3h9y

Crystal structure of the IgE-Fc3-4 domains

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 101.8 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ig epsilon chain C region

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合同源多聚体蛋白 × 2 其他聚合物 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 209–428 链 B； UniProt 209–428	片段：UNP residues 209-428 突变：N252Q, N264Q	;alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.3；293 K；1 microliter of protein at 10 mg/mL in 20 mM sodium chloride was added to 1 microliter well solution (100 mM ammonium acetate, 100 mM sodium acetate pH 4.6, 30% (w/v) PEG 4000) and mixed by pipetting., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.23 Å R-free 0.262
2	其他组合同源多聚体蛋白 × 2 其他聚合物 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 209–428	片段：UNP residues 209-428 突变：N252Q, N264Q	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 2 NH4 AMMONIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.3；293 K；1 microliter of protein at 10 mg/mL in 20 mM sodium chloride was added to 1 microliter well solution (100 mM ammonium acetate, 100 mM sodium acetate pH 4.6, 30% (w/v) PEG 4000) and mixed by pipetting., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.23 Å R-free 0.262

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3H9Y	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1F6A Structure of the human ige-fc bound to its high affinity receptor fc(epsilon)ri(alpha) 提交 2000-06-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 211–428（218 aa）片段：C(EPSILON)3-C(EPSILON)4 DOMAINS 链 D 211–428（218 aa）片段：C(EPSILON)3-C(EPSILON)4 DOMAINS	未记录	SO4 SULFATE ION × 5 CPS 3-[(3-CHOLAMIDOPROPYL)DIMETHYLAMMONIO]-1-PROPANESULFONATE × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；296 K；Ammonium Sulfate, Tris, CHAPS, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K	分辨率 3.50 Å R-free 0.273
1FP5 CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF THE HUMAN IGE-FC CEPSILON3-CEPSILON4 FRAGMENT. 提交 2000-08-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 357–574（218 aa）片段：CEPSILON3-CEPSILON4	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；295 K；PEG 4000, sodium acetate pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.30 Å R-free 0.270
1G84 THE SOLUTION STRUCTURE OF THE C EPSILON2 DOMAIN FROM IGE 提交 2000-11-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 106–210（105 aa）片段：C EPSILON2	突变：C16S, C104S	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100mM；压力 1 NMR样品组成 2mM Ce2 U-15N,13C \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1.4mM Ce2 U-15N \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2WQR The high resolution crystal structure of IgE Fc 提交 2009-08-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 105–427（323 aa）片段：FC FRAGMENT, RESIDUES 105-427 链 B 105–427（323 aa）片段：FC FRAGMENT, RESIDUES 105-427	突变：YES 突变：YES	SO4 SULFATE ION × 4 GOL GLYCEROL × 2 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；291 K；THE PROTEIN CONCENTRATION WAS 1.9 MG/ML. CRYSTALS GREW AT 18 DEGREES C WITH 14% PEG 8000, 200MM LITHIUM SULPHATE, 100MM TRIS-HCL PH 8.5 AS PRECIPITANT.	分辨率 1.90 Å R-free 0.234
2Y7Q THE HIGH-AFFINITY COMPLEX BETWEEN IGE AND ITS RECEPTOR FC EPSILON RI 提交 2011-02-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 104–428（325 aa）片段：FC FRAGMENT COMPRISING DOMAINS CEPSILON2-4, RESIDUES 104-427 链 D 104–428（325 aa）片段：FC FRAGMENT COMPRISING DOMAINS CEPSILON2-4, RESIDUES 104-427	突变：YES 突变：YES	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；SITTING DROP VAPOR DIFFUSION. RESERVOIR SOLUTION CONTAINED 2.8M SODIUM ACETATE PH 7.	分辨率 3.40 Å R-free 0.292
3H9Z Crystal structure of the IgE-Fc3-4 domains 提交 2009-04-30	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 209–428（220 aa）片段：UNP residues 209-428 链 B 209–428（220 aa）片段：UNP residues 209-428	突变：N252Q, N264Q 突变：N252Q, N264Q	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.3；293 K；1 microliter of protein at 10 mg/mL in 20 mM sodium chloride was added to 1 microliter of well solution (100 mM ammonium acetate, 100 mM sodium acetate pH 4.6, 30% (w/v) PEG 4000) and mixed by pipetting., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.45 Å R-free 0.277
