SAXSdb — 3gxt

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Alpha-galactosidase A

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合同源多聚体蛋白 × 2 其他聚合物 6 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 32–429 链 B； UniProt 32–429	未记录	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose × 1 ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 SO4 SULFATE ION × 5 NOJ 1-DEOXYNOJIRIMYCIN × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；vapor diffusion	分辨率 2.70 Å R-free 0.306

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3GXT	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1R46 Structure of human alpha-galactosidase 提交 2003-10-03	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 32–429（398 aa）链 B 32–429（398 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；30% PEG 4000, 0.1M TRIS HCL (PH 8.0), 0.2M AMMONIUM SULFATE, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 3.25 Å R-free 0.301
1R47 Structure of human alpha-galactosidase 提交 2003-10-03	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 32–429（398 aa）链 B 32–429（398 aa）	未记录	GAL beta-D-galactopyranose × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；30% PEG 4000, 0.1M TRIS HCl, 0.2M AMMONIUM SULFATE, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 3.45 Å R-free 0.321
3GXN Crystal structure of apo alpha-galactosidase A at pH 4.5 提交 2009-04-02	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 32–429（398 aa）链 B 32–429（398 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；vapor diffusion	分辨率 3.01 Å R-free 0.301
3GXP Crystal structure of acid-alpha-galactosidase A complexed with galactose at pH 4.5 提交 2009-04-02	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 32–429（398 aa）链 B 32–429（398 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 4 GLA alpha-D-galactopyranose × 2 TAM TRIS(HYDROXYETHYL)AMINOMETHANE × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 MAN alpha-D-mannopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；vapor diffusion	分辨率 2.20 Å R-free 0.265
3HG2 Human alpha-galactosidase catalytic mechanism 1. Empty active site 提交 2009-05-13	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 32–429（398 aa）链 B 32–429（398 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 SO4 SULFATE ION × 3 ACY ACETIC ACID × 3 GAL beta-D-galactopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；PEG4000, Ammonium Sulfate, Sodium Acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.202
3HG3 Human alpha-galactosidase catalytic mechanism 2. Substrate bound 提交 2009-05-13	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 32–429（398 aa）链 B 32–429（398 aa）	突变：D170A 突变：D170A	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 2PE NONAETHYLENE GLYCOL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PEG8000, Magnesium acetate, Sodium Cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.197
3HG4 Human alpha-galactosidase catalytic mechanism 3. Covalent intermediate 提交 2009-05-13	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 32–429（398 aa）链 B 32–429（398 aa）	未记录	7JZ 2-deoxy-2,2-difluoro-beta-D-lyxo-hexopyranose × 2 SO4 SULFATE ION × 3 ACY ACETIC ACID × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 GAL beta-D-galactopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；PEG4000, Ammonium Sulfate, Sodium Acetate, pH 4.6, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.221
3HG5 Human alpha-galactosidase catalytic mechanism 4. Product bound 提交 2009-05-13	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 32–429（398 aa）链 B 32–429（398 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 GLA alpha-D-galactopyranose × 2 SO4 SULFATE ION × 4 ACY ACETIC ACID × 4 GAL beta-D-galactopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；PEG4000, Ammonium Sulfate, Sodium Acetate, pH 4.6, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.227
