3hmf

Crystal Structure of the second Bromodomain of Human Poly-bromodomain containing protein 1 (PB1)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 58.8 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein polybromo-1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 178–291	片段：bromodomain, UNP residues 178-291	ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；0.01M Zn_Cl, 15w/v PEG_6000, 10v/v ethylene_glycol, 5.5pH MES, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.63 Å R-free 0.199
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 178–291	片段：bromodomain, UNP residues 178-291	ZN ZINC ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 CL CHLORIDE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；0.01M Zn_Cl, 15w/v PEG_6000, 10v/v ethylene_glycol, 5.5pH MES, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.63 Å R-free 0.199

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3HMF	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2KTB Solution Structure of the Second Bromodomain of Human Polybromo in complex with an acetylated peptide from Histone 3 提交 2010-01-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 174–293（120 aa）片段：Polybromo Bromdomain 2	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.1；压力 ambient NMR样品组成 0.5 mM [U-100% 15N] Polybromo Bromdomain2, 2.5 mM H3 Peptide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Polybromo Bromdomain2, 2.5 mM H3 Peptide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Polybromo Bromdomain2, 8 mM H3 Peptide, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
3G0J Crystal Structure of the fifth Bromodomain of Human Poly-bromodomain containing protein 1 (PB1) 提交 2009-01-28	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 645–766（122 aa）片段：UNP residues 645-766	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.2M Na_nitrate, 25% w/v PEG 3350, 5% v/v ethylene glycol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.78 Å R-free 0.237
3G0J Crystal Structure of the fifth Bromodomain of Human Poly-bromodomain containing protein 1 (PB1) 提交 2009-01-28	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 645–766（122 aa）片段：UNP residues 645-766	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 NO3 NITRATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.2M Na_nitrate, 25% w/v PEG 3350, 5% v/v ethylene glycol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.78 Å R-free 0.237
3IU5 Crystal structure of the first bromodomain of human poly-bromodomain containing protein 1 (PB1) 提交 2009-08-30	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 43–154（112 aa）片段：Bromo 1 domain: UNP residues 43-154	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；2.1M Na malate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.63 Å R-free 0.204
3IU6 Crystal structure of the sixth bromodomain of human poly-bromodomain containing protein 1 (PB1) 提交 2009-08-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 773–914（142 aa）片段：Bromo 6 domain: UNP residues 773-914	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277 K；0.01M ZnCl2, 0.1M Tris-HCl pH 8.0, 20% PEG 6000, 10% Ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.79 Å R-free 0.202
3K2J Crystal Structure of the 3rd Bromodomain of Human Poly-bromodomain containing protein 1 (PB1) 提交 2009-09-30	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 388–494（107 aa）片段：Bromo 3 domain, UNP residues 388-494	未记录	CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；0.1M NaOAc.3H20 pH 5.5, 1.1M (NH4)2SO4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.20 Å R-free 0.270
3K2J Crystal Structure of the 3rd Bromodomain of Human Poly-bromodomain containing protein 1 (PB1) 提交 2009-09-30	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 388–494（107 aa）片段：Bromo 3 domain, UNP residues 388-494	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；0.1M NaOAc.3H20 pH 5.5, 1.1M (NH4)2SO4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.20 Å R-free 0.270
