3hvq

Crystal structure of a complex between Protein Phosphatase 1 alpha (PP1) and the PP1 binding and PDZ domains of Neurabin

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 109.8 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit

Homo sapiens

UniProt P62136

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 7–330 链 B; UniProt 7–330 片段:CATALYTIC SUBUNIT Neurabin-1 × 2 (O35867) MN MANGANESE (II) ION × 4 PO4 PHOSPHATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.9;277 K;0.2 M (NH4)2HPO4, 20% PEG 3350, pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K 分辨率 2.20 Å R-free 0.221
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 7–330 片段:CATALYTIC SUBUNIT Neurabin-1 × 1 (O35867) MN MANGANESE (II) ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.9;277 K;0.2 M (NH4)2HPO4, 20% PEG 3350, pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K 分辨率 2.20 Å R-free 0.221
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 7–330 片段:CATALYTIC SUBUNIT Neurabin-1 × 1 (O35867) MN MANGANESE (II) ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.9;277 K;0.2 M (NH4)2HPO4, 20% PEG 3350, pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K 分辨率 2.20 Å R-free 0.221

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 45 个其他 PDB 条目、86 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PP1A_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 6–329; UniProt 7–330 作者链 B; PDB构建体 6–329; UniProt 7–330

Neurabin-1

Rattus norvegicus

UniProt O35867

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 426–592 链 D; UniProt 426–592 片段:PP1 BINDING AND PDZ DOMAINS Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit × 2 (P62136) MN MANGANESE (II) ION × 4 PO4 PHOSPHATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.9;277 K;0.2 M (NH4)2HPO4, 20% PEG 3350, pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K 分辨率 2.20 Å R-free 0.221
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 426–592 片段:PP1 BINDING AND PDZ DOMAINS Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit × 1 (P62136) MN MANGANESE (II) ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.9;277 K;0.2 M (NH4)2HPO4, 20% PEG 3350, pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K 分辨率 2.20 Å R-free 0.221
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 426–592 片段:PP1 BINDING AND PDZ DOMAINS Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit × 1 (P62136) MN MANGANESE (II) ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.9;277 K;0.2 M (NH4)2HPO4, 20% PEG 3350, pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K 分辨率 2.20 Å R-free 0.221

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NEB1_RAT
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 4–170; UniProt 426–592 作者链 D; PDB构建体 4–170; UniProt 426–592

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3hvq

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3hvq
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3hvq
沉积日期 deposition_date2009-06-16
结构标题 titleCrystal structure of a complex between Protein Phosphatase 1 alpha (PP1) and the PP1 binding and PDZ domains of Neurabin
关键词 keywords;PP1, NEURABIN, SERINE/THREONINE PHOSPHATASE, POST SYNAPTIC DENSITY, GLUTAMETERGIC RECEPTORS, CARBOHYDRATE METABOLISM, CELL CYCLE, CELL DIVISION, GLYCOGEN METABOLISM, HYDROLASE, IRON, MANGANESE, METAL-BINDING, PHOSPHOPROTEIN, PROTEIN PHOSPHATASE, ACTIN-BINDING, CELL JUNCTION, CELL PROJECTION, CYTOSKELETON, DEVELOPMENTAL PROTEIN, DIFFERENTIATION, NEUROGENESIS, NUCLEUS, SYNAPSE, Synaptosome, HYDROLASE-HYDROLASE REGULATOR COMPLEX ;; HYDROLASE/HYDROLASE REGULATOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier32.38
回转半径 Rg (电子) rg_electron32.10
零角强度 I(0) i0131857000.00
分子量 molecular_weight91848.0 kDa
排除体积 excluded_volume114880 ų
包络体积 envelope_volume140590 ų
水化壳体积 shell_volume37410 ų
包络直径 envelope_diameter115.1
壳层 Rg shell_rg37.83
包络 Rg envelope_rg32.31
形状 Rg shape_rg32.09
总 Rg total_rg32.57
总原子数 total_atoms6445
残基数 n_residues810
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax109.8
Rg (实空间) rg_real32.57
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.89
I(0) (实空间) i0_real1.3190e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.9970e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal32.49
I(0) (倒空间) i0_reciprocal131800000.0000
解质量估计 total_estimate0.8560
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary31.4
偏度 Skewness skewness0.465
峰度 Kurtosis kurtosis-0.341
角度范围 angular_range— – 0.2450 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha49720000.0000
实空间数据点数 n_real_points50
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.802; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.907; Smooth: 0.813

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd3hvqa_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.159 — Metallo-dependent phosphatases
超家族 Superfamily superfamilyd.159.1 — Metallo-dependent phosphatases
家族 Family familyd.159.1.3 — Protein serine/threonine phosphatase
结构域编号 domain_idd3hvqb_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.159 — Metallo-dependent phosphatases
超家族 Superfamily superfamilyd.159.1 — Metallo-dependent phosphatases
家族 Family familyd.159.1.3 — Protein serine/threonine phosphatase

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id3hvqA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology21 — Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Metallo-dependent phosphatases
结构域编号 domain_id3hvqB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology21 — Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Metallo-dependent phosphatases
结构域编号 domain_id3hvqC01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology42 — Pdz3 Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — PDZ domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)