3hs0

Cobra Venom Factor (CVF) in complex with human factor B

Method: X-RAY DIFFRACTION

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cobra venom factor

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 4 其他聚合物 1	Complement factor B × 1 （P00751） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 MAGNESIUM ION × 2 water × 3	与蛋白数一致
2	其他组合	异源复合物	蛋白 4 其他聚合物 1	Complement factor B × 1 （P00751） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 MAGNESIUM ION × 2 water × 3	与蛋白数一致
3	其他组合	异源复合物	蛋白 8 其他聚合物 2	Complement factor B × 2 （P00751） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 MAGNESIUM ION × 4 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CO3_NAJKA
Isoform	—
PDB实体	1, 2, 3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–627； UniProt 23–649 作者链 F； PDB构建体 1–627； UniProt 23–649 作者链 B； PDB构建体 1–252； UniProt 733–984 作者链 G； PDB构建体 1–252； UniProt 733–984 作者链 C； PDB构建体 1–379； UniProt 1264–1642 作者链 H； PDB构建体 1–379； UniProt 1264–1642

Complement factor B

Homo sapiens

UniProt P00751

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 4 其他聚合物 1	Cobra venom factor × 1 （Q91132） Cobra venom factor × 1 （Q91132） Cobra venom factor × 1 （Q91132） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 MAGNESIUM ION × 2 water × 3	与蛋白数一致
2	其他组合	异源复合物	蛋白 4 其他聚合物 1	Cobra venom factor × 1 （Q91132） Cobra venom factor × 1 （Q91132） Cobra venom factor × 1 （Q91132） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 MAGNESIUM ION × 2 water × 3	与蛋白数一致
3	其他组合	异源复合物	蛋白 8 其他聚合物 2	Cobra venom factor × 2 （Q91132） Cobra venom factor × 2 （Q91132） Cobra venom factor × 2 （Q91132） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 MAGNESIUM ION × 4 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CFAB_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–739； UniProt 26–764 作者链 I； PDB构建体 1–739； UniProt 26–764

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3hs0
沉积日期 deposition_date	2009-06-10
结构标题 title	Cobra Venom Factor (CVF) in complex with human factor B
关键词 keywords	;serine protease, glycosilated, multi-domain, complement system, convertase, Complement alternate pathway, Complement pathway, Disulfide bond, Glycoprotein, Immune response, Inflammatory response, Innate immunity, Secreted, Thioester bond, Cleavage on pair of basic residues, Glycation, Hydrolase, Protease, Sushi, Zymogen, IMMUNE SYSTEM ;; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3hs0__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3hs0__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3hs0__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	45.01 Å
Rg（电子密度）	44.74 Å
总 Rg	44.93 Å
原子数	15278
残基数	1920
排除体积	272360 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3hs0__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3hs0__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`3hs0__assembly_3__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Cobra venom factor
分子量 formula_weight	69582.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,F
原子数 atom_count	30435

ALYTLITPAVLRTDTEEQILVEAHGDSTPKQLDIFVHDFPRKQKTLFQTRVDMNPAGGMLVTPTIEIPAKEVSTDSRQNQYVVVQVTGPQVRLEKVVLLSYQSSFLFIQTDKGIYTPGSPVLYRVFSMDHNTSKMNKTVIVEFQTPEGILVSSNSVDLNFFWPYNLPDLVSLGTWRIVAKYEHSPENYTAYFDVRKYVLPSFEVRLQPSEKFFYIDGNENFHVSITARYLYGEEVEGVAFVLFGVKIDDAKKSIPDSLTRIPIIDGDGKATLKRDTFRSRFPNLNELVGHTLYASVTVMTESGSDMVVTEQSGIHIVASPYQIHFTKTPKYFKPGMPYELTVYVTNPDGSPAAHVPVVSEAFHSMGTTLSDGTAKLILNIPLNAQSLPITVRTNHGDLPRERQATKSMTAIAYQTQGGSGNYLHVAITSTEIKPGDNLPVNFNVKGNANSLKQIKYFTYLILNKGKIFKVGRQPRRDGQNLVTMNLHITPDLIPSFRFVAYYQVGNNEIVADSVWVDVKDTCMGTLVVKGDNLIQMPGAAMKIKLEGDPGARVGLVAVDKAVYVLNDKYKISQAKIWDTIEKSDFGCTAGSGQNNLGVFEDAGLALTTSTNLNTKQRSAAKCPQPAN

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Cobra venom factor
分子量 formula_weight	28418.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,G

DDNEDGFIADSDIISRSDFPKSWLWLTKDLTEEPNSQGISSKTMSFYLRDSITTWVVLAVSFTPTKGICVAEPYEIRVMKVFFIDLQMPYSVVKNEQVEIRAILHNYVNEDIYVRVELLYNPAFCSASTKGQRYRQQFPIKALSSRAVPFVIVPLEQGLHDVEIKASVQEALWSDGVRKKLKVVPEGVQKSIVTIVKLDPRAKGVGGTQLEVIKARKLDDRVPDTEIETKIIIQGDPVAQIIENSIDGSKLN

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Cobra venom factor
分子量 formula_weight	43626.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,H

