3gwc

Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis thymidylate synthase X bound to FdUMP and FAD

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Thymidylate synthase thyX

Mycobacterium tuberculosis

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 4 5-FLUORO-2'-DEOXYURIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 4 GLYCEROL × 1 water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 4 5-FLUORO-2'-DEOXYURIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 4 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	THYX_MYCTU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–250； UniProt 1–250 作者链 B； PDB构建体 1–250； UniProt 1–250 作者链 C； PDB构建体 1–250； UniProt 1–250 作者链 D； PDB构建体 1–250； UniProt 1–250 作者链 E； PDB构建体 1–250； UniProt 1–250 作者链 F； PDB构建体 1–250； UniProt 1–250 作者链 G； PDB构建体 1–250； UniProt 1–250 作者链 H； PDB构建体 1–250； UniProt 1–250

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3gwc
沉积日期 deposition_date	2009-03-31
结构标题 title	Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis thymidylate synthase X bound to FdUMP and FAD
关键词 keywords	;ThyX, FAD, FdUMP, Flavoprotein, Methyltransferase, Nucleotide biosynthesis, Transferase, Structural Genomics, Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease, SSGCID ;; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3gwc__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3gwc__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3gwc__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	29.28 Å
Rg（电子密度）	28.46 Å
总 Rg	29.23 Å
原子数	7828
残基数	970
排除体积	137170 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3gwc__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3gwc__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Thymidylate synthase thyX
分子量 formula_weight	28699.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.1.148
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	16612

MAETAPLRVQLIAKTDFLAPPDVPWTTDADGGPALVEFAGRACYQSWSKPNPKTATNAGYLRHIIDVGHFSVLEHASVSFYITGISRSCTHELIRHRHFSYSQLSQRYVPEKDSRVVVPPGMEDDADLRHILTEAADAARATYSELLAKLEAKFADQPNAILRRKQARQAARAVLPNATETRIVVTGNYRAWRHFIAMRASEHADVEIRRLAIECLRQLAAVAPAVFADFEVTTLADGTEVATSPLATEALEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium tuberculosis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1773
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	785.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	5-FLUORO-2'-DEOXYURIDINE-5'-MONOPHOSPHATE
分子量 formula_weight	326.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	937

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

CATH v4.4 (24 domains)

结构域编号 domain_id	3gwcA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3180 —

结构域编号 domain_id	3gwcA02
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	450 —

结构域编号 domain_id	3gwcA03
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	440 —

结构域编号 domain_id	3gwcB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3180 —

结构域编号 domain_id	3gwcB02
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	450 —

结构域编号 domain_id	3gwcB03
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	440 —

结构域编号 domain_id	3gwcC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3180 —

结构域编号 domain_id	3gwcC02
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	450 —

结构域编号 domain_id	3gwcC03
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	440 —

结构域编号 domain_id	3gwcD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3180 —

结构域编号 domain_id	3gwcD02
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	450 —

结构域编号 domain_id	3gwcD03
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	440 —

结构域编号 domain_id	3gwcE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3180 —

结构域编号 domain_id	3gwcE02
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	450 —

结构域编号 domain_id	3gwcE03
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	440 —

结构域编号 domain_id	3gwcF01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3180 —

结构域编号 domain_id	3gwcF02
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	450 —

结构域编号 domain_id	3gwcF03
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	440 —

结构域编号 domain_id	3gwcG01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3180 —

结构域编号 domain_id	3gwcG02
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	450 —

结构域编号 domain_id	3gwcG03
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	440 —

结构域编号 domain_id	3gwcH01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3180 —

结构域编号 domain_id	3gwcH02
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	450 —

结构域编号 domain_id	3gwcH03
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	440 —

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晶胞边长 a length_a	81.044 Å
晶胞边长 b length_b	78.447 Å
晶胞边长 c length_c	168.959 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	96.80 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	48.700 Å
R 因子 r_factor	0.1890
R_work r_work	0.1870
R_free r_free	0.2290

Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis thymidylate synthase X bound to FdUMP and FAD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Thymidylate synthase thyX

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3gwc__assembly_1__model_1

3gwc__assembly_1__model_1 | I(q)

3gwc__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

CATH v4.4 (24 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis thymidylate synthase X bound to FdUMP and FAD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Thymidylate synthase thyX

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3gwc__assembly_1__model_1

3gwc__assembly_1__model_1 | I(q)

3gwc__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

CATH v4.4 (24 domains)

7. 引用文献 (1)