3gzu

VP7 recoated rotavirus DLP

Method: ELECTRON MICROSCOPY

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Inner capsid protein VP2

Rotavirus A

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 900	Intermediate capsid protein VP6 × 780 （P04509） ZINC ION × 300	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 15	Intermediate capsid protein VP6 × 13 （P04509） ZINC ION × 5	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 75	Intermediate capsid protein VP6 × 65 （P04509） ZINC ION × 25	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 90	Intermediate capsid protein VP6 × 78 （P04509） ZINC ION × 30	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 15	Intermediate capsid protein VP6 × 13 （P04509） ZINC ION × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	B2BMF8_9REOV
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–800； UniProt 81–880 作者链 B； PDB构建体 1–800； UniProt 81–880

Intermediate capsid protein VP6

Rhesus Rotavirus

UniProt P04509

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 900	Inner capsid protein VP2 × 120 （B2BMF8） ZINC ION × 300	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 15	Inner capsid protein VP2 × 2 （B2BMF8） ZINC ION × 5	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 75	Inner capsid protein VP2 × 10 （B2BMF8） ZINC ION × 25	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 90	Inner capsid protein VP2 × 12 （B2BMF8） ZINC ION × 30	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 15	Inner capsid protein VP2 × 2 （B2BMF8） ZINC ION × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VP6_ROTRF
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–397； UniProt 1–397 作者链 D； PDB构建体 1–397； UniProt 1–397 作者链 E； PDB构建体 1–397； UniProt 1–397 作者链 F； PDB构建体 1–397； UniProt 1–397 作者链 G； PDB构建体 1–397； UniProt 1–397 作者链 H； PDB构建体 1–397； UniProt 1–397 作者链 I； PDB构建体 1–397； UniProt 1–397 作者链 J； PDB构建体 1–397； UniProt 1–397 作者链 K； PDB构建体 1–397； UniProt 1–397 作者链 L； PDB构建体 1–397； UniProt 1–397 作者链 M； PDB构建体 1–397； UniProt 1–397 作者链 N； PDB构建体 1–397； UniProt 1–397 作者链 O； PDB构建体 1–397； UniProt 1–397

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3gzu
沉积日期 deposition_date	2009-04-07
结构标题 title	VP7 recoated rotavirus DLP
关键词 keywords	rotavirus, VP7, VP6, VP2, 7RP, DLP, Capsid protein, Metal-binding, Virion, Zinc, Core protein, RNA-binding, Icosaderal virus, VIRUS; VIRUS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3gzu__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3gzu__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3gzu__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	0.00 Å
Rg（电子密度）	293.10 Å
总 Rg	292.90 Å
原子数	3239220
残基数	404520
排除体积	57575000 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3gzu__assembly_1__model_1`	900-meric （900）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3gzu__assembly_2__model_1`	pentadecameric （15）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
3	1	`3gzu__assembly_3__model_1`	75-meric （75）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
4	1	`3gzu__assembly_4__model_1`	90-meric （90）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
5	1	`3gzu__assembly_5__model_1`	pentadecameric （15）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Inner capsid protein VP2
分子量 formula_weight	93127.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	53996

EHQKEIQYEILQKTIPTFEPKESILKKLEDIKPEQAKKQTKLFRIFEPRQLPIYRANGEKELRNRWYWKLKKDTLPDGDYDVREYFLNLYDQVLTEMPDYLLLKDMAVENKNSRDAGKVVDSETASICDAIFQDEETEGAVRRFIAEMRQRVQADRNVVNYPSILHPIDYAFNEYFLQHQLVEPLNNDIIFNYIPERIRNDVNYILNMDRNLPSTARYIRPNLLQDRLNLHDNFESLWDTITTSNYILARSVVPDLKELVSTEAQIQKMSQDLQLEALTIQSETQFLTGINSQAANDCFKTLIAAMLSQRTMSLDFVTTNYMSLISGMWLLTVVPNDMFIRESLVACQLAIVNTIIYPAFGMQRMHYRNGDPQTPFQIAEQQIQNFQVANWLHFVNNNQFRQVVIDGVLNQVLNDNIRDGHVINQLMEALMQLSRQQFPTMPVDYKRSIQRGILLLSNRLGQLVDLTRLLAYNYETLMACVTMNMQHVQTLTTEKLQLTSVTSLCMLIGNATVIPSPQTLFHYYNVNVNFHSNYNERINDAVAIITAANRLNLYQKKMKAIVEDFLKRLHIFDVARVPDDQMYRLRDRLRLLPVEVRRLDIFNLILMNMDQIERASDKIAQGVIIAYRDMQLERDEMYGYVNIARNLDGFQQINLEELMRTGDYAQITNMLLNNQPVALVGALPFVTDSSVISLIAKLDATVFAQIVKLRKVDTLKPILYKINSDSNDFYLVANYDWVPTSTTKVYKQVPQQFDFRNSMHMLTSNLTFTVYSDLLAFVSADTVEPINAVAFDNMRIMNEL

