3hei

Ligand Recognition by A-Class Eph Receptors: Crystal Structures of the EphA2 Ligand-Binding Domain and the EphA2/ephrin-A1 Complex

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ephrin type-A receptor 2

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ephrin-A1 × 1 （P20827） water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ephrin-A1 × 1 （P20827） water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ephrin-A1 × 1 （P20827） water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ephrin-A1 × 1 （P20827） water × 2	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ephrin-A1 × 1 （P20827） water × 2	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ephrin-A1 × 1 （P20827） water × 2	与蛋白数一致
7	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ephrin-A1 × 1 （P20827） water × 2	与蛋白数一致
8	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ephrin-A1 × 1 （P20827） water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	EPHA2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–174； UniProt 28–201 作者链 C； PDB构建体 1–174； UniProt 28–201 作者链 E； PDB构建体 1–174； UniProt 28–201 作者链 G； PDB构建体 1–174； UniProt 28–201 作者链 I； PDB构建体 1–174； UniProt 28–201 作者链 K； PDB构建体 1–174； UniProt 28–201 作者链 M； PDB构建体 1–174； UniProt 28–201 作者链 O； PDB构建体 1–174； UniProt 28–201

Ephrin-A1

Homo sapiens

UniProt P20827

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ephrin type-A receptor 2 × 1 （P29317） water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ephrin type-A receptor 2 × 1 （P29317） water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ephrin type-A receptor 2 × 1 （P29317） water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ephrin type-A receptor 2 × 1 （P29317） water × 2	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ephrin type-A receptor 2 × 1 （P29317） water × 2	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ephrin type-A receptor 2 × 1 （P29317） water × 2	与蛋白数一致
7	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ephrin type-A receptor 2 × 1 （P29317） water × 2	与蛋白数一致
8	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ephrin type-A receptor 2 × 1 （P29317） water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	EFNA1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–130； UniProt 18–147 作者链 D； PDB构建体 1–130； UniProt 18–147 作者链 F； PDB构建体 1–130； UniProt 18–147 作者链 H； PDB构建体 1–130； UniProt 18–147 作者链 J； PDB构建体 1–130； UniProt 18–147 作者链 L； PDB构建体 1–130； UniProt 18–147 作者链 N； PDB构建体 1–130； UniProt 18–147 作者链 P； PDB构建体 1–130； UniProt 18–147

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3hei
沉积日期 deposition_date	2009-05-08
结构标题 title	Ligand Recognition by A-Class Eph Receptors: Crystal Structures of the EphA2 Ligand-Binding Domain and the EphA2/ephrin-A1 Complex
关键词 keywords	;Eph receptor tyrosine kinase, ephrin, Cell membrane, Disulfide bond, Glycoprotein, GPI-anchor, Lipoprotein, Membrane, ATP-binding, Kinase, Nucleotide-binding, Phosphoprotein, Receptor, Transferase, Transmembrane, Tyrosine-protein kinase, TRANSFERASE-SIGNALING PROTEIN COMPLEX ;; TRANSFERASE/SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3hei__assembly_3__model_1

Assembly 3 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3hei__assembly_3__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3hei__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	22.24 Å
Rg（电子密度）	21.17 Å
总 Rg	22.04 Å
原子数	2519
残基数	306
排除体积	44542 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3hei__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3hei__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`3hei__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`3hei__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`3hei__assembly_5__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`3hei__assembly_6__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
7	1	`3hei__assembly_7__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
8	1	`3hei__assembly_8__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Ephrin type-A receptor 2
分子量 formula_weight	19913.6 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.10.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G,I,K,M,O
原子数 atom_count	22908

EVVLLDFAAAGGELGWLTHPYGKGWDLMQNIMNDMPIYMYSVCNVMSGDQDNWLRTNWVYRGEAERIFIELKFTVRDCNSFPGGASSCKETFNLYYAESDLDYGTNFQKRLFTKIDTIAPDEITVSSDFEARHVKLNVEERSVGPLTRKGFYLAFQDIGACVALLSVRVYYKKC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	HOMO SAPIENS

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Ephrin-A1
分子量 formula_weight	15884.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H,J,L,N,P

ADRHTVFWNSSNPKFRNEDYTIHVQLNDYVDIICPHYEDHSVADAAMEQYILYLVEHEEYQLCQPQSKDQVRWQCNRPSAKHGPEKLSEKFQRFTPFTLGKEFKEGHSYYYISKPIHQHEDRCLRLKVTVKI