3K2J Crystal Structure of the 3rd Bromodomain of Human Poly-bromodomain containing protein 1 (PB1) 提交 2009-09-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 388–494（107 aa）片段：Bromo 3 domain, UNP residues 388-494 链 B 388–494（107 aa）片段：Bromo 3 domain, UNP residues 388-494	未记录	CL CHLORIDE ION × 2 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；0.1M NaOAc.3H20 pH 5.5, 1.1M (NH4)2SO4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.20 Å R-free 0.270
3LJW Crystal Structure of the Second Bromodomain of Human Polybromo 提交 2010-01-26	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 174–293（120 aa）片段：Bromodomain 2 (UNP residues 174-293)	未记录	ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；35% PEG 4000, 10 mM Sodium Acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.50 Å R-free 0.197
3LJW Crystal Structure of the Second Bromodomain of Human Polybromo 提交 2010-01-26	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 174–293（120 aa）片段：Bromodomain 2 (UNP residues 174-293)	未记录	ACT ACETATE ION × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；35% PEG 4000, 10 mM Sodium Acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.50 Å R-free 0.197
3MB4 Crystal Structure of the fifth Bromodomain of Human Poly-bromodomain containing protein 1 (PB1) with NMP 提交 2010-03-25	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 645–766（122 aa）片段：UNP residues 645-766	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 MB3 1-methylpyrrolidin-2-one × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.15M NaNO3 25% PEG 3350 10% Ethylene Glycol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.66 Å R-free 0.219
3MB4 Crystal Structure of the fifth Bromodomain of Human Poly-bromodomain containing protein 1 (PB1) with NMP 提交 2010-03-25	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 645–766（122 aa）片段：UNP residues 645-766	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 MB3 1-methylpyrrolidin-2-one × 1 CL CHLORIDE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.15M NaNO3 25% PEG 3350 10% Ethylene Glycol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.66 Å R-free 0.219
3TLP Crystal structure of the fourth bromodomain of human poly-bromodomain containing protein 1 (PB1) 提交 2011-08-30	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 496–637（142 aa）片段：UNP residues 496-637	未记录	NI NICKEL (II) ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；25% PEG_MME_2000, 0.015M NiCl, 0.1M Tris pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.13 Å R-free 0.249
3TLP Crystal structure of the fourth bromodomain of human poly-bromodomain containing protein 1 (PB1) 提交 2011-08-30	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 496–637（142 aa）片段：UNP residues 496-637	未记录	NI NICKEL (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；25% PEG_MME_2000, 0.015M NiCl, 0.1M Tris pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.13 Å R-free 0.249
4Q0N Crystal Structure of the fifth bromodomain of Human Poly-bromodomain containing protein 1 (PB1) in complex with a hydroxyphenyl-propenone ligand 提交 2014-04-02	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 645–766（122 aa）片段：UNP residues 645-766	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 2XD (2E)-1-(2-hydroxyphenyl)-3-(2,4,5,7-tetrahydro-6H-pyrazolo[3,4-c]pyridin-6-yl)prop-2-en-1-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；0.20M Na(malonate), 0.1M BTProp pH 6.5, 20.0% PEG 3350 10.0% EtGly, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.78 Å R-free 0.214
4Q0N Crystal Structure of the fifth bromodomain of Human Poly-bromodomain containing protein 1 (PB1) in complex with a hydroxyphenyl-propenone ligand 提交 2014-04-02	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 645–766（122 aa）片段：UNP residues 645-766	未记录	2XD (2E)-1-(2-hydroxyphenyl)-3-(2,4,5,7-tetrahydro-6H-pyrazolo[3,4-c]pyridin-6-yl)prop-2-en-1-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；0.20M Na(malonate), 0.1M BTProp pH 6.5, 20.0% PEG 3350 10.0% EtGly, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.78 Å R-free 0.214
