3hhw

Complex of a vesicular stomatitis virus empty capsid with the nucleocapsid-binding domain of the phosphoprotein

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phosphoprotein

Vesicular stomatitis Indiana virus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 20	Nucleoprotein × 10 （Q77E03） D(-)-TARTARIC ACID × 12	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PHOSP_VSIVM
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–87； UniProt 183–265 作者链 B； PDB构建体 5–87； UniProt 183–265 作者链 C； PDB构建体 5–87； UniProt 183–265 作者链 D； PDB构建体 5–87； UniProt 183–265 作者链 E； PDB构建体 5–87； UniProt 183–265

Nucleoprotein

Vesicular stomatitis Indiana virus

UniProt Q77E03

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 20	Phosphoprotein × 10 （P04880） D(-)-TARTARIC ACID × 12	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NCAP_VSIVN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 K； PDB构建体 1–421； UniProt 2–422 作者链 L； PDB构建体 1–421； UniProt 2–422 作者链 M； PDB构建体 1–421； UniProt 2–422 作者链 N； PDB构建体 1–421； UniProt 2–422 作者链 O； PDB构建体 1–421； UniProt 2–422

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3hhw
沉积日期 deposition_date	2009-05-18
结构标题 title	Complex of a vesicular stomatitis virus empty capsid with the nucleocapsid-binding domain of the phosphoprotein
关键词 keywords	;protein complex, template, replication, negative strand RNA virus, Chaperone, Phosphoprotein, RNA replication, Virion, Ribonucleoprotein, RNA-binding, Viral nucleoprotein, VIRAL PROTEIN ;; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3hhw__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3hhw__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3hhw__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	59.75 Å
Rg（电子密度）	59.06 Å
总 Rg	59.31 Å
原子数	39230
残基数	4920
排除体积	700900 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3hhw__assembly_1__model_1`	eicosameric （20）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Phosphoprotein
分子量 formula_weight	9887.0 kDa
突变 mutation	S290W
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E
原子数 atom_count	19615

GSHMVMNTHPYQSEAVSDVWSLSKTSMTFQPKKASLQPLTISLDELFSSRGEFISVGGNGRMSHKEAILLGLRYKKLYNQARVKYSL

来源 Source

来源生物 organism	Vesicular stomatitis Indiana virus
通用名 common_name	VSIV
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11277
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Nucleoprotein
分子量 formula_weight	47431.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K,L,M,N,O

SVTVKRIIDNTVIVPKLPANEDPVEYPADYFRKSKEIPLYINTTKSLSDLRGYVYQGLKSGNVSIIHVNSYLYGALKDIRGKLDKDWSSFGINIGKAGDTIGIFDLVSLKALDGVLPDGVSDASRTSADDKWLPLYLLGLYRVGRTQMPEYRKKLMDGLTNQCKMINEQFEPLVPEGRDIFDVWGNDSNYTKIVAAVDMFFHMFKKHECASFRYGTIVSRFKDCAALATFGHLCKITGMSTEDVTTWILNREVADEMVQMMLPGQEIDKADSYMPYLIDFGLSSKSPYWSVKNPAFHFWGQLTALLLRSTRARNARQPDDIEYTSLTTAGLLYAYAVGSSADLAQQFCVGDNKYTPDDSTGGLTTNAPPQGRDVVEWLGWFEDQNRKPTPDMMQYAKRAVMSLQGLREKTIGKYAKSEFDK

来源 Source

来源生物 organism	Vesicular stomatitis Indiana virus
通用名 common_name	VSIV
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11277
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	D(-)-TARTARIC ACID
分子量 formula_weight	150.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

结构域编号 domain_id	d3hhwk_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.260 — Rhabdovirus nucleoprotein-like
超家族 Superfamily superfamily	a.260.1 — Rhabdovirus nucleoprotein-like
家族 Family family	a.260.1.1 — Rhabdovirus nucleocapsid protein

