3gzt

VP7 recoated rotavirus DLP

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Outer capsid glycoprotein VP7

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	同源多聚体	蛋白 780 其他聚合物 780	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 780 CALCIUM ION × 1800	与蛋白数一致
2	其他组合	同源多聚体	蛋白 13 其他聚合物 13	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 13 CALCIUM ION × 30	待复核
3	其他组合	同源多聚体	蛋白 65 其他聚合物 65	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 65 CALCIUM ION × 150	待复核
4	其他组合	同源多聚体	蛋白 78 其他聚合物 78	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 78 CALCIUM ION × 180	待复核
5	其他组合	同源多聚体	蛋白 13 其他聚合物 13	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 13 CALCIUM ION × 30	待复核

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VS09_ROTRH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–255； UniProt 58–312 作者链 F； PDB构建体 1–255； UniProt 58–312 作者链 G； PDB构建体 1–255； UniProt 58–312 作者链 H； PDB构建体 1–255； UniProt 58–312 作者链 I； PDB构建体 1–255； UniProt 58–312 作者链 J； PDB构建体 1–255； UniProt 58–312 作者链 K； PDB构建体 1–255； UniProt 58–312 作者链 L； PDB构建体 1–255； UniProt 58–312 作者链 M； PDB构建体 1–255； UniProt 58–312 作者链 N； PDB构建体 1–255； UniProt 58–312 作者链 O； PDB构建体 1–255； UniProt 58–312 作者链 P； PDB构建体 1–255； UniProt 58–312 作者链 Q； PDB构建体 1–255； UniProt 58–312

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3gzt
沉积日期 deposition_date	2009-04-07
结构标题 title	VP7 recoated rotavirus DLP
关键词 keywords	;rotavirus, VP7, VP6, VP2, 7RP, DLP, Icosahedral virus, Capsid protein, Disulfide bond, Endoplasmic reticulum, Glycoprotein, Membrane, Transmembrane, Virion, VIRUS ;; VIRUS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3gzt__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3gzt__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3gzt__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	0.00 Å
Rg（电子密度）	364.90 Å
总 Rg	364.90 Å
原子数	1592220
残基数	198900
排除体积	28508000 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3gzt__assembly_1__model_1`	780-MERIC （780）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3gzt__assembly_2__model_1`	tetradecameric （14）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
3	1	`3gzt__assembly_3__model_1`	70-meric （70）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
4	1	`3gzt__assembly_4__model_1`	84-meric （84）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
5	1	`3gzt__assembly_5__model_1`	tetradecameric （14）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Outer capsid glycoprotein VP7
分子量 formula_weight	28740.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	13

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q
原子数 atom_count	26537

PITGSMDTAYANSTQEETFLTSTLCLYYPTEAATEINDNSWKDTLSQLFLTKGWPTGSVYFKEYTDIASFSVDPQLYCDYNVVLMKYDATLQLDMSELADLILNEWLCNPMDITLYYYQQTDEANKWISMGSSCTIKVCPLNTQTLGIGCLTTDTATFEEVATAEKLVITDVVDGVNHKLDVTTATCTIRNCKKLGPRENVAVIQVGGSDVLDITADPTTAPQTERMMRINWKKWWQVFYTVVDYVNQIIQAMSK

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	13

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	30

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 26 domains

CATH v4.4 (26 domains)

结构域编号 domain_id	3gztB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	11130 — Glycoprotein VP7, domain 1

结构域编号 domain_id	3gztB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	800 — Rotavirus outer-layer protein VP7, domain 2

结构域编号 domain_id	3gztF01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	11130 — Glycoprotein VP7, domain 1

结构域编号 domain_id	3gztF02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	800 — Rotavirus outer-layer protein VP7, domain 2

结构域编号 domain_id	3gztG01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	11130 — Glycoprotein VP7, domain 1

结构域编号 domain_id	3gztG02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	800 — Rotavirus outer-layer protein VP7, domain 2

结构域编号 domain_id	3gztH01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	11130 — Glycoprotein VP7, domain 1

结构域编号 domain_id	3gztH02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	800 — Rotavirus outer-layer protein VP7, domain 2

结构域编号 domain_id	3gztI01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	11130 — Glycoprotein VP7, domain 1

结构域编号 domain_id	3gztI02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	800 — Rotavirus outer-layer protein VP7, domain 2

结构域编号 domain_id	3gztJ01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	11130 — Glycoprotein VP7, domain 1

结构域编号 domain_id	3gztJ02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	800 — Rotavirus outer-layer protein VP7, domain 2

结构域编号 domain_id	3gztK01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	11130 — Glycoprotein VP7, domain 1

结构域编号 domain_id	3gztK02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	800 — Rotavirus outer-layer protein VP7, domain 2

结构域编号 domain_id	3gztL01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	11130 — Glycoprotein VP7, domain 1

结构域编号 domain_id	3gztL02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	800 — Rotavirus outer-layer protein VP7, domain 2

结构域编号 domain_id	3gztM01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	11130 — Glycoprotein VP7, domain 1

结构域编号 domain_id	3gztM02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	800 — Rotavirus outer-layer protein VP7, domain 2

结构域编号 domain_id	3gztN01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	11130 — Glycoprotein VP7, domain 1

结构域编号 domain_id	3gztN02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	800 — Rotavirus outer-layer protein VP7, domain 2

结构域编号 domain_id	3gztO01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	11130 — Glycoprotein VP7, domain 1

结构域编号 domain_id	3gztO02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	800 — Rotavirus outer-layer protein VP7, domain 2

结构域编号 domain_id	3gztP01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	11130 — Glycoprotein VP7, domain 1

结构域编号 domain_id	3gztP02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	800 — Rotavirus outer-layer protein VP7, domain 2

结构域编号 domain_id	3gztQ01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	11130 — Glycoprotein VP7, domain 1

结构域编号 domain_id	3gztQ02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	800 — Rotavirus outer-layer protein VP7, domain 2

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.01 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.80 Å
分辨率测定方法 resolution_method	projection matching and refinement using FREALIGN
颗粒数 num_particles	3780

VP7 recoated rotavirus DLP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Outer capsid glycoprotein VP7

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3gzt__assembly_1__model_1

3gzt__assembly_1__model_1 | I(q)

3gzt__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 26 domains

CATH v4.4 (26 domains)

7. 引用文献 (1)

VP7 recoated rotavirus DLP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Outer capsid glycoprotein VP7

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3gzt__assembly_1__model_1

3gzt__assembly_1__model_1 | I(q)

3gzt__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 26 domains

CATH v4.4 (26 domains)

7. 引用文献 (1)