3H9Z Crystal structure of the IgE-Fc3-4 domains 提交 2009-04-30	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 209–428（220 aa）片段：UNP residues 209-428 链 D 209–428（220 aa）片段：UNP residues 209-428	突变：N252Q, N264Q 突变：N252Q, N264Q	NH4 AMMONIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.3；293 K；1 microliter of protein at 10 mg/mL in 20 mM sodium chloride was added to 1 microliter of well solution (100 mM ammonium acetate, 100 mM sodium acetate pH 4.6, 30% (w/v) PEG 4000) and mixed by pipetting., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.45 Å R-free 0.277
3HA0 Crystal structure of the IgE-Fc3-4 domains 提交 2009-04-30	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 209–428（220 aa）片段：UNP residues 209-428 链 B 209–428（220 aa）片段：UNP residues 209-428	突变：N252Q, N264Q 突变：N252Q, N264Q	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.3；293 K；0.5 microliter of protein at 10 mg/mL in 20 mM sodium chloride was added to 0.5 microliter well solution (100 mM ammonium acetate, 100 mM sodium acetate pH 4.6, 30% (w/v) PEG 4000) and mixed by pipetting., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.80 Å R-free 0.280
3HA0 Crystal structure of the IgE-Fc3-4 domains 提交 2009-04-30	实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 209–428（220 aa）片段：UNP residues 209-428 链 D 209–428（220 aa）片段：UNP residues 209-428	突变：N252Q, N264Q 突变：N252Q, N264Q	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.3；293 K；0.5 microliter of protein at 10 mg/mL in 20 mM sodium chloride was added to 0.5 microliter well solution (100 mM ammonium acetate, 100 mM sodium acetate pH 4.6, 30% (w/v) PEG 4000) and mixed by pipetting., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.80 Å R-free 0.280
3HA0 Crystal structure of the IgE-Fc3-4 domains 提交 2009-04-30	实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 209–428（220 aa）片段：UNP residues 209-428 链 F 209–428（220 aa）片段：UNP residues 209-428	突变：N252Q, N264Q 突变：N252Q, N264Q	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.3；293 K；0.5 microliter of protein at 10 mg/mL in 20 mM sodium chloride was added to 0.5 microliter well solution (100 mM ammonium acetate, 100 mM sodium acetate pH 4.6, 30% (w/v) PEG 4000) and mixed by pipetting., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.80 Å R-free 0.280
4EZM Crystal structure of the human IgE-Fc(epsilon)3-4 bound to its B cell receptor derCD23 提交 2012-05-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 209–428（220 aa）片段：Human IgE-Fc(epsilon)3-4, UNP residues 209-428 链 B 209–428（220 aa）片段：Human IgE-Fc(epsilon)3-4, UNP residues 209-428	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；298 K；3% PEG 8,000, 0.1 M Tris-HCl pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 3.10 Å R-free 0.283
4EZM Crystal structure of the human IgE-Fc(epsilon)3-4 bound to its B cell receptor derCD23 提交 2012-05-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 209–428（220 aa）片段：Human IgE-Fc(epsilon)3-4, UNP residues 209-428 链 D 209–428（220 aa）片段：Human IgE-Fc(epsilon)3-4, UNP residues 209-428	未记录	MAN alpha-D-mannopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；298 K；3% PEG 8,000, 0.1 M Tris-HCl pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 3.10 Å R-free 0.283
4EZM Crystal structure of the human IgE-Fc(epsilon)3-4 bound to its B cell receptor derCD23 提交 2012-05-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 209–428（220 aa）片段：Human IgE-Fc(epsilon)3-4, UNP residues 209-428 链 F 209–428（220 aa）片段：Human IgE-Fc(epsilon)3-4, UNP residues 209-428	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；298 K；3% PEG 8,000, 0.1 M Tris-HCl pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 3.10 Å R-free 0.283
4GKO Crystal structure of the calcium2+-bound human IgE-Fc(epsilon)3-4 bound to its B cell receptor derCD23 提交 2012-08-13	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 209–428（220 aa）片段：UNP residues 209-428 链 B 209–428（220 aa）片段：UNP residues 209-428	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M Tris pH 8.5, 16% PEG 4000, 10 mM CaCl2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 3.30 Å R-free 0.312
4GKO Crystal structure of the calcium2+-bound human IgE-Fc(epsilon)3-4 bound to its B cell receptor derCD23 提交 2012-08-13	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 209–428（220 aa）片段：UNP residues 209-428 链 D 209–428（220 aa）片段：UNP residues 209-428	未记录	MAN alpha-D-mannopyranose × 2 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M Tris pH 8.5, 16% PEG 4000, 10 mM CaCl2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 3.30 Å R-free 0.312