来源 Source

来源生物 organism	Rotavirus A
通用名 common_name	RV-A
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	28875
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Intermediate capsid protein VP6
分子量 formula_weight	44879.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	13

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O

MDVLYSLSKTLKDARDKIVEGTLYSNVSDLIQQFNQMIITMNGNEFQTGGIGNLPIRNWNFDFGLLGTTLLNLDANYVETARNTIDYFVDFVDNVCMDEMVRESQRNGIAPQSDSLIKLSGIKFKRINFDNSSEYIENWNLQNRRQRTGFTFHKPNIFPYSASFTLNRSQPAHDNLMGTMWLNAGSEIQVAGFDYSCAINAPANTQQFEHIVQLRRVLTTATITLLPDAERFSFPRVITSADGATTWYFNPVILRPNNVEIEFLLNGQIINTYQARFGTIIARNFDTIRLSFQLMRPPNMTPAVAALFPNAQPFEHHATVGLTLRIESAVCESVLADASETMLANVTSVRQEYAIPVGPVFPPGMNWTDLITNYSPSREDNLQRVFTVASIRSMLVK

来源 Source

来源生物 organism	Rhesus Rotavirus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10969
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 26 domains

CATH v4.4 (26 domains)

结构域编号 domain_id	3gzuC01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1350 — Viral capsid alpha domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Viral capsid alpha domain

结构域编号 domain_id	3gzuC02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	3gzuD01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1350 — Viral capsid alpha domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Viral capsid alpha domain

结构域编号 domain_id	3gzuD02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	3gzuE01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1350 — Viral capsid alpha domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Viral capsid alpha domain

结构域编号 domain_id	3gzuE02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	3gzuF01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1350 — Viral capsid alpha domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Viral capsid alpha domain

结构域编号 domain_id	3gzuF02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	3gzuG01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1350 — Viral capsid alpha domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Viral capsid alpha domain

结构域编号 domain_id	3gzuG02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	3gzuH01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1350 — Viral capsid alpha domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Viral capsid alpha domain

结构域编号 domain_id	3gzuH02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	3gzuI01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1350 — Viral capsid alpha domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Viral capsid alpha domain

结构域编号 domain_id	3gzuI02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	3gzuJ01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1350 — Viral capsid alpha domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Viral capsid alpha domain

结构域编号 domain_id	3gzuJ02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	3gzuK01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1350 — Viral capsid alpha domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Viral capsid alpha domain

结构域编号 domain_id	3gzuK02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	3gzuL01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1350 — Viral capsid alpha domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Viral capsid alpha domain

结构域编号 domain_id	3gzuL02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	3gzuM01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1350 — Viral capsid alpha domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Viral capsid alpha domain

结构域编号 domain_id	3gzuM02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	3gzuN01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1350 — Viral capsid alpha domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Viral capsid alpha domain

结构域编号 domain_id	3gzuN02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	3gzuO01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1350 — Viral capsid alpha domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Viral capsid alpha domain

结构域编号 domain_id	3gzuO02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.80 Å
分辨率测定方法 resolution_method	projection matching and refinement using FEALIGN
颗粒数 num_particles	3780

VP7 recoated rotavirus DLP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Inner capsid protein VP2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Intermediate capsid protein VP6

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3gzu__assembly_1__model_1

3gzu__assembly_1__model_1 | I(q)

3gzu__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 26 domains

CATH v4.4 (26 domains)

7. 引用文献 (1)

VP7 recoated rotavirus DLP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Inner capsid protein VP2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Intermediate capsid protein VP6

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3gzu__assembly_1__model_1

3gzu__assembly_1__model_1 | I(q)

3gzu__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 26 domains

CATH v4.4 (26 domains)

7. 引用文献 (1)