SAXSdb — 3hht

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nitrile hydratase alpha subunit

Geobacillus pallidus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Nitrile hydratase beta subunit × 2 （Q84FS6） COBALT (III) ION × 2 CHLORIDE ION × 4 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q84FS5_9BACI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–216； UniProt 1–216

Nitrile hydratase beta subunit

Geobacillus pallidus

UniProt Q84FS6

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Nitrile hydratase alpha subunit × 2 （Q84FS5） COBALT (III) ION × 2 CHLORIDE ION × 4 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q84FS6_9BACI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–229； UniProt 1–229

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3hht
沉积日期 deposition_date	2009-05-17
结构标题 title	A mutant of the nitrile hydratase from Geobacillus pallidus having enhanced thermostability
关键词 keywords	Alpha and beta proteins (a+b), LYASE; LYASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3hht__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3hht__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3hht__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	29.92 Å
Rg（电子密度）	29.19 Å
总 Rg	30.00 Å
原子数	6966
残基数	854
排除体积	123810 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3hht__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Nitrile hydratase alpha subunit
分子量 formula_weight	24674.2 kDa
EC 编号 ec_number	4.2.1.84
突变 mutation	D4G
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4028

MTIGQKNTNIDPRFPHHHPRPQSFWEARAKALESLLIEKGHLSSDAIERVIKHYEHELGPMNGAKVVAKAWTDPAFKQRLLEDSETVLRELGYYGLQGEHIRVVENTDTVHNVVVCTLCSCYPWPLLGLPPSWYKEPAYRARVVKEPRQVLKEFGLDLPDSVEIRVWDSSSEIRFMVLPQRPEGTEGMTEEELAKLVTRDSMIGVAKIEPPKVTVG

来源 Source

来源生物 organism	Geobacillus pallidus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	33936
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Nitrile hydratase beta subunit
分子量 formula_weight	26455.0 kDa
EC 编号 ec_number	4.2.1.84
突变 mutation	F36L, L103S, Y127N
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MNGIHDVGGMDGFGKVMYVKEEEDIYFTHDWERLALGLVAGCMAQGLGMKAFDEFRIGIELMRPVDYLTSSYYGHWIATVAYNLVDTGVLDEKELDERTEVFSKKPDTKIPRREDPALVKLVEKALNDGLSPLREISASPRFKVGERIKTKNIHPTGHTRFPRYARDKYGVIDEVYGAHVFPDDAAHRKGENPQYLYRVRFEAEELWGYKQKDSVYIDLWESYMEPVSH

来源 Source

来源生物 organism	Geobacillus pallidus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	33936
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	COBALT (III) ION
分子量 formula_weight	58.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	519

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d3hhta_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.149 — Nitrile hydratase alpha chain
超家族 Superfamily superfamily	d.149.1 — Nitrile hydratase alpha chain
家族 Family family	d.149.1.1 — Nitrile hydratase alpha chain

结构域编号 domain_id	d3hhtb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.34.4 — Electron transport accessory proteins
家族 Family family	b.34.4.4 — Nitrile hydratase beta chain

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	3hhtA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	330 — Nitrile Hydratase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Nitrile hydratase alpha /Thiocyanate hydrolase gamma

结构域编号 domain_id	3hhtB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	472 — Cyclin A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Nitrile hydratase, beta subunit

结构域编号 domain_id	3hhtB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

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晶胞边长 a length_a	105.832 Å
晶胞边长 b length_b	105.832 Å
晶胞边长 c length_c	83.723 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.160 Å
最低分辨率 resolution_low	26.990 Å
R 因子 r_factor	0.1280
R_work r_work	0.1270
R_free r_free	0.1440

A mutant of the nitrile hydratase from Geobacillus pallidus having enhanced thermostability

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nitrile hydratase alpha subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Nitrile hydratase beta subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3hht__assembly_1__model_1

3hht__assembly_1__model_1 | I(q)

3hht__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

A mutant of the nitrile hydratase from Geobacillus pallidus having enhanced thermostability

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nitrile hydratase alpha subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Nitrile hydratase beta subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3hht__assembly_1__model_1

3hht__assembly_1__model_1 | I(q)

3hht__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)