4GKO Crystal structure of the calcium2+-bound human IgE-Fc(epsilon)3-4 bound to its B cell receptor derCD23 提交 2012-08-13	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 209–428（220 aa）片段：UNP residues 209-428 链 F 209–428（220 aa）片段：UNP residues 209-428	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M Tris pH 8.5, 16% PEG 4000, 10 mM CaCl2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 3.30 Å R-free 0.312
4GRG Crystal structure of IgE complexed with E2_79, an anti-IgE inhibitor 提交 2012-08-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 210–428（219 aa）片段：IG-LIKE DOMAINS 3 AND 4, RESIDUES 210-428 链 D 210–428（219 aa）片段：IG-LIKE DOMAINS 3 AND 4, RESIDUES 210-428	突变：G216C 突变：G216C	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；298 K；0.1 M Phosphate-citrate pH 4.2, 5% (w/v) PEG-3000, 25% (v/v) 1,2-propanediol, 10% (v/v) glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 4.24 Å R-free 0.338
4GT7 An engineered disulfide bond reversibly traps the IgE-Fc3-4 in a closed, non-receptor binding conformation 提交 2012-08-28	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 210–426（217 aa）片段：IgE Fc Cepsilon3-Cepsilon4 fragment (unp residues 210-426) 链 B 210–426（217 aa）片段：IgE Fc Cepsilon3-Cepsilon4 fragment (unp residues 210-426)	突变：C328A, G335C 突变：C328A, G335C	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.5；298 K；20 mM sodium acetate, pH 4.6, 28.8% (w/v) PEG 4000, 2% (w/v) Anapoe -X-405, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 2.61 Å R-free 0.253
4GT7 An engineered disulfide bond reversibly traps the IgE-Fc3-4 in a closed, non-receptor binding conformation 提交 2012-08-28	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 210–426（217 aa）片段：IgE Fc Cepsilon3-Cepsilon4 fragment (unp residues 210-426) 链 D 210–426（217 aa）片段：IgE Fc Cepsilon3-Cepsilon4 fragment (unp residues 210-426)	突变：C328A, G335C 突变：C328A, G335C	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.5；298 K；20 mM sodium acetate, pH 4.6, 28.8% (w/v) PEG 4000, 2% (w/v) Anapoe -X-405, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 2.61 Å R-free 0.253
4J4P The complex of human IgE-Fc with two bound Fab fragments 提交 2013-02-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 105–427（323 aa）链 B 105–427（323 aa）	突变：N265Q, N371Q 突变：N265Q, N371Q	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；291 K；PEG 3350, sodium citrate, bis-tris propane, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.91 Å R-free 0.284
4KI1 Primitive triclinic crystal form of the human IgE-Fc(epsilon)3-4 bound to its B cell receptor derCD23 提交 2013-05-01	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 209–428（220 aa）片段：HUMAN IGE-FC(EPSILON)3-4, UNP residues 209-428 链 B 209–428（220 aa）片段：HUMAN IGE-FC(EPSILON)3-4, UNP residues 209-428	突变：N252Q, N264Q 突变：N252Q, N264Q	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；26 % (w/v) PEG 1,500 and 20 % (v/v) glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 3.20 Å R-free 0.266
4KI1 Primitive triclinic crystal form of the human IgE-Fc(epsilon)3-4 bound to its B cell receptor derCD23 提交 2013-05-01	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 209–428（220 aa）片段：HUMAN IGE-FC(EPSILON)3-4, UNP residues 209-428 链 D 209–428（220 aa）片段：HUMAN IGE-FC(EPSILON)3-4, UNP residues 209-428	突变：N252Q, N264Q 突变：N252Q, N264Q	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；26 % (w/v) PEG 1,500 and 20 % (v/v) glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 3.20 Å R-free 0.266
5ANM Crystal structure of IgE Fc in complex with a neutralizing antibody 提交 2015-09-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 G 211–428（218 aa）片段：FC DOMAIN, CE3-CE4, RESIDUES 211-428	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 100 MM MGCL2, 100 MM SODIUM CITRATE PH 5.0 AND 15% PEG 4000	分辨率 2.85 Å R-free 0.260
5ANM Crystal structure of IgE Fc in complex with a neutralizing antibody 提交 2015-09-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 E 211–428（218 aa）片段：FC DOMAIN, CE3-CE4, RESIDUES 211-428 链 F 211–428（218 aa）片段：FC DOMAIN, CE3-CE4, RESIDUES 211-428	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 100 MM MGCL2, 100 MM SODIUM CITRATE PH 5.0 AND 15% PEG 4000	分辨率 2.85 Å R-free 0.260
