SAXSdb — 3hna

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-9 specific 5

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Mono-Methylated H3K9 Peptide × 1 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ZINC ION × 4 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Mono-Methylated H3K9 Peptide × 1 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ZINC ION × 4 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Mono-Methylated H3K9 Peptide × 2 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 ZINC ION × 8 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	EHMT1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–287； UniProt 951–1235 作者链 B； PDB构建体 3–287； UniProt 951–1235

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3hna
沉积日期 deposition_date	2009-05-30
结构标题 title	Crystal structure of catalytic domain of human euchromatic histone methyltransferase 1 in complex with SAH and mono-Methylated H3K9 Peptide
关键词 keywords	;EHMT1, Structural Genomics, sgc, Structural Genomics Consortium, ANK repeat, Chromatin regulator, Metal-binding, Methyltransferase, Nucleus, Phosphoprotein, S-adenosyl-L-methionine, Transferase, HYDROLASE-HYDROLASE REGULATOR COMPLEX ;; HYDROLASE/HYDROLASE REGULATOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3hna__assembly_3__model_1

Assembly 3 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3hna__assembly_3__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3hna__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	26.48 Å
Rg（电子密度）	25.55 Å
总 Rg	26.27 Å
原子数	4552
残基数	557
排除体积	79853 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3hna__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3hna__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`3hna__assembly_3__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-9 specific 5
分子量 formula_weight	32974.3 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.1.43
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	5497

GSNSQVWSALQMSKALQDSAPDRPSPVERIVSRDIARGYERIPIPCVNAVDSEPCPSNYKYVSQNCVTSPMNIDRNITHLQYCVCIDDCSSSNCMCGQLSMRCWYDKDGRLLPEFNMAEPPLIFECNHACSCWRNCRNRVVQNGLRARLQLYRTRDMGWGVRSLQDIPPGTFVCEYVGELISDSEADVREEDSYLFDLDNKDGEVYCIDARFYGNVSRFINHHCEPNLVPVRVFMAHQDLRFPRIAFFSTRLIEAGEQLGFDYGERFWDIKGKLFSCRCGSPKCRHS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Mono-Methylated H3K9 Peptide
分子量 formula_weight	1264.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P,Q

ARTKQTARKST

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE
分子量 formula_weight	384.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	888

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d3hnaa1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.85 — beta-clip
超家族 Superfamily superfamily	b.85.7 — SET domain
家族 Family family	b.85.7.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3hnaa2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3hnab_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.85 — beta-clip
超家族 Superfamily superfamily	b.85.7 — SET domain
家族 Family family	b.85.7.0 — automated matches

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	3hnaA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	270 — Beta-clip-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — SET domain

结构域编号 domain_id	3hnaB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	270 — Beta-clip-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — SET domain

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晶胞边长 a length_a	83.526 Å
晶胞边长 b length_b	83.372 Å
晶胞边长 c length_c	95.130 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.500 Å
最低分辨率 resolution_low	62.750 Å
R 因子 r_factor	0.1674
R_work r_work	0.1660
R_free r_free	0.1927

Crystal structure of catalytic domain of human euchromatic histone methyltransferase 1 in complex with SAH and mono-Methylated H3K9 Peptide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-9 specific 5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3hna__assembly_3__model_1

3hna__assembly_3__model_1 | I(q)

3hna__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of catalytic domain of human euchromatic histone methyltransferase 1 in complex with SAH and mono-Methylated H3K9 Peptide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-9 specific 5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3hna__assembly_3__model_1

3hna__assembly_3__model_1 | I(q)

3hna__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)