SAXSdb — 3hw2

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein sifA

Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–336	未记录	Pleckstrin homology domain-containing family M member 2 × 1 （Q8IWE5）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；30% PEG 4000, 0.2M Na acetate trihydrate, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 3.30 Å R-free 0.309

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3HW2	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3CXB Crystal Structure of sifa and skip 提交 2008-04-24	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–336（336 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；20% Poly acrylic acid5100, 0.05M magnesium chloride, 0.1M Hepes, pH7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.288

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SIFA_SALTY
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–336； UniProt 1–336

Pleckstrin homology domain-containing family M member 2

Homo sapiens

UniProt Q8IWE5

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 771–875	片段：Pleskrin homology (PH) domain, UNP residues 771-876	Protein sifA × 1 （Q56061）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；30% PEG 4000, 0.2M Na acetate trihydrate, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 3.30 Å R-free 0.309

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3HW2	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3CXB Crystal Structure of sifa and skip 提交 2008-04-24	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 773–884（112 aa）片段：PH motif, UNP residues 773-884	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；20% Poly acrylic acid5100, 0.05M magnesium chloride, 0.1M Hepes, pH7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.288
3ZFW Crystal structure of the TPR domain of kinesin light chain 2 in complex with a tryptophan-acidic cargo peptide 提交 2012-12-12	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 X 203–212（10 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；0.10 M MES PH 6.5, 0.2 L-PROLINE, 7% PGA	分辨率 2.90 Å R-free 0.244
3ZFW Crystal structure of the TPR domain of kinesin light chain 2 in complex with a tryptophan-acidic cargo peptide 提交 2012-12-12	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 Y 203–212（10 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；0.10 M MES PH 6.5, 0.2 L-PROLINE, 7% PGA	分辨率 2.90 Å R-free 0.244
8JCA Cyrstal structure of SKIP RUN domain in complex with GTP-bound Arl8b(Q75L) 提交 2023-05-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–165（165 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；800mM Potassiam phosphate dibasic 1.2 M Sodium phosphate monobasic 0.1M CAPS/Sodium hydroxide 0.2M Lithium sulfate pH10.5	分辨率 1.65 Å R-free 0.206

共 3 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PKHM2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–105； UniProt 771–875

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3hw2
沉积日期 deposition_date	2009-06-17
结构标题 title	Crystal structure of the SifA-SKIP(PH) complex
关键词 keywords	sifa, protein complex, salmonella infection, late effector, Virulence, Phosphoprotein, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.40 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.44 Å
零角强度 I(0) i0	37821400.00
分子量 molecular_weight	47012.0 kDa
排除体积 excluded_volume	58731 Å³
包络体积 envelope_volume	75014 Å³
水化壳体积 shell_volume	25746 Å³
包络直径 envelope_diameter	82.9 Å
壳层 Rg shell_rg	31.47 Å
包络 Rg envelope_rg	24.48 Å
形状 Rg shape_rg	24.46 Å
总 Rg total_rg	25.21 Å
总原子数 total_atoms	3297
残基数 n_residues	413
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	80.0 Å
Rg (实空间) rg_real	25.31 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.49 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.7820e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.0670e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.34 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	37820000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7519
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	32.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.160
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.586
角度范围 angular_range	— – 0.3100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	7600000.0000
实空间数据点数 n_real_points	63
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.946; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.315; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.988

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Protein sifA
分子量 formula_weight	38546.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3297

MPITIGNGFLKSEILTNSPRNTKEAWWKVLWEKIKDFFFSTGKAKADRCLHEMLFAERAPTRERLTEIFFELKELACASQRDRFQVHNPHENDATIILRIMDQNEENELLRITQNTDTFSCEVMGNLYFLMKDRPDILKSHPQMTAMIKRRYSEIVDYPLPSTLCLNPAGAPILSVPLDNIEGYLYTELRKGHLDGWKAQEKATYLAAKIQSGIEKTTRILHHANISESTQQNAFLETMAMCGLKQLEIPPPHTHIPIEKMVKEVLLADKTFQAFLVTDPSTSQSMLAEIVEAISDQVFHAIFRIDPQAIQKMAEEQLTTLHVRSEQQSGCLCCFL

来源 Source

来源生物 organism	Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	99287
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Pleckstrin homology domain-containing family M member 2
分子量 formula_weight	11734.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

TITKEGMLHYKAGTSYLGKEHWKTCFVVLSNGILYQYPDRTDVIPLLSVNMGGEQCGGCRRANTTDRPHAFQVILSDRPCLELSAESEAEMAEWMQHLCQAVSKG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	3hw2A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2440 — Secreted effector protein SifA fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Secreted effector protein SifA

结构域编号 domain_id	3hw2A02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	390 — Enolase-like; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Salmonella typhimurium protein

结构域编号 domain_id	3hw2A03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1740 — Rna Polymerase Sigma Factor; Chain: A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Secreted effector protein SifA helical domain

结构域编号 domain_id	3hw2B00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	91.799 Å
晶胞边长 b length_b	110.866 Å
晶胞边长 c length_c	44.274 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.300 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.2473
R_work r_work	0.2404
R_free r_free	0.3093

fit	/app/data/saxs_computation/hw/3hw2/3hw2.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hw/3hw2/3hw2.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hw/3hw2/3hw2.dat

Crystal structure of the SifA-SKIP(PH) complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein sifA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Pleckstrin homology domain-containing family M member 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)