结构域编号 domain_id	d3hhwl_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.260 — Rhabdovirus nucleoprotein-like
超家族 Superfamily superfamily	a.260.1 — Rhabdovirus nucleoprotein-like
家族 Family family	a.260.1.1 — Rhabdovirus nucleocapsid protein

结构域编号 domain_id	d3hhwm_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.260 — Rhabdovirus nucleoprotein-like
超家族 Superfamily superfamily	a.260.1 — Rhabdovirus nucleoprotein-like
家族 Family family	a.260.1.1 — Rhabdovirus nucleocapsid protein

结构域编号 domain_id	d3hhwn_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.260 — Rhabdovirus nucleoprotein-like
超家族 Superfamily superfamily	a.260.1 — Rhabdovirus nucleoprotein-like
家族 Family family	a.260.1.1 — Rhabdovirus nucleocapsid protein

结构域编号 domain_id	d3hhwo_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.260 — Rhabdovirus nucleoprotein-like
超家族 Superfamily superfamily	a.260.1 — Rhabdovirus nucleoprotein-like
家族 Family family	a.260.1.1 — Rhabdovirus nucleocapsid protein

CATH v4.4 (15 domains)

结构域编号 domain_id	3hhwA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	440 — Vesicular stomatitis virus phosphoprotein C-terminal domain

结构域编号 domain_id	3hhwB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	440 — Vesicular stomatitis virus phosphoprotein C-terminal domain

结构域编号 domain_id	3hhwC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	440 — Vesicular stomatitis virus phosphoprotein C-terminal domain

结构域编号 domain_id	3hhwD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	440 — Vesicular stomatitis virus phosphoprotein C-terminal domain

结构域编号 domain_id	3hhwE00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	440 — Vesicular stomatitis virus phosphoprotein C-terminal domain

结构域编号 domain_id	3hhwK01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	3570 — Rhabdovirus nucleoprotein-like fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Rhabdovirus nucleocapsid protein like domain

结构域编号 domain_id	3hhwK02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	3610 — Rhabdovirus nucleoprotein-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Nucleoprotein

结构域编号 domain_id	3hhwL01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	3570 — Rhabdovirus nucleoprotein-like fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Rhabdovirus nucleocapsid protein like domain

结构域编号 domain_id	3hhwL02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	3610 — Rhabdovirus nucleoprotein-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Nucleoprotein

结构域编号 domain_id	3hhwM01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	3570 — Rhabdovirus nucleoprotein-like fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Rhabdovirus nucleocapsid protein like domain

结构域编号 domain_id	3hhwM02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	3610 — Rhabdovirus nucleoprotein-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Nucleoprotein

结构域编号 domain_id	3hhwN01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	3570 — Rhabdovirus nucleoprotein-like fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Rhabdovirus nucleocapsid protein like domain

结构域编号 domain_id	3hhwN02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	3610 — Rhabdovirus nucleoprotein-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Nucleoprotein

结构域编号 domain_id	3hhwO01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	3570 — Rhabdovirus nucleoprotein-like fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Rhabdovirus nucleocapsid protein like domain

结构域编号 domain_id	3hhwO02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	3610 — Rhabdovirus nucleoprotein-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Nucleoprotein

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晶胞边长 a length_a	170.602 Å
晶胞边长 b length_b	234.520 Å
晶胞边长 c length_c	95.050 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	20

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.2645
R_work r_work	0.2629
R_free r_free	0.2957

Complex of a vesicular stomatitis virus empty capsid with the nucleocapsid-binding domain of the phosphoprotein

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phosphoprotein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Nucleoprotein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3hhw__assembly_1__model_1

3hhw__assembly_1__model_1 | I(q)

3hhw__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

CATH v4.4 (15 domains)

7. 引用文献 (1)

Complex of a vesicular stomatitis virus empty capsid with the nucleocapsid-binding domain of the phosphoprotein

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phosphoprotein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Nucleoprotein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3hhw__assembly_1__model_1

3hhw__assembly_1__model_1 | I(q)

3hhw__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

CATH v4.4 (15 domains)

7. 引用文献 (1)