3hk9

Crystal structure of uronate isomerase from Bacillus halodurans complexed with zinc and D-Glucuronate

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Uronate isomerase

Bacillus halodurans C-125

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 7	D-glucuronic acid × 7 CARBONATE ION × 7 ZINC ION × 7 CHLORIDE ION × 3 water × 7	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 7	D-glucuronic acid × 7 CARBONATE ION × 7 ZINC ION × 7 CHLORIDE ION × 2 water × 7	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 8	D-glucuronic acid × 8 CARBONATE ION × 7 ZINC ION × 8 CHLORIDE ION × 2 water × 8	与蛋白数一致
4	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 7	D-glucuronic acid × 7 CARBONATE ION × 8 ZINC ION × 7 CHLORIDE ION × 2 water × 7	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9KFI6_BACHD
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–427； UniProt 1–427 作者链 B； PDB构建体 1–427； UniProt 1–427 作者链 C； PDB构建体 1–427； UniProt 1–427 作者链 D； PDB构建体 1–427； UniProt 1–427 作者链 E； PDB构建体 1–427； UniProt 1–427 作者链 F； PDB构建体 1–427； UniProt 1–427 作者链 G； PDB构建体 1–427； UniProt 1–427 作者链 H； PDB构建体 1–427； UniProt 1–427 作者链 I； PDB构建体 1–427； UniProt 1–427 作者链 J； PDB构建体 1–427； UniProt 1–427 作者链 K； PDB构建体 1–427； UniProt 1–427 作者链 L； PDB构建体 1–427； UniProt 1–427

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3hk9
沉积日期 deposition_date	2009-05-22
结构标题 title	Crystal structure of uronate isomerase from Bacillus halodurans complexed with zinc and D-Glucuronate
关键词 keywords	uronate isomerase, D-Glucuronate, Mechanism of the reaction, ISOMERASE; ISOMERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3hk9__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3hk9__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3hk9__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	59.17 Å
Rg（电子密度）	59.16 Å
总 Rg	59.07 Å
原子数	23957
残基数	2891
排除体积	425270 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3hk9__assembly_1__model_1`	heptameric （7）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3hk9__assembly_2__model_1`	heptameric （7）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`3hk9__assembly_3__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`3hk9__assembly_4__model_1`	heptameric （7）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Uronate isomerase
分子量 formula_weight	50006.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L
原子数 atom_count	42892

MSINSREVLAEKVKNAVNNQPVTDMHTHLFSPNFGEILLWDIDELLTYHYLVAEVMRWTDVSIEAFWAMSKREQADLIWEELFIKRSPVSEACRGVLTCLQGLGLDPATRDLQVYREYFAKKTSEEQVDTVLQLANVSDVVMTNDPFDDNERISWLEGKQPDSRFHAALRLDPLLNEYEQTKHRLRDWGYKVNDEWNEGSIQEVKRFLTDWIERMDPVYMAVSLPPTFSFPEESNRGRIIRDCLLPVAEKHNIPFAMMIGVKKRVHPALGDAGDFVGKASMDGVEHLLREYPNNKFLVTMLSRENQHELVVLARKFSNLMIFGCWWFMNNPEIINEMTRMRMEMLGTSFIPQHSDARVLEQLIYKWHHSKSIIAEVLIDKYDDILQAGWEVTEEEIKRDVADLFSRNFWRFVGRNDHVTSVKVEQQT

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus halodurans C-125
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	272558
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	D-glucuronic acid
分子量 formula_weight	194.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CARBONATE ION
分子量 formula_weight	60.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1824

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_id	d3hk9a_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.9 — Metallo-dependent hydrolases
家族 Family family	c.1.9.8 — Uronate isomerase-like

结构域编号 domain_id	d3hk9b_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.9 — Metallo-dependent hydrolases
家族 Family family	c.1.9.8 — Uronate isomerase-like

结构域编号 domain_id	d3hk9c_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.9 — Metallo-dependent hydrolases
家族 Family family	c.1.9.8 — Uronate isomerase-like