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	HOMO SAPIENS

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2756

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 40 domains

SCOP 2.08 (24 domains)

结构域编号 domain_id	d3heia_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.18 — Galactose-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.18.1 — Galactose-binding domain-like
家族 Family family	b.18.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3heib1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.6.1 — Cupredoxins
家族 Family family	b.6.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3heib2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3heic_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.18 — Galactose-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.18.1 — Galactose-binding domain-like
家族 Family family	b.18.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3heid1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.6.1 — Cupredoxins
家族 Family family	b.6.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3heid2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3heie_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.18 — Galactose-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.18.1 — Galactose-binding domain-like
家族 Family family	b.18.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3heif1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.6.1 — Cupredoxins
家族 Family family	b.6.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3heif2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3heig_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.18 — Galactose-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.18.1 — Galactose-binding domain-like
家族 Family family	b.18.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3heih1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.6.1 — Cupredoxins
家族 Family family	b.6.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3heih2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3heii_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.18 — Galactose-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.18.1 — Galactose-binding domain-like
家族 Family family	b.18.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3heij1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.6.1 — Cupredoxins
家族 Family family	b.6.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3heij2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3heik_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.18 — Galactose-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.18.1 — Galactose-binding domain-like
家族 Family family	b.18.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3heil1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.6.1 — Cupredoxins
家族 Family family	b.6.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3heil2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3heim_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.18 — Galactose-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.18.1 — Galactose-binding domain-like
家族 Family family	b.18.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3hein1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.6.1 — Cupredoxins
家族 Family family	b.6.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3hein2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3heio_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.18 — Galactose-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.18.1 — Galactose-binding domain-like
家族 Family family	b.18.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3heip1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.6.1 — Cupredoxins
家族 Family family	b.6.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3heip2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (16 domains)

结构域编号 domain_id	3heiA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	260 — Galactose-binding domain-like

结构域编号 domain_id	3heiB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Cupredoxins - blue copper proteins

结构域编号 domain_id	3heiC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	260 — Galactose-binding domain-like

结构域编号 domain_id	3heiD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Cupredoxins - blue copper proteins

结构域编号 domain_id	3heiE00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	260 — Galactose-binding domain-like

结构域编号 domain_id	3heiF00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Cupredoxins - blue copper proteins

结构域编号 domain_id	3heiG00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	260 — Galactose-binding domain-like

结构域编号 domain_id	3heiH00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Cupredoxins - blue copper proteins

结构域编号 domain_id	3heiI00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	260 — Galactose-binding domain-like

结构域编号 domain_id	3heiJ00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Cupredoxins - blue copper proteins

结构域编号 domain_id	3heiK00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	260 — Galactose-binding domain-like

结构域编号 domain_id	3heiL00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Cupredoxins - blue copper proteins

结构域编号 domain_id	3heiM00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	260 — Galactose-binding domain-like

结构域编号 domain_id	3heiN00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Cupredoxins - blue copper proteins

结构域编号 domain_id	3heiO00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	260 — Galactose-binding domain-like

结构域编号 domain_id	3heiP00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Cupredoxins - blue copper proteins

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晶胞边长 a length_a	58.483 Å
晶胞边长 b length_b	102.108 Å
晶胞边长 c length_c	135.255 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	84.25 °
晶胞夹角 β angle_beta	79.77 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	73.94 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.1749
R_work r_work	0.1718
R_free r_free	0.2330

Ligand Recognition by A-Class Eph Receptors: Crystal Structures of the EphA2 Ligand-Binding Domain and the EphA2/ephrin-A1 Complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ephrin type-A receptor 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Ephrin-A1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3hei__assembly_3__model_1

3hei__assembly_3__model_1 | I(q)

3hei__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 40 domains

SCOP 2.08 (24 domains)

CATH v4.4 (16 domains)

7. 引用文献 (1)

Ligand Recognition by A-Class Eph Receptors: Crystal Structures of the EphA2 Ligand-Binding Domain and the EphA2/ephrin-A1 Complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ephrin type-A receptor 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ephrin-A1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3hei__assembly_3__model_1

3hei__assembly_3__model_1 | I(q)

3hei__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 40 domains

SCOP 2.08 (24 domains)

CATH v4.4 (16 domains)

7. 引用文献 (1)