3gyr

Structure of Phenoxazinone synthase from Streptomyces antibioticus reveals a new type 2 copper center.

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phenoxazinone synthase

Streptomyces antibioticus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 6	COPPER (II) ION × 18 CU-O-CU LINKAGE × 6 GLYCEROL × 6 water × 6	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 6	COPPER (II) ION × 18 CU-O-CU LINKAGE × 6 GLYCEROL × 6 water × 6	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	COPPER (II) ION × 6 CU-O-CU LINKAGE × 2 GLYCEROL × 2 water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	COPPER (II) ION × 6 CU-O-CU LINKAGE × 2 GLYCEROL × 2 water × 2	与蛋白数一致
5	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	COPPER (II) ION × 6 CU-O-CU LINKAGE × 2 GLYCEROL × 2 water × 2	与蛋白数一致
6	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	COPPER (II) ION × 6 CU-O-CU LINKAGE × 2 GLYCEROL × 2 water × 2	与蛋白数一致
7	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	COPPER (II) ION × 6 CU-O-CU LINKAGE × 2 GLYCEROL × 2 water × 2	与蛋白数一致
8	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	COPPER (II) ION × 6 CU-O-CU LINKAGE × 2 GLYCEROL × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PHSA_STRAT
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–612； UniProt 32–643 作者链 B； PDB构建体 1–612； UniProt 32–643 作者链 C； PDB构建体 1–612； UniProt 32–643 作者链 D； PDB构建体 1–612； UniProt 32–643 作者链 E； PDB构建体 1–612； UniProt 32–643 作者链 F； PDB构建体 1–612； UniProt 32–643 作者链 G； PDB构建体 1–612； UniProt 32–643 作者链 H； PDB构建体 1–612； UniProt 32–643 作者链 I； PDB构建体 1–612； UniProt 32–643 作者链 J； PDB构建体 1–612； UniProt 32–643 作者链 K； PDB构建体 1–612； UniProt 32–643 作者链 L； PDB构建体 1–612； UniProt 32–643

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3gyr
沉积日期 deposition_date	2009-04-05
结构标题 title	Structure of Phenoxazinone synthase from Streptomyces antibioticus reveals a new type 2 copper center.
关键词 keywords	METALLOPROTEIN, LACCASE, MULTICOPPER OXIDASE, HEXAMER, OXIDOREDUCTASE, Antibiotic biosynthesis, Metal-binding; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3gyr__assembly_7__model_1

Assembly 7 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3gyr__assembly_7__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3gyr__assembly_7__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	32.91 Å
Rg（电子密度）	32.37 Å
总 Rg	32.90 Å
原子数	9144
残基数	1174
排除体积	161130 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3gyr__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3gyr__assembly_2__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`3gyr__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`3gyr__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`3gyr__assembly_5__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`3gyr__assembly_6__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
7	1	`3gyr__assembly_7__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
8	1	`3gyr__assembly_8__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Phenoxazinone synthase
分子量 formula_weight	67094.1 kDa
EC 编号 ec_number	1.-.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L
原子数 atom_count	59241

EREQAPAPGELTPFAAPLTVPPVLRPASDEVTRETEIALRPTWVRLHPQLPPTLMWGYDGQVPGPTIEVRRGQRVRIAWTNRIPKGSEYPVTSVEVPLGPPGTPAPNTEPGRGGVEPNKDVAALPAWSVTHLHGAQTGGGNDGWADNAVGFGDAQLSEYPNDHQATQWWYHDHAMNITRWNVMAGLYGTYLVRDDEEDALGLPSGDREIPLLIADRNLDTDEDGRLNGRLLHKTVIVQQSNPETGKPVSIPFFGPYTTVNGRIWPYADVDDGWYRLRLVNASNARIYNLVLIDEDDRPVPGVVHQIGSDGGLLPRPVPVDFDDTLPVLSAAPAERFDLLVDFRALGGRRLRLVDKGPGAPAGTPDPLGGVRYPEVMEFRVRETCEEDSFALPEVLSGSFRRMSHDIPHGHRLIVLTPPGTKGSGGHPEIWEMAEVEDPADVQVPAEGVIQVTGADGRTKTYRRTARTFNDGLGFTIGEGTHEQWTFLNLSPILHPMHIHLADFQVLGRDAYDASGFDLALGGTRTPVRLDPDTPVPLAPNELGHKDVFQVPGPQGLRVMGKFDGAYGRFMYHCHLLEHEDMGMMRPFVVMPPEALKFDHGGAHGGHGEGHTG

