SAXSdb — 3hon

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Collagen alpha-1(XVIII) chain

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1441–1496	片段：UNP residues 1441-1496 突变：A1441G	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.25M MgCl2, 0.1M BisTris, 18-22% (w/v) PEG 8000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 3.00 Å R-free 0.288

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3HON	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BNL ZINC DEPENDENT DIMERS OBSERVED IN CRYSTALS OF HUMAN ENDOSTATIN 提交 1998-07-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1334–1511（178 aa）片段：ENDOSTATIN, 20-KDA COLLAGEN XVIII C-TERMINAL GLOBULAR DOMAIN	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；pH 8.5	分辨率 2.90 Å R-free 0.275
1BNL ZINC DEPENDENT DIMERS OBSERVED IN CRYSTALS OF HUMAN ENDOSTATIN 提交 1998-07-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1334–1511（178 aa）片段：ENDOSTATIN, 20-KDA COLLAGEN XVIII C-TERMINAL GLOBULAR DOMAIN	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；pH 8.5	分辨率 2.90 Å R-free 0.275
1BNL ZINC DEPENDENT DIMERS OBSERVED IN CRYSTALS OF HUMAN ENDOSTATIN 提交 1998-07-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1334–1511（178 aa）片段：ENDOSTATIN, 20-KDA COLLAGEN XVIII C-TERMINAL GLOBULAR DOMAIN	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；pH 8.5	分辨率 2.90 Å R-free 0.275
1BNL ZINC DEPENDENT DIMERS OBSERVED IN CRYSTALS OF HUMAN ENDOSTATIN 提交 1998-07-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 1334–1511（178 aa）片段：ENDOSTATIN, 20-KDA COLLAGEN XVIII C-TERMINAL GLOBULAR DOMAIN	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；pH 8.5	分辨率 2.90 Å R-free 0.275
3HSH Crystal structure of human collagen XVIII trimerization domain (Tetragonal crystal form) 提交 2009-06-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1441–1496（56 aa）片段：UNP residues 1441-1496 链 B 1441–1496（56 aa）片段：UNP residues 1441-1496 链 C 1441–1496（56 aa）片段：UNP residues 1441-1496	突变：A1441G 突变：A1441G 突变：A1441G	SO4 SULFATE ION × 10 GOL GLYCEROL × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.5；298 K；1.65M ammonium sulfate, 0.1M citric acid, pH 3.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 1.80 Å R-free 0.224
3HSH Crystal structure of human collagen XVIII trimerization domain (Tetragonal crystal form) 提交 2009-06-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 1441–1496（56 aa）片段：UNP residues 1441-1496 链 E 1441–1496（56 aa）片段：UNP residues 1441-1496 链 F 1441–1496（56 aa）片段：UNP residues 1441-1496	突变：A1441G 突变：A1441G 突变：A1441G	SO4 SULFATE ION × 3 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.5；298 K；1.65M ammonium sulfate, 0.1M citric acid, pH 3.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 1.80 Å R-free 0.224
3HSH Crystal structure of human collagen XVIII trimerization domain (Tetragonal crystal form) 提交 2009-06-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 A 1441–1496（56 aa）片段：UNP residues 1441-1496 链 B 1441–1496（56 aa）片段：UNP residues 1441-1496 链 C 1441–1496（56 aa）片段：UNP residues 1441-1496 链 D 1441–1496（56 aa）片段：UNP residues 1441-1496 链 E 1441–1496（56 aa）片段：UNP residues 1441-1496 链 F 1441–1496（56 aa）片段：UNP residues 1441-1496	突变：A1441G 突变：A1441G 突变：A1441G 突变：A1441G 突变：A1441G 突变：A1441G	SO4 SULFATE ION × 52 GOL GLYCEROL × 36	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.5；298 K；1.65M ammonium sulfate, 0.1M citric acid, pH 3.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 1.80 Å R-free 0.224
9BNB Collagen XVIII trimerization domain with introduced inter-chain disulfide bond, G(-1)C-L5C 提交 2024-05-02	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1440–1496（57 aa）链 B 1440–1496（57 aa）链 C 1440–1496（57 aa）	突变：;A(-1)C, L5C (authors' numbering) ; 突变：;A(-1)C, L5C (authors' numbering) ; 突变：;A(-1)C, L5C (authors' numbering) ;	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M Bis-Tris HCl, pH 6.5, 25% (w/v) PEG 3350	分辨率 1.50 Å R-free 0.233
9BNC Collagen XVIII trimerization domain with introduced inter-chain disulfide bond, E31C-V37C 提交 2024-05-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1440–1496（57 aa）片段：trimerization domain 链 B 1440–1496（57 aa）片段：trimerization domain 链 C 1440–1496（57 aa）片段：trimerization domain	突变：E31C, V37C 突变：E31C, V37C 突变：E31C, V37C	SO4 SULFATE ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Lithium Sulfate, 0.1 M Tris HCl, pH 8.5, 25% (w/v) PEG3350	分辨率 1.40 Å R-free 0.196
9BND SARS-CoV-2 spike HexaPro protein in complex with T0A trimeric antagonist 提交 2024-05-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1442–1496（55 aa）片段：residues 1442-1496 (Uniprot numbering),Peptidase M2 domain 链 C 1442–1496（55 aa）片段：residues 1442-1496 (Uniprot numbering),Peptidase M2 domain 链 E 1442–1496（55 aa）片段：residues 1442-1496 (Uniprot numbering),Peptidase M2 domain	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；1x PBS 137 mM NaCl, 2.7 mM KCl, 10 mM Na2HPO4, 1.8 mM KH2PO4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.19 Å
9BNE SARS-CoV-2 spike HexaPro protein in complex with T3A trimeric antagonist 提交 2024-05-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1442–1496（55 aa）链 C 1442–1496（55 aa）链 E 1442–1496（55 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；1x PBS 137 mM NaCl, 2.7 mM KCl, 10 mM Na2HPO4, 1.8 mM KH2PO4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.43 Å
9BNF SARS-CoV-2 spike HexaPro protein in complex with T5A trimeric antagonist 提交 2024-05-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1442–1497（56 aa）链 C 1442–1497（56 aa）链 E 1442–1497（56 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；1x PBS: 137 mM NaCl, 2.7 mM KCl, 10 mM Na2HPO4, 1.8 mM KH2PO4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.33 Å
9BNG SARS-CoV-2 spike HexaPro protein in complex with T18A trimeric antagonist 提交 2024-05-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1442–1497（56 aa）链 C 1442–1497（56 aa）链 E 1442–1497（56 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 28	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；1x PBS 137 mM NaCl, 2.7 mM KCl, 10 mM Na2HPO4, 1.8 mM KH2PO4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.73 Å