4Q0N Crystal Structure of the fifth bromodomain of Human Poly-bromodomain containing protein 1 (PB1) in complex with a hydroxyphenyl-propenone ligand 提交 2014-04-02	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 645–766（122 aa）片段：UNP residues 645-766	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 2XD (2E)-1-(2-hydroxyphenyl)-3-(2,4,5,7-tetrahydro-6H-pyrazolo[3,4-c]pyridin-6-yl)prop-2-en-1-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；0.20M Na(malonate), 0.1M BTProp pH 6.5, 20.0% PEG 3350 10.0% EtGly, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.78 Å R-free 0.214
4Q0N Crystal Structure of the fifth bromodomain of Human Poly-bromodomain containing protein 1 (PB1) in complex with a hydroxyphenyl-propenone ligand 提交 2014-04-02	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 645–766（122 aa）片段：UNP residues 645-766	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 2XD (2E)-1-(2-hydroxyphenyl)-3-(2,4,5,7-tetrahydro-6H-pyrazolo[3,4-c]pyridin-6-yl)prop-2-en-1-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；0.20M Na(malonate), 0.1M BTProp pH 6.5, 20.0% PEG 3350 10.0% EtGly, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.78 Å R-free 0.214
4Q0N Crystal Structure of the fifth bromodomain of Human Poly-bromodomain containing protein 1 (PB1) in complex with a hydroxyphenyl-propenone ligand 提交 2014-04-02	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 645–766（122 aa）片段：UNP residues 645-766	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 2XD (2E)-1-(2-hydroxyphenyl)-3-(2,4,5,7-tetrahydro-6H-pyrazolo[3,4-c]pyridin-6-yl)prop-2-en-1-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；0.20M Na(malonate), 0.1M BTProp pH 6.5, 20.0% PEG 3350 10.0% EtGly, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.78 Å R-free 0.214
4Q0N Crystal Structure of the fifth bromodomain of Human Poly-bromodomain containing protein 1 (PB1) in complex with a hydroxyphenyl-propenone ligand 提交 2014-04-02	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 F 645–766（122 aa）片段：UNP residues 645-766	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 2XD (2E)-1-(2-hydroxyphenyl)-3-(2,4,5,7-tetrahydro-6H-pyrazolo[3,4-c]pyridin-6-yl)prop-2-en-1-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；0.20M Na(malonate), 0.1M BTProp pH 6.5, 20.0% PEG 3350 10.0% EtGly, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.78 Å R-free 0.214
4Q0N Crystal Structure of the fifth bromodomain of Human Poly-bromodomain containing protein 1 (PB1) in complex with a hydroxyphenyl-propenone ligand 提交 2014-04-02	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 G 645–766（122 aa）片段：UNP residues 645-766	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 2XD (2E)-1-(2-hydroxyphenyl)-3-(2,4,5,7-tetrahydro-6H-pyrazolo[3,4-c]pyridin-6-yl)prop-2-en-1-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；0.20M Na(malonate), 0.1M BTProp pH 6.5, 20.0% PEG 3350 10.0% EtGly, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.78 Å R-free 0.214
4Q0N Crystal Structure of the fifth bromodomain of Human Poly-bromodomain containing protein 1 (PB1) in complex with a hydroxyphenyl-propenone ligand 提交 2014-04-02	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 H 645–766（122 aa）片段：UNP residues 645-766	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 2XD (2E)-1-(2-hydroxyphenyl)-3-(2,4,5,7-tetrahydro-6H-pyrazolo[3,4-c]pyridin-6-yl)prop-2-en-1-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；0.20M Na(malonate), 0.1M BTProp pH 6.5, 20.0% PEG 3350 10.0% EtGly, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.78 Å R-free 0.214