3LX9 Interconversion of Human Lysosomal Enzyme Specificities 提交 2010-02-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 32–429（398 aa）片段：UNP residues 32-429 链 B 32–429（398 aa）片段：UNP residues 32-429	突变：E203S,L206A 突变：E203S,L206A	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 A2G 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PEG8000, Sodium Cacodylate, Magnesium Acetate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.04 Å R-free 0.218
3LXA Interconversion of Human Lysosomal Enzyme Specificities 提交 2010-02-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 32–429（398 aa）片段：UNP residues 32-429 链 B 32–429（398 aa）片段：UNP residues 32-429	突变：E203S L206A 突变：E203S L206A	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 GLA alpha-D-galactopyranose × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PEG8000, Sodium Cacodylate, Magnesium Acetate, pH 6.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K	分辨率 3.04 Å R-free 0.244
3LXB Interconversion of Human Lysosomal Enzyme Specificities 提交 2010-02-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 32–429（398 aa）片段：UNP residues 32-429 链 B 32–429（398 aa）片段：UNP residues 32-429	突变：E203S,L206A 突变：E203S,L206A	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 GOL GLYCEROL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PEG8000, Sodium Cacodylate, Magnesium Acetate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.85 Å R-free 0.264
3LXC Interconversion of Human Lysosomal Enzyme Specificities 提交 2010-02-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 32–429（398 aa）片段：UNP residues 32-429 链 B 32–429（398 aa）片段：UNP residues 32-429	突变：E203S,L206A 突变：E203S,L206A	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PEG8000, Sodium Cacodylate, Magnesium Acetate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.35 Å R-free 0.237
3S5Y Pharmacological Chaperoning in Human alpha-Galactosidase 提交 2011-05-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 32–429（398 aa）片段：UNP Residues 32-429 链 B 32–429（398 aa）片段：UNP Residues 32-429	未记录	DGJ (2R,3S,4R,5S)-2-(hydroxymethyl)piperidine-3,4,5-triol × 2 2PE NONAETHYLENE GLYCOL × 5 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 ACY ACETIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.1；293 K；8-15% PEG 8000, 0.1 M Sodium Cacodylate, 0.02 M Magnesium Chloride, pH 5.1, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.10 Å R-free 0.230
3S5Z Pharmacological Chaperoning in Human alpha-Galactosidase 提交 2011-05-23	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 32–429（398 aa）链 B 32–429（398 aa）	未记录	GLA alpha-D-galactopyranose × 2 GAL beta-D-galactopyranose × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.1；293 K；PEG 8000, Sodium Cacodylate, Magnesium Chloride, pH 5.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.234
3TV8 Pharmacological Chaperoning in Human alpha-Galactosidase 提交 2011-09-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 32–429（398 aa）片段：UNP Residues 32-429 链 B 32–429（398 aa）片段：UNP Residues 32-429	突变：D170A 突变：D170A	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 SO4 SULFATE ION × 3 2PE NONAETHYLENE GLYCOL × 3 DGJ (2R,3S,4R,5S)-2-(hydroxymethyl)piperidine-3,4,5-triol × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；20% PEG 4000, 200mM Ammonium Sulfate, 100mM Sodium Acetate, pH 4.6, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K	分辨率 2.64 Å R-free 0.239
4NXS Crystal structure of human alpha-galactosidase A in complex with 1-deoxygalactonojirimycin-pFPhT 提交 2013-12-09	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 32–429（398 aa）链 B 32–429（398 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 5 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 2OZ (2R,3S,4R,5S)-N-(4-fluorophenyl)-3,4,5-trihydroxy-2-(hydroxymethyl)piperidine-1-carbothioamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；298 K；0.1 M acetate pH 4.5, 0.215 M ammonium sulfate, and 24% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.55 Å R-free 0.232