共 8 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	COIA1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–56； UniProt 1441–1496

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3hon
沉积日期 deposition_date	2009-06-02
结构标题 title	Crystal Structure of Human Collagen XVIII Trimerization Domain (cubic form)
关键词 keywords	;collagen triple helix, trimerization domain, collagen XVIII, multiplexin, Alternative promoter usage, Alternative splicing, Cell adhesion, Collagen, Disulfide bond, Extracellular matrix, Glycoprotein, Hydroxylation, Metal-binding, Polymorphism, Secreted, Zinc, protein binding ;; PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	13.25 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	11.88 Å
零角强度 I(0) i0	909678.00
分子量 molecular_weight	6261.0 kDa
排除体积 excluded_volume	7880 Å³
包络体积 envelope_volume	9542 Å³
水化壳体积 shell_volume	7461 Å³
包络直径 envelope_diameter	45.0 Å
壳层 Rg shell_rg	16.64 Å
包络 Rg envelope_rg	12.71 Å
形状 Rg shape_rg	11.86 Å
总 Rg total_rg	13.27 Å
总原子数 total_atoms	443
残基数 n_residues	54
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	47.3 Å
Rg (实空间) rg_real	13.28 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.43 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.0970e+05
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.9070e+03
Rg (倒空间) rg_reciprocal	13.28 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	909700.0000
解质量估计 total_estimate	0.8479
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	15.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.403
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.142
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	162300.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.736; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.872; Smooth: 0.938

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	3honA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1620 — YefM-like fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	94.876 Å
晶胞边长 b length_b	94.876 Å
晶胞边长 c length_c	94.876 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	48

空间群 space_group	I 41 3 2
空间群编号 int_tables_number	214
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	38.730 Å
R 因子 r_factor	0.2790
R_work r_work	0.2790
R_free r_free	0.2880

描述 description	Collagen alpha-1(XVIII) chain
分子量 formula_weight	6442.4 kDa
突变 mutation	A1441G
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	443

Crystal Structure of Human Collagen XVIII Trimerization Domain (cubic form)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Collagen alpha-1(XVIII) chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

fit	/app/data/saxs_computation/ho/3hon/3hon.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ho/3hon/3hon.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ho/3hon/3hon.dat