4Q0O Crystal Structure of the fifth bromodomain of Human Poly-bromodomain containing protein 1 (PB1) in complex with a hydroxyphenyl-propenone ligand 提交 2014-04-02	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 645–766（122 aa）片段：UNP residues 645-766	未记录	K POTASSIUM ION × 1 2XC (2E)-1-(2-hydroxyphenyl)-3-[(3R)-3-phenylpiperidin-1-yl]prop-2-en-1-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；0.20M K3(cit), 0.1M BTProp pH 6.5, 20.0% PEG 3350, 10.0% EtGly, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.83 Å R-free 0.224
4Y03 Crystal Structure of the fifth bromodomain of human PB1 in complex with salicylic acid 提交 2015-02-05	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 645–766（122 aa）片段：UNP residues 645-766	未记录	SAL 2-HYDROXYBENZOIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；K3(citrate), 20% PEG3350, 10% EtGly	分辨率 1.94 Å R-free 0.281
4Y03 Crystal Structure of the fifth bromodomain of human PB1 in complex with salicylic acid 提交 2015-02-05	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 645–766（122 aa）片段：UNP residues 645-766	未记录	SAL 2-HYDROXYBENZOIC ACID × 1 CIT CITRIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；K3(citrate), 20% PEG3350, 10% EtGly	分辨率 1.94 Å R-free 0.281
5E7D Crystal Structure of the fifth bromodomain of human PB1 in complex with a hydroxyphenyl ligand 提交 2015-10-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 645–766（122 aa）片段：UNP residues 645-766	未记录	5KL (2E)-3-(dimethylamino)-1-(2-hydroxyphenyl)prop-2-en-1-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.2M Na2SO4 20w/v PEG_3350 10v/v ethylene_glycol	分辨率 1.87 Å R-free 0.248
5E7D Crystal Structure of the fifth bromodomain of human PB1 in complex with a hydroxyphenyl ligand 提交 2015-10-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 645–766（122 aa）片段：UNP residues 645-766	未记录	5KL (2E)-3-(dimethylamino)-1-(2-hydroxyphenyl)prop-2-en-1-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.2M Na2SO4 20w/v PEG_3350 10v/v ethylene_glycol	分辨率 1.87 Å R-free 0.248
5E7D Crystal Structure of the fifth bromodomain of human PB1 in complex with a hydroxyphenyl ligand 提交 2015-10-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 645–766（122 aa）片段：UNP residues 645-766	未记录	5KL (2E)-3-(dimethylamino)-1-(2-hydroxyphenyl)prop-2-en-1-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.2M Na2SO4 20w/v PEG_3350 10v/v ethylene_glycol	分辨率 1.87 Å R-free 0.248
5E7D Crystal Structure of the fifth bromodomain of human PB1 in complex with a hydroxyphenyl ligand 提交 2015-10-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 645–766（122 aa）片段：UNP residues 645-766	未记录	5KL (2E)-3-(dimethylamino)-1-(2-hydroxyphenyl)prop-2-en-1-one × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.2M Na2SO4 20w/v PEG_3350 10v/v ethylene_glycol	分辨率 1.87 Å R-free 0.248
5FH6 Crystal structure of the fifth bromodomain of human PB1 in complex with compound 10 提交 2015-12-21	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 645–766（122 aa）	未记录	5XM (3~{R})-3-(piperidin-1-ylmethyl)-2,3-dihydro-1~{H}-pyrrolo[1,2-a]quinazolin-5-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277.15 K；0.2 M LiSO4, 0.1 M bis-tris pH 6.5, 25% PEG 3350	分辨率 2.30 Å R-free 0.310
5FH6 Crystal structure of the fifth bromodomain of human PB1 in complex with compound 10 提交 2015-12-21	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 645–766（122 aa）	未记录	5XM (3~{R})-3-(piperidin-1-ylmethyl)-2,3-dihydro-1~{H}-pyrrolo[1,2-a]quinazolin-5-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277.15 K；0.2 M LiSO4, 0.1 M bis-tris pH 6.5, 25% PEG 3350	分辨率 2.30 Å R-free 0.310
5FH6 Crystal structure of the fifth bromodomain of human PB1 in complex with compound 10 提交 2015-12-21	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 645–766（122 aa）	未记录	5XM (3~{R})-3-(piperidin-1-ylmethyl)-2,3-dihydro-1~{H}-pyrrolo[1,2-a]quinazolin-5-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277.15 K；0.2 M LiSO4, 0.1 M bis-tris pH 6.5, 25% PEG 3350	分辨率 2.30 Å R-free 0.310
