3hhq

Crystal structure of apo dUT1p from Saccharomyces cerevisiae

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase ;

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 3	SULFATE ION × 4 SODIUM ION × 2 CHLORIDE ION × 2 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 3	SULFATE ION × 5 SODIUM ION × 1 CHLORIDE ION × 4 1,2-ETHANEDIOL × 4 water × 3	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 3	SULFATE ION × 5 CHLORIDE ION × 1 1,2-ETHANEDIOL × 1 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 water × 3	与蛋白数一致
4	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 3	SULFATE ION × 3 SODIUM ION × 1 CHLORIDE ION × 3 1,2-ETHANEDIOL × 5 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 water × 3	与蛋白数一致
5	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 3	SULFATE ION × 5 SODIUM ION × 4 CHLORIDE ION × 2 1,2-ETHANEDIOL × 8 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 water × 3	与蛋白数一致
6	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 3	SULFATE ION × 4 SODIUM ION × 1 CHLORIDE ION × 2 1,2-ETHANEDIOL × 7 water × 3	与蛋白数一致
7	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 3	SULFATE ION × 4 SODIUM ION × 3 CHLORIDE ION × 2 1,2-ETHANEDIOL × 5 GLYCEROL × 1 water × 3	与蛋白数一致
8	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 3	SULFATE ION × 5 SODIUM ION × 2 CHLORIDE ION × 1 1,2-ETHANEDIOL × 4 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DUT_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 21–167； UniProt 1–147 作者链 B； PDB构建体 21–167； UniProt 1–147 作者链 C； PDB构建体 21–167； UniProt 1–147 作者链 D； PDB构建体 21–167； UniProt 1–147 作者链 E； PDB构建体 21–167； UniProt 1–147 作者链 F； PDB构建体 21–167； UniProt 1–147 作者链 G； PDB构建体 21–167； UniProt 1–147 作者链 H； PDB构建体 21–167； UniProt 1–147 作者链 I； PDB构建体 21–167； UniProt 1–147 作者链 J； PDB构建体 21–167； UniProt 1–147 作者链 K； PDB构建体 21–167； UniProt 1–147 作者链 L； PDB构建体 21–167； UniProt 1–147 作者链 M； PDB构建体 21–167； UniProt 1–147 作者链 N； PDB构建体 21–167； UniProt 1–147 作者链 O； PDB构建体 21–167； UniProt 1–147 作者链 P； PDB构建体 21–167； UniProt 1–147 作者链 Q； PDB构建体 21–167； UniProt 1–147 作者链 R； PDB构建体 21–167； UniProt 1–147 作者链 S； PDB构建体 21–167； UniProt 1–147 作者链 T； PDB构建体 21–167； UniProt 1–147 作者链 U； PDB构建体 21–167； UniProt 1–147 作者链 V； PDB构建体 21–167； UniProt 1–147 作者链 W； PDB构建体 21–167； UniProt 1–147 作者链 X； PDB构建体 21–167； UniProt 1–147

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3hhq
沉积日期 deposition_date	2009-05-15
结构标题 title	Crystal structure of apo dUT1p from Saccharomyces cerevisiae
关键词 keywords	;trimer, beta barrel, apo structure, dUTP pyrophosphatase, Saccharomyces cerevisiae, molecular replacement, Hydrolase, Nucleotide metabolism, Phosphoprotein ;; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3hhq__assembly_4__model_1

Assembly 4 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3hhq__assembly_4__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3hhq__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	20.87 Å
Rg（电子密度）	19.75 Å
总 Rg	20.73 Å
原子数	2887
残基数	380
排除体积	51859 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3hhq__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3hhq__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`3hhq__assembly_3__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`3hhq__assembly_4__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`3hhq__assembly_5__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`3hhq__assembly_6__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
7	1	`3hhq__assembly_7__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
8	1	`3hhq__assembly_8__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase ;
分子量 formula_weight	17494.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.1.23
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	24

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X
原子数 atom_count	25087

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMTATSDKVLKIQLRSASATVPTKGSATAAGYDIYASQDITIPAMGQGMVSTDISFTVPVGTYGRIAPRSGLAVKNGIQTGAGVVDRDYTGEVKVVLFNHSQRDFAIKKGDRVAQLILEKIVDDAQIVVVDSLEESARGAGGFGSTGN

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	yeast
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	35

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	14

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	17

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	34

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1732

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 48 domains

SCOP 2.08 (24 domains)

