3hi9

The x-ray crystal structure of the first RNA recognition motif (RRM1) of the AU-rich element (ARE) binding protein HuR at 2.0 angstrom resolution

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 62.2 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ELAV-like protein 1

Homo sapiens

UniProt Q15717

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 18–99 片段:RRM1 domain: UNP residues 18-99 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.6;293 K;0.2 M Di-ammonium citrate, 20% w/v PEG 3350, 5% Glycerol, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.00 Å R-free 0.232
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 18–99 片段:RRM1 domain: UNP residues 18-99 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.6;293 K;0.2 M Di-ammonium citrate, 20% w/v PEG 3350, 5% Glycerol, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.00 Å R-free 0.232
3 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 18–99 片段:RRM1 domain: UNP residues 18-99 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.6;293 K;0.2 M Di-ammonium citrate, 20% w/v PEG 3350, 5% Glycerol, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.00 Å R-free 0.232
4 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 18–99 片段:RRM1 domain: UNP residues 18-99 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.6;293 K;0.2 M Di-ammonium citrate, 20% w/v PEG 3350, 5% Glycerol, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.00 Å R-free 0.232

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 10 个其他 PDB 条目、22 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ELAV1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 3–84; UniProt 18–99 作者链 B; PDB构建体 3–84; UniProt 18–99 作者链 C; PDB构建体 3–84; UniProt 18–99 作者链 D; PDB构建体 3–84; UniProt 18–99

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3hi9

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3hi9
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3hi9
沉积日期 deposition_date2009-05-19
结构标题 titleThe x-ray crystal structure of the first RNA recognition motif (RRM1) of the AU-rich element (ARE) binding protein HuR at 2.0 angstrom resolution
关键词 keywordsbeta1-alpha1-beta2-beta3-alpha2-beta4 topology, Methylation, Phosphoprotein, RNA-binding, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier20.58
回转半径 Rg (电子) rg_electron19.70
零角强度 I(0) i021152600.00
分子量 molecular_weight34916.0 kDa
排除体积 excluded_volume43869 ų
包络体积 envelope_volume53199 ų
水化壳体积 shell_volume22014 ų
包络直径 envelope_diameter62.9
壳层 Rg shell_rg26.48
包络 Rg envelope_rg19.83
形状 Rg shape_rg19.69
总 Rg total_rg20.67
总原子数 total_atoms2459
残基数 n_residues315
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax62.2
Rg (实空间) rg_real20.43
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.33
I(0) (实空间) i0_real2.1150e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.7750e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal20.46
I(0) (倒空间) i0_reciprocal21150000.0000
解质量估计 total_estimate0.8986
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary27.1
偏度 Skewness skewness0.088
峰度 Kurtosis kurtosis-0.505
角度范围 angular_range— – 0.3850 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha4110000.0000
实空间数据点数 n_real_points70
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.909; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.980; Smooth: 0.970

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd3hi9a_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.58.7 — RNA-binding domain, RBD, aka RNA recognition motif (RRM)
家族 Family familyd.58.7.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd3hi9b_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.58.7 — RNA-binding domain, RBD, aka RNA recognition motif (RRM)
家族 Family familyd.58.7.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd3hi9c_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.58.7 — RNA-binding domain, RBD, aka RNA recognition motif (RRM)
家族 Family familyd.58.7.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd3hi9d_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.58.7 — RNA-binding domain, RBD, aka RNA recognition motif (RRM)
家族 Family familyd.58.7.0 — automated matches

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id3hi9A00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily330 — RRM (RNA recognition motif) domain
结构域编号 domain_id3hi9B00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily330 — RRM (RNA recognition motif) domain
结构域编号 domain_id3hi9C00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily330 — RRM (RNA recognition motif) domain
结构域编号 domain_id3hi9D00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily330 — RRM (RNA recognition motif) domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)