5FH6 Crystal structure of the fifth bromodomain of human PB1 in complex with compound 10 提交 2015-12-21	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 645–766（122 aa）	未记录	5XM (3~{R})-3-(piperidin-1-ylmethyl)-2,3-dihydro-1~{H}-pyrrolo[1,2-a]quinazolin-5-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277.15 K；0.2 M LiSO4, 0.1 M bis-tris pH 6.5, 25% PEG 3350	分辨率 2.30 Å R-free 0.310
5FH7 Crystal structure of the fifth bromodomain of human PB1 in complex with compound 18 提交 2015-12-21	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 645–766（122 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 5XL 6-chloranyl-3-[(dimethylamino)methyl]-4~{H}-pyrrolo[1,2-a]quinazolin-5-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277.15 K；0.1 M magnesium formate, 15% PEG 3350	分辨率 1.47 Å R-free 0.208
5FH7 Crystal structure of the fifth bromodomain of human PB1 in complex with compound 18 提交 2015-12-21	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 645–766（122 aa）	未记录	5XL 6-chloranyl-3-[(dimethylamino)methyl]-4~{H}-pyrrolo[1,2-a]quinazolin-5-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277.15 K；0.1 M magnesium formate, 15% PEG 3350	分辨率 1.47 Å R-free 0.208
5FH8 Crystal structure of the fifth bromodomain of human PB1 in complex with compound 28 提交 2015-12-21	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 645–766（122 aa）	未记录	5XK 6-chloranyl-3-(2-ethylbutyl)-4~{H}-pyrrolo[1,2-a]quinazolin-5-one × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277.15 K；10% MPD, 0.1 M bicine pH 9	分辨率 1.55 Å R-free 0.224
5FH8 Crystal structure of the fifth bromodomain of human PB1 in complex with compound 28 提交 2015-12-21	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 645–766（122 aa）	未记录	5XK 6-chloranyl-3-(2-ethylbutyl)-4~{H}-pyrrolo[1,2-a]quinazolin-5-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277.15 K；10% MPD, 0.1 M bicine pH 9	分辨率 1.55 Å R-free 0.224
5FH8 Crystal structure of the fifth bromodomain of human PB1 in complex with compound 28 提交 2015-12-21	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 645–766（122 aa）	未记录	5XK 6-chloranyl-3-(2-ethylbutyl)-4~{H}-pyrrolo[1,2-a]quinazolin-5-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277.15 K；10% MPD, 0.1 M bicine pH 9	分辨率 1.55 Å R-free 0.224
5FH8 Crystal structure of the fifth bromodomain of human PB1 in complex with compound 28 提交 2015-12-21	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 645–766（122 aa）	未记录	5XK 6-chloranyl-3-(2-ethylbutyl)-4~{H}-pyrrolo[1,2-a]quinazolin-5-one × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277.15 K；10% MPD, 0.1 M bicine pH 9	分辨率 1.55 Å R-free 0.224
5HRV Crystal structure of the fifth bromodomain of human PB1 in complex with 1-ethylisochromeno[3,4-c]pyrazol-5(2H)-one) compound 提交 2016-01-24	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 613–734（122 aa）片段：UNP Residues 613-734	未记录	64C 1-ethylisochromeno[3,4-c]pyrazol-5(3H)-one × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.1 M tris-sodium citrate dihydrate pH 5.6, 20% isopropanol, 20% PEG4K	分辨率 1.70 Å R-free 0.208
5HRW Crystal structure of the fifth bromodomain of human PB1 in complex with 1-propylisochromeno[3,4-c]pyrazol-5(2H)-one) compound 提交 2016-01-24	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 613–734（122 aa）片段：UNP Residues 613-734	未记录	64E 1-propylisochromeno[3,4-c]pyrazol-5(3H)-one × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M MES pH 6.5, 30% PEGMME5k	分辨率 1.80 Å R-free 0.236
5HRW Crystal structure of the fifth bromodomain of human PB1 in complex with 1-propylisochromeno[3,4-c]pyrazol-5(2H)-one) compound 提交 2016-01-24	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 613–734（122 aa）片段：UNP Residues 613-734	未记录	64E 1-propylisochromeno[3,4-c]pyrazol-5(3H)-one × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M MES pH 6.5, 30% PEGMME5k	分辨率 1.80 Å R-free 0.236
5HRX Crystal structure of the fifth bromodomain of human PB1 in complex with 1-butylisochromeno[3,4-c]pyrazol-5(2H)-one) compound 提交 2016-01-24	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 613–734（122 aa）片段：UNP Residues 613-734	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 64F 1-butylisochromeno[3,4-c]pyrazol-5(3H)-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.1M lithium sulfate monohydrate, 0.1 M Tris pH 8.5, 30% PEG4K	分辨率 1.73 Å R-free 0.254