结构域编号 domain_id	d3hk9d_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.9 — Metallo-dependent hydrolases
家族 Family family	c.1.9.8 — Uronate isomerase-like

结构域编号 domain_id	d3hk9e_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.9 — Metallo-dependent hydrolases
家族 Family family	c.1.9.8 — Uronate isomerase-like

结构域编号 domain_id	d3hk9f_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.9 — Metallo-dependent hydrolases
家族 Family family	c.1.9.8 — Uronate isomerase-like

结构域编号 domain_id	d3hk9g_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.9 — Metallo-dependent hydrolases
家族 Family family	c.1.9.8 — Uronate isomerase-like

结构域编号 domain_id	d3hk9h_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.9 — Metallo-dependent hydrolases
家族 Family family	c.1.9.8 — Uronate isomerase-like

结构域编号 domain_id	d3hk9i_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.9 — Metallo-dependent hydrolases
家族 Family family	c.1.9.8 — Uronate isomerase-like

结构域编号 domain_id	d3hk9j_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.9 — Metallo-dependent hydrolases
家族 Family family	c.1.9.8 — Uronate isomerase-like

结构域编号 domain_id	d3hk9k_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.9 — Metallo-dependent hydrolases
家族 Family family	c.1.9.8 — Uronate isomerase-like

结构域编号 domain_id	d3hk9l_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.9 — Metallo-dependent hydrolases
家族 Family family	c.1.9.8 — Uronate isomerase-like

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	3hk9A02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	2020 — uronate isomerase, domain 2, chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — uronate isomerase, domain 2, chain A

结构域编号 domain_id	3hk9B02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	2020 — uronate isomerase, domain 2, chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — uronate isomerase, domain 2, chain A

结构域编号 domain_id	3hk9C02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	2020 — uronate isomerase, domain 2, chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — uronate isomerase, domain 2, chain A

结构域编号 domain_id	3hk9D02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	2020 — uronate isomerase, domain 2, chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — uronate isomerase, domain 2, chain A

结构域编号 domain_id	3hk9E02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	2020 — uronate isomerase, domain 2, chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — uronate isomerase, domain 2, chain A

结构域编号 domain_id	3hk9F02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	2020 — uronate isomerase, domain 2, chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — uronate isomerase, domain 2, chain A

结构域编号 domain_id	3hk9G02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	2020 — uronate isomerase, domain 2, chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — uronate isomerase, domain 2, chain A

结构域编号 domain_id	3hk9H02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	2020 — uronate isomerase, domain 2, chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — uronate isomerase, domain 2, chain A

结构域编号 domain_id	3hk9I02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	2020 — uronate isomerase, domain 2, chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — uronate isomerase, domain 2, chain A

结构域编号 domain_id	3hk9J02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	2020 — uronate isomerase, domain 2, chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — uronate isomerase, domain 2, chain A

结构域编号 domain_id	3hk9K02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	2020 — uronate isomerase, domain 2, chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — uronate isomerase, domain 2, chain A

结构域编号 domain_id	3hk9L02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	2020 — uronate isomerase, domain 2, chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — uronate isomerase, domain 2, chain A

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晶胞边长 a length_a	274.091 Å
晶胞边长 b length_b	156.880 Å
晶胞边长 c length_c	185.206 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	115.78 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	48

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.100 Å
最低分辨率 resolution_low	24.950 Å
R 因子 r_factor	0.2290
R_work r_work	0.2270
R_free r_free	0.2580

Crystal structure of uronate isomerase from Bacillus halodurans complexed with zinc and D-Glucuronate

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Uronate isomerase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3hk9__assembly_1__model_1

3hk9__assembly_1__model_1 | I(q)

3hk9__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of uronate isomerase from Bacillus halodurans complexed with zinc and D-Glucuronate

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Uronate isomerase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3hk9__assembly_1__model_1

3hk9__assembly_1__model_1 | I(q)

3hk9__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)