结构域编号 domain_id	d3hhqa_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.85 — beta-clip
超家族 Superfamily superfamily	b.85.4 — dUTPase-like
家族 Family family	b.85.4.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3hhqb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.85 — beta-clip
超家族 Superfamily superfamily	b.85.4 — dUTPase-like
家族 Family family	b.85.4.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3hhqc_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.85 — beta-clip
超家族 Superfamily superfamily	b.85.4 — dUTPase-like
家族 Family family	b.85.4.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3hhqd_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.85 — beta-clip
超家族 Superfamily superfamily	b.85.4 — dUTPase-like
家族 Family family	b.85.4.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3hhqe_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.85 — beta-clip
超家族 Superfamily superfamily	b.85.4 — dUTPase-like
家族 Family family	b.85.4.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3hhqf_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.85 — beta-clip
超家族 Superfamily superfamily	b.85.4 — dUTPase-like
家族 Family family	b.85.4.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3hhqg_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.85 — beta-clip
超家族 Superfamily superfamily	b.85.4 — dUTPase-like
家族 Family family	b.85.4.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3hhqh_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.85 — beta-clip
超家族 Superfamily superfamily	b.85.4 — dUTPase-like
家族 Family family	b.85.4.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3hhqi_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.85 — beta-clip
超家族 Superfamily superfamily	b.85.4 — dUTPase-like
家族 Family family	b.85.4.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3hhqj_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.85 — beta-clip
超家族 Superfamily superfamily	b.85.4 — dUTPase-like
家族 Family family	b.85.4.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3hhqk_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.85 — beta-clip
超家族 Superfamily superfamily	b.85.4 — dUTPase-like
家族 Family family	b.85.4.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3hhql_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.85 — beta-clip
超家族 Superfamily superfamily	b.85.4 — dUTPase-like
家族 Family family	b.85.4.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3hhqm_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.85 — beta-clip
超家族 Superfamily superfamily	b.85.4 — dUTPase-like
家族 Family family	b.85.4.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3hhqn_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.85 — beta-clip
超家族 Superfamily superfamily	b.85.4 — dUTPase-like
家族 Family family	b.85.4.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3hhqo_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.85 — beta-clip
超家族 Superfamily superfamily	b.85.4 — dUTPase-like
家族 Family family	b.85.4.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3hhqp_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.85 — beta-clip
超家族 Superfamily superfamily	b.85.4 — dUTPase-like
家族 Family family	b.85.4.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3hhqq_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.85 — beta-clip
超家族 Superfamily superfamily	b.85.4 — dUTPase-like
家族 Family family	b.85.4.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3hhqr_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.85 — beta-clip
超家族 Superfamily superfamily	b.85.4 — dUTPase-like
家族 Family family	b.85.4.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3hhqs_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.85 — beta-clip
超家族 Superfamily superfamily	b.85.4 — dUTPase-like
家族 Family family	b.85.4.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3hhqt_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.85 — beta-clip
超家族 Superfamily superfamily	b.85.4 — dUTPase-like
家族 Family family	b.85.4.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3hhqu_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.85 — beta-clip
超家族 Superfamily superfamily	b.85.4 — dUTPase-like
家族 Family family	b.85.4.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3hhqv_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.85 — beta-clip
超家族 Superfamily superfamily	b.85.4 — dUTPase-like
家族 Family family	b.85.4.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3hhqw_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.85 — beta-clip
超家族 Superfamily superfamily	b.85.4 — dUTPase-like
家族 Family family	b.85.4.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3hhqx_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.85 — beta-clip
超家族 Superfamily superfamily	b.85.4 — dUTPase-like
家族 Family family	b.85.4.0 — automated matches

CATH v4.4 (24 domains)

结构域编号 domain_id	3hhqA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Deoxyuridine 5'-Triphosphate Nucleotidohydrolase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Deoxyuridine triphosphatase (dUTPase)

结构域编号 domain_id	3hhqB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Deoxyuridine 5'-Triphosphate Nucleotidohydrolase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Deoxyuridine triphosphatase (dUTPase)

结构域编号 domain_id	3hhqC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Deoxyuridine 5'-Triphosphate Nucleotidohydrolase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Deoxyuridine triphosphatase (dUTPase)

结构域编号 domain_id	3hhqD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Deoxyuridine 5'-Triphosphate Nucleotidohydrolase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Deoxyuridine triphosphatase (dUTPase)