5HRX Crystal structure of the fifth bromodomain of human PB1 in complex with 1-butylisochromeno[3,4-c]pyrazol-5(2H)-one) compound 提交 2016-01-24	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 613–734（122 aa）片段：UNP Residues 613-734	未记录	64F 1-butylisochromeno[3,4-c]pyrazol-5(3H)-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.1M lithium sulfate monohydrate, 0.1 M Tris pH 8.5, 30% PEG4K	分辨率 1.73 Å R-free 0.254
5II1 Crystal Structure of the fifth bromodomain of human polybromo (PB1) in complex with 1-methylisochromeno[3,4-c]pyrazol-5(3H)-one 提交 2016-03-01	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 645–766（122 aa）	未记录	6BL 1-methyl[2]benzopyrano[3,4-c]pyrazol-5(3H)-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；277 K；18% PEG_3350 0.15M Na_malonate_pH7.0 10v/v ethylene_glycol 0.1M bis_tris_propane pH 8.1	分辨率 2.02 Å R-free 0.255
5II1 Crystal Structure of the fifth bromodomain of human polybromo (PB1) in complex with 1-methylisochromeno[3,4-c]pyrazol-5(3H)-one 提交 2016-03-01	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 645–766（122 aa）	未记录	6BL 1-methyl[2]benzopyrano[3,4-c]pyrazol-5(3H)-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；277 K；18% PEG_3350 0.15M Na_malonate_pH7.0 10v/v ethylene_glycol 0.1M bis_tris_propane pH 8.1	分辨率 2.02 Å R-free 0.255
5II2 Crystal Structure of the fifth bromodomain of human polybromo (PB1) in complex with 2-(3,4-dihydroxyphenyl)-5,7-dihydroxy-4H-chromen-4-one 提交 2016-03-01	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 645–766（122 aa）	未记录	K POTASSIUM ION × 1 CIT CITRIC ACID × 1 LU2 2-(3,4-dihydroxyphenyl)-5,7-dihydroxy-4H-chromen-4-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.20M K3(cit) 0.1M BTProp pH 7.5 20.0% PEG 3350 10.0% EtGly	分辨率 2.10 Å R-free 0.227
5II2 Crystal Structure of the fifth bromodomain of human polybromo (PB1) in complex with 2-(3,4-dihydroxyphenyl)-5,7-dihydroxy-4H-chromen-4-one 提交 2016-03-01	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 645–766（122 aa）	未记录	K POTASSIUM ION × 1 LU2 2-(3,4-dihydroxyphenyl)-5,7-dihydroxy-4H-chromen-4-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.20M K3(cit) 0.1M BTProp pH 7.5 20.0% PEG 3350 10.0% EtGly	分辨率 2.10 Å R-free 0.227
5IID Crystal Structure of the fifth bromodomain of human polybromo (PB1) in complex with 2-(3,4-dihydroxyphenyl)-5-hydroxy-4H-chromen-4-one 提交 2016-03-01	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 645–766（122 aa）	未记录	6BK 2-(3,4-dihydroxyphenyl)-5-hydroxy-4H-1-benzopyran-4-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；0.20M Na2SO4 0.1M BTProp pH 8.5 20.0% PEG 3350 10.0% EtGly	分辨率 2.40 Å R-free 0.282
5IID Crystal Structure of the fifth bromodomain of human polybromo (PB1) in complex with 2-(3,4-dihydroxyphenyl)-5-hydroxy-4H-chromen-4-one 提交 2016-03-01	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 645–766（122 aa）	未记录	6BK 2-(3,4-dihydroxyphenyl)-5-hydroxy-4H-1-benzopyran-4-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；0.20M Na2SO4 0.1M BTProp pH 8.5 20.0% PEG 3350 10.0% EtGly	分辨率 2.40 Å R-free 0.282
6OXB First bromo-adjacent homology (BAH) domain of human Polybromo-1 (PBRM1) 提交 2019-05-13	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 934–1105（172 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；292 K；0.1 M Tris HCl pH 8.0 18% sucrose 1.9 M Ammonium sulfate	分辨率 1.86 Å R-free 0.217
6OXB First bromo-adjacent homology (BAH) domain of human Polybromo-1 (PBRM1) 提交 2019-05-13	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 934–1105（172 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 6 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；292 K；0.1 M Tris HCl pH 8.0 18% sucrose 1.9 M Ammonium sulfate	分辨率 1.86 Å R-free 0.217