5HYS Structure of IgE complexed with omalizumab 提交 2016-02-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 G 209–428（220 aa）片段：Ig-like 3 and Ig-like 4 domains, residues 209-428 链 I 209–428（220 aa）片段：Ig-like 3 and Ig-like 4 domains, residues 209-428	突变：C328A, G335C 突变：C328A, G335C	SO4 SULFATE ION × 22	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；294 K；0.2M Lithium Sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5, and 41% PEG 400	分辨率 2.50 Å R-free 0.239
5HYS Structure of IgE complexed with omalizumab 提交 2016-02-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 J 209–428（220 aa）片段：Ig-like 3 and Ig-like 4 domains, residues 209-428 链 K 209–428（220 aa）片段：Ig-like 3 and Ig-like 4 domains, residues 209-428	突变：C328A, G335C 突变：C328A, G335C	SO4 SULFATE ION × 26	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；294 K；0.2M Lithium Sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5, and 41% PEG 400	分辨率 2.50 Å R-free 0.239
5LGJ THE CRYSTAL STRUCTURE OF IGE FC MUTANT - P333C 提交 2016-07-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 108–426（319 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 3 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；294 K；16% w/v PEG 8,000, 0.1M Tris-HCl pH 8.5, 0.2 M lithium sulfate	分辨率 2.60 Å R-free 0.248
5LGJ THE CRYSTAL STRUCTURE OF IGE FC MUTANT - P333C 提交 2016-07-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 108–427（320 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；294 K；16% w/v PEG 8,000, 0.1M Tris-HCl pH 8.5, 0.2 M lithium sulfate	分辨率 2.60 Å R-free 0.248
5LGK Crystal structure of the human IgE-Fc bound to its B cell receptor derCD23 提交 2016-07-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 114–421（308 aa）链 B 114–421（308 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；15% (w/v) PEG 8,000, 0.1 M sodium citrate, 0.05 M ammonium sulfate	分辨率 3.50 Å R-free 0.278
5LGK Crystal structure of the human IgE-Fc bound to its B cell receptor derCD23 提交 2016-07-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 114–421（308 aa）链 D 114–421（308 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；15% (w/v) PEG 8,000, 0.1 M sodium citrate, 0.05 M ammonium sulfate	分辨率 3.50 Å R-free 0.278
5MOI Crystal structure of human IgE-Fc epsilon 3-4 提交 2016-12-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 209–428（220 aa）链 B 209–428（220 aa）链 C 209–428（220 aa）链 D 209–428（220 aa）链 E 209–428（220 aa）链 F 209–428（220 aa）	未记录	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 6 PO4 PHOSPHATE ION × 6 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；25% (v/v) PEG1500, 0.1M SPG (succinic acid, sodium dihydrogen phosphate and glycine in the ratio 2:7:7)	分辨率 2.20 Å R-free 0.234
5MOJ Crystal structure of IgE-Fc epsilon 3-4 提交 2016-12-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 209–428（220 aa）链 B 209–428（220 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 7 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；25% PEG 4000 0.15M Ammonium Sulphate 0.1M MES	分辨率 2.26 Å R-free 0.236
5MOK Crystal structure of human IgE-Fc epsilon 3-4 提交 2016-12-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 209–428（220 aa）链 B 209–428（220 aa）链 C 209–428（220 aa）链 D 209–428（220 aa）	未记录	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；25% (v/v) PEG1500 0.1M SPG (succinic acid, sodium dihydrogen phosphate and glycine in the ratio 2:7:7) at pH 6.0	分辨率 2.00 Å R-free 0.226
5MOL Human IgE-Fc crystal structure 提交 2016-12-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 104–428（325 aa）链 B 104–428（325 aa）	未记录	PG0 2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANOL × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 AE3 2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHANOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1M Tris HCL pH 8.5 25% PEG 550 MME	分辨率 1.75 Å R-free 0.232
5NQW IgE-Fc in complex with single domain antibody 026 提交 2017-04-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 215–426（212 aa）链 B 215–426（212 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1 M imidazole pH 7.0 11-12 % polyethylene glycol 20.000	分辨率 3.40 Å R-free 0.241
6EYO Structure of extended IgE-Fc in complex with two anti-IgE Fabs 提交 2017-11-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 104–428（325 aa）链 B 104–428（325 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291 K；0.1M Tris-HCl pH8.0 and 45% (v/v) pentaerythritol propoxylate (5/4PO/OH)	分辨率 3.70 Å R-free 0.288