结构域编号 domain_id	3hhqE00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Deoxyuridine 5'-Triphosphate Nucleotidohydrolase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Deoxyuridine triphosphatase (dUTPase)

结构域编号 domain_id	3hhqF00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Deoxyuridine 5'-Triphosphate Nucleotidohydrolase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Deoxyuridine triphosphatase (dUTPase)

结构域编号 domain_id	3hhqG00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Deoxyuridine 5'-Triphosphate Nucleotidohydrolase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Deoxyuridine triphosphatase (dUTPase)

结构域编号 domain_id	3hhqH00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Deoxyuridine 5'-Triphosphate Nucleotidohydrolase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Deoxyuridine triphosphatase (dUTPase)

结构域编号 domain_id	3hhqI00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Deoxyuridine 5'-Triphosphate Nucleotidohydrolase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Deoxyuridine triphosphatase (dUTPase)

结构域编号 domain_id	3hhqJ00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Deoxyuridine 5'-Triphosphate Nucleotidohydrolase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Deoxyuridine triphosphatase (dUTPase)

结构域编号 domain_id	3hhqK00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Deoxyuridine 5'-Triphosphate Nucleotidohydrolase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Deoxyuridine triphosphatase (dUTPase)

结构域编号 domain_id	3hhqL00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Deoxyuridine 5'-Triphosphate Nucleotidohydrolase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Deoxyuridine triphosphatase (dUTPase)

结构域编号 domain_id	3hhqM00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Deoxyuridine 5'-Triphosphate Nucleotidohydrolase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Deoxyuridine triphosphatase (dUTPase)

结构域编号 domain_id	3hhqN00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Deoxyuridine 5'-Triphosphate Nucleotidohydrolase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Deoxyuridine triphosphatase (dUTPase)

结构域编号 domain_id	3hhqO00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Deoxyuridine 5'-Triphosphate Nucleotidohydrolase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Deoxyuridine triphosphatase (dUTPase)

结构域编号 domain_id	3hhqP00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Deoxyuridine 5'-Triphosphate Nucleotidohydrolase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Deoxyuridine triphosphatase (dUTPase)

结构域编号 domain_id	3hhqQ00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Deoxyuridine 5'-Triphosphate Nucleotidohydrolase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Deoxyuridine triphosphatase (dUTPase)

结构域编号 domain_id	3hhqR00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Deoxyuridine 5'-Triphosphate Nucleotidohydrolase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Deoxyuridine triphosphatase (dUTPase)

结构域编号 domain_id	3hhqS00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Deoxyuridine 5'-Triphosphate Nucleotidohydrolase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Deoxyuridine triphosphatase (dUTPase)

结构域编号 domain_id	3hhqT00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Deoxyuridine 5'-Triphosphate Nucleotidohydrolase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Deoxyuridine triphosphatase (dUTPase)

结构域编号 domain_id	3hhqU00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Deoxyuridine 5'-Triphosphate Nucleotidohydrolase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Deoxyuridine triphosphatase (dUTPase)

结构域编号 domain_id	3hhqV00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Deoxyuridine 5'-Triphosphate Nucleotidohydrolase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Deoxyuridine triphosphatase (dUTPase)

结构域编号 domain_id	3hhqW00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Deoxyuridine 5'-Triphosphate Nucleotidohydrolase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Deoxyuridine triphosphatase (dUTPase)

结构域编号 domain_id	3hhqX00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Deoxyuridine 5'-Triphosphate Nucleotidohydrolase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Deoxyuridine triphosphatase (dUTPase)

▶

晶胞边长 a length_a	95.461 Å
晶胞边长 b length_b	95.466 Å
晶胞边长 c length_c	97.594 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	98.79 °
晶胞夹角 β angle_beta	97.42 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	107.13 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	40.620 Å
R 因子 r_factor	0.1778
R_work r_work	0.1747
R_free r_free	0.2358

Crystal structure of apo dUT1p from Saccharomyces cerevisiae

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3hhq__assembly_4__model_1

3hhq__assembly_4__model_1 | I(q)

3hhq__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 48 domains

SCOP 2.08 (24 domains)

CATH v4.4 (24 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of apo dUT1p from Saccharomyces cerevisiae

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3hhq__assembly_4__model_1

3hhq__assembly_4__model_1 | I(q)

3hhq__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 48 domains

SCOP 2.08 (24 domains)

CATH v4.4 (24 domains)

7. 引用文献 (1)