6IBK Crystal structure of human alpha-galactosidase A in complex with alpha-galactose configured cyclosulfamidate ME763 提交 2018-11-30	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 32–429（398 aa）链 B 32–429（398 aa）	未记录	ACT ACETATE ION × 3 SO4 SULFATE ION × 11 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 YTW (3~{a}~{R},4~{S},5~{S},6~{S},7~{R},7~{a}~{S})-7-(hydroxymethyl)-2,2-bis(oxidanylidene)-3~{a},4,5,6,7,7~{a}-hexahydro-3~{H}-benzo[d][1,2,3]oxathiazole-4,5,6-triol × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 5 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG 4000 (50%), sodium acetate (pH 4.6) and lithium sulfate,	分辨率 1.99 Å R-free 0.244
6IBM Crystal structure of human alpha-galactosidase A in complex with alpha-galactose configured cyclosulfate ME776 提交 2018-11-30	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 32–429（398 aa）链 B 32–429（398 aa）	未记录	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 ACT ACETATE ION × 4 SO4 SULFATE ION × 6 HF8 [(1~{S},2~{R},3~{S},4~{S},5~{R},6~{S})-2-(hydroxymethyl)-3,4,5,6-tetrakis(oxidanyl)cyclohexyl] hydrogen sulfate × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 18	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG 4000 (50%), sodium acetate (pH 4.6) and lithium sulfate	分辨率 2.07 Å R-free 0.242
6IBR Crystal structure of human alpha-galactosidase A in complex with alpha-galactose configured cyclophellitol epoxide LWA481 提交 2018-11-30	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 32–429（398 aa）链 B 32–429（398 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 7 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 4 ACT ACETATE ION × 6 HBE (2~{R},3~{S},4~{S},5~{R},6~{S})-5-(hydroxymethyl)-7-oxabicyclo[4.1.0]heptane-2,3,4-triol × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG 4000 (50%), sodium acetate (pH 4.6) and lithium sulfate	分辨率 2.02 Å R-free 0.256
6IBT Crystal structure of human alpha-galactosidase A in complex with alpha-galactose configured cyclophellitol aziridine ME737 提交 2018-11-30	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 32–429（398 aa）链 B 32–429（398 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 H9T (1~{S},2~{S},3~{S},4~{S},5~{R},6~{S})-5-(hydroxymethyl)-7-azabicyclo[4.1.0]heptane-2,3,4-triol × 2 SO4 SULFATE ION × 5 ACT ACETATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG 4000 (50%), sodium acetate (pH 4.6) and lithium sulfate	分辨率 2.04 Å R-free 0.260
8K7D Crystal structure of human lysosomal alpha-galactosidase A in complex with (2R,3R,4S,5R)-2-(aminomethyl)-5-(hydroxymethyl)pyrrolidine-3,4-diol 提交 2023-07-26	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 32–429（398 aa）链 B 32–429（398 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 VLN (2~{R},3~{R},4~{S},5~{R})-2-(aminomethyl)-5-(hydroxymethyl)pyrrolidine-3,4-diol × 2 SO4 SULFATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；100 mM NaOAc pH 4.5, 25% PEG4000 and 200 mM ammonium sulfate	分辨率 2.61 Å R-free 0.209
8K7E Crystal structure of human lysosomal alpha-galactosidase A in complex with (2R,3R,4S,5R)-2-(aminomethyl)-5-(hydroxymethyl)pyrrolidine-3,4-diol 提交 2023-07-26	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 32–429（398 aa）链 B 32–429（398 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 VLN (2~{R},3~{R},4~{S},5~{R})-2-(aminomethyl)-5-(hydroxymethyl)pyrrolidine-3,4-diol × 2 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；293 K；100 mM Tris-HCl buffer 7.2, 25% PEG4000 and 200 mM ammonium sulfate	分辨率 2.20 Å R-free 0.192
8K7F Crystal structure of human lysosomal alpha-galactosidase A in complex with (2R,3S,4R,5R)-2,5-bis(hydroxymethyl)pyrrolidine-3,4-diol 提交 2023-07-26	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 32–429（398 aa）链 B 32–429（398 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 VMF (2~{R},3~{R},4~{S},5~{R})-2,5-bis(hydroxymethyl)pyrrolidine-3,4-diol × 2 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；100 mM NaOAc pH 4.5, 25% PEG4000 and 200 mM ammonium sulfate	分辨率 1.98 Å R-free 0.191