6OXB First bromo-adjacent homology (BAH) domain of human Polybromo-1 (PBRM1) 提交 2019-05-13	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 934–1105（172 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；292 K；0.1 M Tris HCl pH 8.0 18% sucrose 1.9 M Ammonium sulfate	分辨率 1.86 Å R-free 0.217
6OXB First bromo-adjacent homology (BAH) domain of human Polybromo-1 (PBRM1) 提交 2019-05-13	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 934–1105（172 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；292 K；0.1 M Tris HCl pH 8.0 18% sucrose 1.9 M Ammonium sulfate	分辨率 1.86 Å R-free 0.217
6OXB First bromo-adjacent homology (BAH) domain of human Polybromo-1 (PBRM1) 提交 2019-05-13	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 934–1105（172 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；292 K；0.1 M Tris HCl pH 8.0 18% sucrose 1.9 M Ammonium sulfate	分辨率 1.86 Å R-free 0.217
6OXB First bromo-adjacent homology (BAH) domain of human Polybromo-1 (PBRM1) 提交 2019-05-13	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 F 934–1105（172 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 5 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；292 K；0.1 M Tris HCl pH 8.0 18% sucrose 1.9 M Ammonium sulfate	分辨率 1.86 Å R-free 0.217
6ZN6 Protein polybromo-1 (PB1 BD2) Bound To MW278 提交 2020-07-06	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 178–291（114 aa）	未记录	QMT 2-[6-azanyl-5-[(3~{R})-3-phenoxypiperidin-1-yl]pyridazin-3-yl]phenol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；0.2 M NaCl 25% (w/v) PEG3350 0.1 M bis-tris pH 5.5	分辨率 2.02 Å R-free 0.278
6ZN6 Protein polybromo-1 (PB1 BD2) Bound To MW278 提交 2020-07-06	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 178–291（114 aa）	未记录	QMT 2-[6-azanyl-5-[(3~{R})-3-phenoxypiperidin-1-yl]pyridazin-3-yl]phenol × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；0.2 M NaCl 25% (w/v) PEG3350 0.1 M bis-tris pH 5.5	分辨率 2.02 Å R-free 0.278
6ZNV Protein polybromo-1 (PB1 BD2) Bound To DP28 提交 2020-07-06	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 178–291（114 aa）	未记录	QMW 1-[3-azanyl-6-(2-hydroxyphenyl)pyridazin-4-yl]piperidin-4-ol × 1 ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 CL CHLORIDE ION × 1 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；277 K；0.005 M zinc acetate 20% (w/v) PEG 3350	分辨率 1.14 Å R-free 0.205
6ZS3 Crystal structure of the fifth bromodomain of human protein polybromo-1 in complex with 2-(6-amino-5-(piperazin-1-yl)pyridazin-3-yl)phenol 提交 2020-07-15	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 645–766（122 aa）	未记录	FX5 2-(6-azanyl-5-piperazin-4-ium-1-yl-pyridazin-3-yl)phenol × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；22% (w/v) PEG 3350, 0.2 M sodium malonate, 10% (v/v) ethylene glycol, 0.1 M bis-tris propane pH 7.1	分辨率 1.67 Å R-free 0.243
6ZS3 Crystal structure of the fifth bromodomain of human protein polybromo-1 in complex with 2-(6-amino-5-(piperazin-1-yl)pyridazin-3-yl)phenol 提交 2020-07-15	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 645–766（122 aa）	未记录	FX5 2-(6-azanyl-5-piperazin-4-ium-1-yl-pyridazin-3-yl)phenol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；22% (w/v) PEG 3350, 0.2 M sodium malonate, 10% (v/v) ethylene glycol, 0.1 M bis-tris propane pH 7.1	分辨率 1.67 Å R-free 0.243
6ZS4 Crystal structure of the fifth bromodomain of human protein polybromo-1 in complex with tert-butyl 4-[3-amino-6-(2-hydroxyphenyl)pyridazin-4-yl]piperazine-1-carboxylate 提交 2020-07-15	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 645–766（122 aa）	未记录	QP8 tert-butyl 4-[3-amino-6-(2-hydroxyphenyl)pyridazin-4-yl]piperazine-1-carboxylate × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；30% PEG 5000 MME, 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M MES pH 5.8	分辨率 2.00 Å R-free 0.230
7VDV The overall structure of human chromatin remodeling PBAF-nucleosome complex 提交 2021-09-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 22 PDB 声明：24-meric	链 a 631–1689（1059 aa）	未记录	BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
