutF01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	340 — Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain

结构域编号 domain_id	3gutF02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3gutG01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	340 — Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain

结构域编号 domain_id	3gutG02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3gutH01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	340 — Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain

结构域编号 domain_id	3gutH02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

▶

晶胞边长 a length_a	167.493 Å
晶胞边长 b length_b	167.493 Å
晶胞边长 c length_c	172.757 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 42
空间群编号 int_tables_number	77
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.590 Å
最低分辨率 resolution_low	46.450 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2450
R_free r_free	0.3010

Crystal structure of a higher-order complex of p50:RelA bound to the HIV-1 LTR

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transcription factor p65

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Nuclear factor NF-kappa-B p105 subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3gut__assembly_1__model_1

3gut__assembly_1__model_1 | I(q)

3gut__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

CATH v4.4 (16 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of a higher-order complex of p50:RelA bound to the HIV-1 LTR

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transcription factor p65

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Nuclear factor NF-kappa-B p105 subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3gut__assembly_1__model_1

3gut__assembly_1__model_1 | I(q)

3gut__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

CATH v4.4 (16 domains)

7. 引用文献 (1)