8K7G Crystal structure of human lysosomal alpha-galactosidase A in complex with (2R,3S,4R,5R)-2,5-bis(hydroxymethyl)pyrrolidine-3,4-diol 提交 2023-07-26	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 32–429（398 aa）链 B 32–429（398 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 VMF (2~{R},3~{R},4~{S},5~{R})-2,5-bis(hydroxymethyl)pyrrolidine-3,4-diol × 2 SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；293 K；100 mM Tris-HCl buffer 7.2, 25% PEG4000 and 200 mM ammonium sulfate	分辨率 2.32 Å R-free 0.217
8K7H Crystal structure of human lysosomal alpha-galactosidase A in complex with (2R,3S,4R)-2-(hydroxymethyl)-1-methylpyrrolidine-3,4-diol 提交 2023-07-26	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 32–429（398 aa）链 B 32–429（398 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 VMO (2~{R},3~{S},4~{R})-2-(hydroxymethyl)-1-methyl-pyrrolidine-3,4-diol × 2 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；293 K；100 mM Tris-HCl buffer 7.2, 25% PEG4000 and 200 mM ammonium sulfate	分辨率 2.28 Å R-free 0.210
8K7I Crystal structure of human lysosomal alpha-galactosidase A in complex with (2R,3S,4R,5R)-2-(hydroxymethyl)-5-((methylamino)methyl)pyrrolidine-3,4-diol 提交 2023-07-26	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 32–429（398 aa）链 B 32–429（398 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 VN0 (2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-2-(hydroxymethyl)-5-(methylaminomethyl)pyrrolidine-3,4-diol × 2 SO4 SULFATE ION × 5 P6G HEXAETHYLENE GLYCOL × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；293 K；100 mM Tris-HCl buffer 7.2, 25% PEG4000 and 200 mM ammonium sulfate	分辨率 2.12 Å R-free 0.195
8K7J Crystal structure of human lysosomal alpha-galactosidase A in complex with (2R,3R,4S,5R)-2-((dimethylamino)methyl)-5-(hydroxymethyl)pyrrolidine-3,4-diol 提交 2023-07-26	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 32–429（398 aa）链 B 32–429（398 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 VNB (2~{R},3~{R},4~{S},5~{R})-2-[(dimethylamino)methyl]-5-(hydroxymethyl)pyrrolidine-3,4-diol × 2 SO4 SULFATE ION × 5 P6G HEXAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；293 K；100 mM Tris-HCl buffer 7.2, 25% PEG4000 and 200 mM ammonium sulfate	分辨率 2.01 Å R-free 0.191
8K7K Crystal structure of human lysosomal alpha-galactosidase A in complex with (2R,3S,4R,5R)-2,5-bis(hydroxymethyl)-1-methylpyrrolidine-3,4-diol 提交 2023-07-26	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 32–429（398 aa）链 B 32–429（398 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 VNQ (2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-2,5-bis(hydroxymethyl)-1-methyl-pyrrolidine-3,4-diol × 2 SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；293 K；100 mM Tris-HCl buffer 7.2, 25% PEG4000 and 200 mM ammonium sulfate	分辨率 2.00 Å R-free 0.186
8K7L Crystal structure of human lysosomal alpha-galactosidase A in complex with (2R,3R,4S,5R)-2-(aminomethyl)-5-(hydroxymethyl)-1-methylpyrrolidine-3,4-diol 提交 2023-07-26	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 32–429（398 aa）链 B 32–429（398 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 VO0 (2~{R},3~{R},4~{S},5~{R})-2-(aminomethyl)-5-(hydroxymethyl)-1-methyl-pyrrolidine-3,4-diol × 2 SO4 SULFATE ION × 5 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；293 K；100 mM Tris-HCl buffer 7.2, 25% PEG4000 and 200 mM ammonium sulfate	分辨率 2.00 Å R-free 0.186
9AVS Human alpha-galactosidase A in complex with saposin B 提交 2024-03-04	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 32–429（398 aa）链 B 32–429（398 aa）	突变：D170A 突变：D170A	SO4 SULFATE ION × 8 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；500 nL of protein (0.1 mM GLA plus 0.22 mM SapB) was mixed with 500 nL of reservoir solution (0.1 M Tris pH 8.0, 1 M Ammonium sulfate) and equilibrated against 70 uL reservoirs at 20 C.	分辨率 3.53 Å R-free 0.265