6UQR Complex of IgE and Ligelizumab 提交 2019-10-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 209–426（218 aa）片段：C3-4 链 D 209–426（218 aa）片段：C3-4	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；287.15 K；0.2M Na Thiocyanate pH 6.9, 20% PEG3350, 10 mM Spermidine	分辨率 3.65 Å R-free 0.295
7MXI IgE-Fc in complex with DARPins E2_79 and E3_53 提交 2021-05-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 209–426（218 aa）片段：C3-4 链 B 209–426（218 aa）片段：C3-4	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；291 K；E3_53, E2_79, and IgE-Fc3-4 were mixed in equimolar ratios with E3_53 and E2_79, and intact complexes were purified by SEC in 20 mM Tris-HCl, pH 8.0, 50mM NaCl and concentrated to 7mg/ml and mixed 1:1 with acetate buffer pH 4.6, 43% ethylene glycol w/v in hanging drops	分辨率 2.80 Å R-free 0.256
7SHT Structure of a partially disrupted IgE high affinity receptor complex bound to an omalizumab variant 提交 2021-10-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 B 109–428（320 aa）链 D 109–428（320 aa）	突变：G335C 突变：G335C	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.29 Å
7SHU IgE-Fc in complex with omalizumab variant C02 提交 2021-10-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 209–426（218 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.2M Lithium sulfate, 0.1 M Phosphate citrate pH 4.2, 20% (w/v) PEG 1000	分辨率 2.75 Å R-free 0.275
7SHU IgE-Fc in complex with omalizumab variant C02 提交 2021-10-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 209–426（218 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.2M Lithium sulfate, 0.1 M Phosphate citrate pH 4.2, 20% (w/v) PEG 1000	分辨率 2.75 Å R-free 0.275
7SHY IgE-Fc in complex with omalizumab scFv 提交 2021-10-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 G 209–426（218 aa）片段：C3-4 链 H 209–426（218 aa）片段：C3-4	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 MAN alpha-D-mannopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.02 M Magnesium chloride, 0.1M HEPES pH 7.5, 22% (w/v) Polyacrylic acid 5100 sodium salt	分辨率 3.00 Å R-free 0.230
7SHY IgE-Fc in complex with omalizumab scFv 提交 2021-10-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 209–426（218 aa）片段：C3-4 链 B 209–426（218 aa）片段：C3-4	未记录	GOL GLYCEROL × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.02 M Magnesium chloride, 0.1M HEPES pH 7.5, 22% (w/v) Polyacrylic acid 5100 sodium salt	分辨率 3.00 Å R-free 0.230
7SHZ IgE-Fc in complex with HAE 提交 2021-10-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 209–426（218 aa）片段：C3-4 链 B 209–426（218 aa）片段：C3-4	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 2 ACT ACETATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 MAN alpha-D-mannopyranose × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M Sodium acetate pH 4.6, 8% (w/v) PEG 4000	分辨率 3.00 Å R-free 0.235
7SHZ IgE-Fc in complex with HAE 提交 2021-10-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 G 209–426（218 aa）片段：C3-4 链 H 209–426（218 aa）片段：C3-4	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M Sodium acetate pH 4.6, 8% (w/v) PEG 4000	分辨率 3.00 Å R-free 0.235
7SI0 IgE-Fc in complex with 813 提交 2021-10-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 209–426（218 aa）片段：C3-4 链 B 209–426（218 aa）片段：C3-4	未记录	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M CAPS pH 10.5, 40%(v/v) MPD	分辨率 3.00 Å R-free 0.261
7SI0 IgE-Fc in complex with 813 提交 2021-10-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 G 209–426（218 aa）片段：C3-4 链 H 209–426（218 aa）片段：C3-4	未记录	NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M CAPS pH 10.5, 40%(v/v) MPD	分辨率 3.00 Å R-free 0.261
8C1B Focused map for structure of IgE bound to the ectodomain of FceRIa 提交 2022-12-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 H 108–423（316 aa）链 X 108–423（316 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
8C1C Structure of IgE bound to the ectodomain of FceRIa 提交 2022-12-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 H 1–423（423 aa）链 X 1–423（423 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.10 Å
8Z0T Structure of the human ige-fc bound to its high affinity receptor fc(epsilon) 提交 2024-04-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 106–428（323 aa）链 E 106–428（323 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.58 Å