7Y8R The nucleosome-bound human PBAF complex 提交 2022-06-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 25 PDB 声明：27-meric	链 U 1–1597（1597 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.40 Å
8FTA Crystal Structure of the second bromodomain of human Polybromo-1 (PB1) in complex with compound 16 提交 2023-01-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 178–291（114 aa）	未记录	Y8X (2S)-5-chloro-2-(3-methylphenyl)-2,3-dihydroquinazolin-4(1H)-one × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；0.1 M MES pH 5.5, 14.4% PEG 8000, 10% Ethylene Glycol, 0.01M ZnCl2	分辨率 1.78 Å R-free 0.207

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查看构建体与数据证据

UniProt名称	PB1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–116； UniProt 178–291

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3hmf
沉积日期 deposition_date	2009-05-29
结构标题 title	Crystal Structure of the second Bromodomain of Human Poly-bromodomain containing protein 1 (PB1)
关键词 keywords	;PB1, polybromo 1 isoform 1, BAF180, Polybromo-1D, PBRM1, BRG1-associated factor 180, Bromodomain, Chromatin regulator, DNA-binding, Nucleus, Phosphoprotein, Transcription, Transcription regulation, Structural Genomics, Structural Genomics Consortium, SGC ;; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	16.29 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	14.92 Å
零角强度 I(0) i0	3419300.00
分子量 molecular_weight	13374.0 kDa
排除体积 excluded_volume	16935 Å³
包络体积 envelope_volume	19536 Å³
水化壳体积 shell_volume	11659 Å³
包络直径 envelope_diameter	56.6 Å
壳层 Rg shell_rg	20.00 Å
包络 Rg envelope_rg	15.28 Å
形状 Rg shape_rg	14.84 Å
总 Rg total_rg	16.23 Å
总原子数 total_atoms	932
残基数 n_residues	116
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	58.8 Å
Rg (实空间) rg_real	16.28 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.38 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.4190e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.6500e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	16.28 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3419000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8411
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	18.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.340
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.087
角度范围 angular_range	— – 0.4900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	501600.0000
实空间数据点数 n_real_points	79
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.656; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.972; Smooth: 0.989

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Protein polybromo-1
分子量 formula_weight	13231.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1148

SMSPAYLKEILEQLLEAIVVATNPSGRLISELFQKLPSKVQYPDYYAIIKEPIDLKTIAQRIQNGSYKSIHAMAKDIDLLAKNAKTYNEPGSQVFKDANSIKKIFYMKKAEIEHHE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	200

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d3hmfa1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.29 — Bromodomain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.29.2 — Bromodomain
家族 Family family	a.29.2.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3hmfa2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	3hmfA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	920 — Histone Acetyltransferase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Bromodomain-like

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	85.810 Å
晶胞边长 b length_b	49.360 Å
晶胞边长 c length_c	33.610 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	97.91 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.630 Å
最低分辨率 resolution_low	27.177 Å
R 因子 r_factor	0.1720
R_work r_work	0.1710
R_free r_free	0.1990

fit	/app/data/saxs_computation/hm/3hmf/3hmf.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hm/3hmf/3hmf.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hm/3hmf/3hmf.dat