来源 Source

来源生物 organism	Streptomyces antibioticus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1890
宿主生物 host_organism	STREPTOMYCES LIVIDANS

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	COPPER (II) ION
分子量 formula_weight	63.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	36

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CU-O-CU LINKAGE
分子量 formula_weight	143.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4377

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 36 domains

CATH v4.4 (36 domains)

结构域编号 domain_id	3gyrA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Cupredoxins - blue copper proteins

结构域编号 domain_id	3gyrA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Cupredoxins - blue copper proteins

结构域编号 domain_id	3gyrA03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Cupredoxins - blue copper proteins

结构域编号 domain_id	3gyrB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Cupredoxins - blue copper proteins

结构域编号 domain_id	3gyrB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Cupredoxins - blue copper proteins

结构域编号 domain_id	3gyrB03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Cupredoxins - blue copper proteins

结构域编号 domain_id	3gyrC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Cupredoxins - blue copper proteins

结构域编号 domain_id	3gyrC02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Cupredoxins - blue copper proteins

结构域编号 domain_id	3gyrC03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Cupredoxins - blue copper proteins

结构域编号 domain_id	3gyrD01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Cupredoxins - blue copper proteins

结构域编号 domain_id	3gyrD02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Cupredoxins - blue copper proteins

结构域编号 domain_id	3gyrD03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Cupredoxins - blue copper proteins

结构域编号 domain_id	3gyrE01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Cupredoxins - blue copper proteins

结构域编号 domain_id	3gyrE02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Cupredoxins - blue copper proteins

结构域编号 domain_id	3gyrE03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Cupredoxins - blue copper proteins

结构域编号 domain_id	3gyrF01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Cupredoxins - blue copper proteins

结构域编号 domain_id	3gyrF02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Cupredoxins - blue copper proteins

结构域编号 domain_id	3gyrF03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Cupredoxins - blue copper proteins

结构域编号 domain_id	3gyrG01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Cupredoxins - blue copper proteins

结构域编号 domain_id	3gyrG02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Cupredoxins - blue copper proteins

结构域编号 domain_id	3gyrG03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Cupredoxins - blue copper proteins

结构域编号 domain_id	3gyrH01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Cupredoxins - blue copper proteins

结构域编号 domain_id	3gyrH02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Cupredoxins - blue copper proteins

结构域编号 domain_id	3gyrH03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Cupredoxins - blue copper proteins

结构域编号 domain_id	3gyrI01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Cupredoxins - blue copper proteins

结构域编号 domain_id	3gyrI02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Cupredoxins - blue copper proteins

结构域编号 domain_id	3gyrI03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Cupredoxins - blue copper proteins

结构域编号 domain_id	3gyrJ01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Cupredoxins - blue copper proteins

结构域编号 domain_id	3gyrJ02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Cupredoxins - blue copper proteins

结构域编号 domain_id	3gyrJ03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Cupredoxins - blue copper proteins

结构域编号 domain_id	3gyrK01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Cupredoxins - blue copper proteins

结构域编号 domain_id	3gyrK02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Cupredoxins - blue copper proteins

结构域编号 domain_id	3gyrK03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Cupredoxins - blue copper proteins

结构域编号 domain_id	3gyrL01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Cupredoxins - blue copper proteins

结构域编号 domain_id	3gyrL02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Cupredoxins - blue copper proteins

结构域编号 domain_id	3gyrL03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Cupredoxins - blue copper proteins

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晶胞边长 a length_a	109.494 Å
晶胞边长 b length_b	163.456 Å
晶胞边长 c length_c	164.352 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	117.04 °
晶胞夹角 β angle_beta	95.74 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	107.23 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.1674
R_work r_work	0.1645
R_free r_free	0.2224

Structure of Phenoxazinone synthase from Streptomyces antibioticus reveals a new type 2 copper center.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phenoxazinone synthase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3gyr__assembly_7__model_1

3gyr__assembly_7__model_1 | I(q)

3gyr__assembly_7__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 36 domains

CATH v4.4 (36 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of Phenoxazinone synthase from Streptomyces antibioticus reveals a new type 2 copper center.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phenoxazinone synthase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3gyr__assembly_7__model_1

3gyr__assembly_7__model_1 | I(q)

3gyr__assembly_7__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 36 domains

CATH v4.4 (36 domains)

7. 引用文献 (1)