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查看构建体与数据证据

UniProt名称	AGAL_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–398； UniProt 32–429 作者链 B； PDB构建体 1–398； UniProt 32–429

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3gxt
沉积日期 deposition_date	2009-04-02
结构标题 title	Crystal structure of alpha-galactosidase A at pH 4.5 complexed with 1-deoxygalactonijirimycin
关键词 keywords	hydrolase, Disease mutation, Disulfide bond, Glycoprotein, Glycosidase, Lysosome, RNA editing; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.17 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.30 Å
零角强度 I(0) i0	141180000.00
分子量 molecular_weight	92786.0 kDa
排除体积 excluded_volume	115100 Å³
包络体积 envelope_volume	139320 Å³
水化壳体积 shell_volume	37919 Å³
包络直径 envelope_diameter	104.1 Å
壳层 Rg shell_rg	37.73 Å
包络 Rg envelope_rg	30.48 Å
形状 Rg shape_rg	30.29 Å
总 Rg total_rg	30.96 Å
总原子数 total_atoms	6509
残基数 n_residues	781
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	100.6 Å
Rg (实空间) rg_real	31.17 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.56 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4120e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.9250e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.18 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	141200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8953
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	31.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.310
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.527
角度范围 angular_range	— – 0.2550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	40750000.0000
实空间数据点数 n_real_points	52
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.916; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.968; Smooth: 0.920

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Alpha-galactosidase A
分子量 formula_weight	45394.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.22
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	6573

LDNGLARTPTMGWLHWERFMCNLDCQEEPDSCISEKLFMEMAELMVSEGWKDAGYEYLCIDDCWMAPQRDSEGRLQADPQRFPHGIRQLANYVHSKGLKLGIYADVGNKTCAGFPGSFGYYDIDAQTFADWGVDLLKFDGCYCDSLENLADGYKHMSLALNRTGRSIVYSCEWPLYMWPFQKPNYTEIRQYCNHWRNFADIDDSWKSIKSILDWTSFNQERIVDVAGPGGWNDPDMLVIGNFGLSWNQQVTQMALWAIMAAPLFMSNDLRHISPQAKALLQDKDVIAINQDPLGKQGYQLRQGDNFEVWERPLSGLAWAVAMINRQEIGGPRSYTIAVASLGKGVACNPACFITQLLPVKRKLGFYEWTSRLRSHINPTGTVLLQLENTMQMSLKDLL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose
分子量 formula_weight	342.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	748.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 branched

描述 description	alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	586.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	1-DEOXYNOJIRIMYCIN
分子量 formula_weight	163.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 9 Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	64

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d3gxta1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.8 — (Trans)glycosidases
家族 Family family	c.1.8.1 — Amylase, catalytic domain

结构域编号 domain_id	d3gxta2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.71 — Glycosyl hydrolase domain
超家族 Superfamily superfamily	b.71.1 — Glycosyl hydrolase domain
家族 Family family	b.71.1.1 — alpha-Amylases, C-terminal beta-sheet domain

结构域编号 domain_id	d3gxtb1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.8 — (Trans)glycosidases
家族 Family family	c.1.8.1 — Amylase, catalytic domain

结构域编号 domain_id	d3gxtb2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.71 — Glycosyl hydrolase domain
超家族 Superfamily superfamily	b.71.1 — Glycosyl hydrolase domain
家族 Family family	b.71.1.1 — alpha-Amylases, C-terminal beta-sheet domain

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	3gxtA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Aldolase class I

结构域编号 domain_id	3gxtA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1180 — Golgi alpha-mannosidase II

结构域编号 domain_id	3gxtB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Aldolase class I

结构域编号 domain_id	3gxtB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1180 — Golgi alpha-mannosidase II

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	89.610 Å
晶胞边长 b length_b	89.610 Å
晶胞边长 c length_c	216.640 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 32 2 1
空间群编号 int_tables_number	154
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	19.900 Å
R 因子 r_factor	0.2451
R_work r_work	0.2419
R_free r_free	0.3058

fit	/app/data/saxs_computation/gx/3gxt/3gxt.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gx/3gxt/3gxt.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gx/3gxt/3gxt.dat

Crystal structure of alpha-galactosidase A at pH 4.5 complexed with 1-deoxygalactonijirimycin