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查看构建体与数据证据

UniProt名称	IGHE_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–223； UniProt 209–428 作者链 B； PDB构建体 4–223； UniProt 209–428 作者链 E； PDB构建体 4–223； UniProt 209–428

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3h9y
沉积日期 deposition_date	2009-04-30
结构标题 title	Crystal structure of the IgE-Fc3-4 domains
关键词 keywords	;Immunoglobin, IgE, Fc, flexibility, hydrophobic pocket, Disulfide bond, Glycoprotein, Immunoglobulin C region, Immunoglobulin domain, IMMUNE SYSTEM ;; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.43 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.84 Å
零角强度 I(0) i0	92347400.00
分子量 molecular_weight	73400.0 kDa
排除体积 excluded_volume	91208 Å³
包络体积 envelope_volume	126480 Å³
水化壳体积 shell_volume	35310 Å³
包络直径 envelope_diameter	107.4 Å
壳层 Rg shell_rg	36.56 Å
包络 Rg envelope_rg	30.38 Å
形状 Rg shape_rg	30.85 Å
总 Rg total_rg	31.38 Å
总原子数 total_atoms	5163
残基数 n_residues	628
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	101.8 Å
Rg (实空间) rg_real	31.44 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.80 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.2350e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.5750e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.44 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	92350000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8800
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	36.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.367
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.229
角度范围 angular_range	— – 0.2500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	7324000.0000
实空间数据点数 n_real_points	51
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.894; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.755

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Ig epsilon chain C region
分子量 formula_weight	24920.1 kDa
突变 mutation	N252Q, N264Q
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,E
原子数 atom_count	5410

ADPCADSNPRGVSAYLSRPSPFDLFIRKSPTITCLVVDLAPSKGTVQLTWSRASGKPVQHSTRKEEKQRNGTLTVTSTLPVGTRDWIEGETYQCRVTHPHLPRALMRSTTKTSGPRAAPEVYAFATPEWPGSRDKRTLACLIQNFMPEDISVQWLHNEVQLPDARHSTTQPRKTKGSGFFVFSRLEVTRAEWEQKDEFICRAVHEAASPSQTVQRAVSVNPGK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	1073.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	910.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	AMMONIUM ION
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	247

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d3h9ya1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d3h9ya2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d3h9yb1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d3h9yb2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d3h9ye1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d3h9ye2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	3h9yA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3h9yA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3h9yB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3h9yB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3h9yE01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3h9yE02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	153.676 Å
晶胞边长 b length_b	104.994 Å
晶胞边长 c length_c	49.222 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	101.61 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.230 Å
最低分辨率 resolution_low	29.640 Å
R 因子 r_factor	0.2326
R_work r_work	0.2310
R_free r_free	0.2621

fit	/app/data/saxs_computation/h9/3h9y/3h9y.fit
pddf	/app/data/pr_computation/h9/3h9y/3h9y.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/h9/3h9y/3h9y.dat