EIQMPTHKDLNLDITIELPDREVPIRYRINYENALLARTVETKLNQDITVTASGDGKATMTILTFYNAQLQEKANVCNKFHLNVSVENIHLNAMGAKGALMLKICTRYLGEVDSTMTIIDISMLTGFLPDAEDLTRLSKGVDRYISRYEVDNNMAQKVAVIIYLNKVSHSEDECLHFKILKHFEVGFIQPGSVKVYSYYNLDEKCTKFYHPDKGTGLLNKICIGNVCRCAGETCSSLNHQERIDVPLQIEKACETNVDYVYKTKLLRIEEQDGNDIYVMDVLEVIKQGTDENPRAKTHQYISQRKCQEALNLKVNDDYLIWGSRSDLLPTKDKISYIITKNTWIERWPHEDECQEEEFQKLCDDFAQFSYTLTEFGCPT

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Complement factor B
分子量 formula_weight	83194.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.47
突变 mutation	D279G,N285D
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,I

TPWSLARPQGSCSLEGVEIKGGSFRLLQEGQALEYVCPSGFYPYPVQTRTCRSTGSWSTLKTQDQKTVRKAECRAIHCPRPHDFENGEYWPRSPYYNVSDEISFHCYDGYTLRGSANRTCQVNGRWSGQTAICDNGAGYCSNPGIPIGTRKVGSQYRLEDSVTYHCSRGLTLRGSQRRTCQEGGSWSGTEPSCQDSFMYDTPQEVAEAFLSSLTETIEGVDAEDGHGPGEQQKRKIVLDPSGSMNIYLVLDGSGSIGASDFTGAKKCLVNLIEKVASYGVKPRYGLVTYATYPKIWVKVSEADSSNADWVTKQLNEINYEDHKLKSGTNTKKALQAVYSMMSWPDDVPPEGWNRTRHVIILMTDGLHNMGGDPITVIDEIRDLLYIGKDRKNPREDYLDVYVFGVGPLVNQVNINALASKKDNEQHVFKVKDMENLEDVFYQMIDESQSLSLCGMVWEHRKGTDYHKQPWQAKISVIRPSKGHESCMGAVVSEYFVLTAAHCFTVDDKEHSIKVSVGGEKRDLEIEVVLFHPNYNINGKKEAGIPEFYDYDVALIKLKNKLKYGQTIRPICLPCTEGTTRALRLPPTTTCQQQKEELLPAQDIKALFVSEEEKKLTRKEVYIKNGDKKGSCERDAQYAPGYDKVKDISEVVTPRFLCTGGVSPYADPNTCRGDSGGPLIVHKRSRFIQVGVISWGVVDVCKNQKRQKQVPAHARDFHINLFQVLPWLKEKLQDEDLGFLAA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 5 Entity 5 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	7

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	8

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 22 domains

CATH v4.4 (22 domains)

结构域编号 domain_id	3hs0A01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1930 — Macroglobulin (MG2) domain

结构域编号 domain_id	3hs0A02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1930 — Macroglobulin (MG2) domain

结构域编号 domain_id	3hs0A03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1940 —

结构域编号 domain_id	3hs0A04
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3hs0A05
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1930 — Macroglobulin (MG2) domain

结构域编号 domain_id	3hs0A06
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	20 — Other non-globular
拓扑 Topology topology	50 — N-terminal domain of TfIIb
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	160 —

结构域编号 domain_id	3hs0B01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology	130 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	3hs0B02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3hs0C01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology	210 — ubp-family deubiquitinating enzyme fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	3hs0C02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	690 — Alpha-macroglobulin, receptor-binding domain

结构域编号 domain_id	3hs0C03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 —

结构域编号 domain_id	3hs0F01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1930 — Macroglobulin (MG2) domain

结构域编号 domain_id	3hs0F02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1930 — Macroglobulin (MG2) domain

结构域编号 domain_id	3hs0F03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1940 —

结构域编号 domain_id	3hs0F04
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3hs0F05
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1930 — Macroglobulin (MG2) domain

结构域编号 domain_id	3hs0F06
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	20 — Other non-globular
拓扑 Topology topology	50 — N-terminal domain of TfIIb
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	160 —

结构域编号 domain_id	3hs0G01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology	130 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	3hs0G02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3hs0H01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology	210 — ubp-family deubiquitinating enzyme fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	3hs0H02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	690 — Alpha-macroglobulin, receptor-binding domain

结构域编号 domain_id	3hs0H03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 —

▶

晶胞边长 a length_a	134.026 Å
晶胞边长 b length_b	136.975 Å
晶胞边长 c length_c	283.740 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	34.883 Å
R 因子 r_factor	0.1900
R_work r_work	0.1890
R_free r_free	0.2430

Cobra Venom Factor (CVF) in complex with human factor B

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cobra venom factor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Complement factor B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3hs0__assembly_1__model_1

3hs0__assembly_1__model_1 | I(q)

3hs0__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 branched

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 22 domains

CATH v4.4 (22 domains)

7. 引用文献 (1)

Cobra Venom Factor (CVF) in complex with human factor B

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cobra venom factor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Complement factor B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3hs0__assembly_1__model_1

3hs0__assembly_1__model_1 | I(q)

3hs0__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 branched

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 22 domains

CATH v4.4 (22 domains)

7. 引用文献 (1)