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3hyb

Crystal structure of RbcX from Anabaena, crystal form II

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 84.1 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RbcX protein

Anabaena sp.

UniProt Q44212

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–135 链 B； UniProt 1–135 未记录 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；1 M (NH4)2SO4, 0.1 M Bis-Tris-HCl pH 5.5, 1 % PEG-3350, vapor diffusion, sitting drop, temperature 291K 分辨率 2.30 Å R-free 0.275

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3HYB Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2PEO Crystal structure of RbcX from Anabaena CA 提交 2007-04-03 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–135（135 aa）
链 B 1–135（135 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293 K；1.0 M Ammonium phosphate, 0.1 M Sodium citrate pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.50 Å R-free 0.298
2WVW Cryo-EM structure of the RbcL-RbcX complex 提交 2009-10-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric
链 I 1–135（135 aa）
链 J 1–135（135 aa）
链 K 1–135（135 aa）
链 L 1–135（135 aa）
链 M 1–135（135 aa）
链 N 1–135（135 aa）
链 O 1–135（135 aa）
链 P 1–135（135 aa）
链 Q 1–135（135 aa）
链 R 1–135（135 aa）
链 S 1–135（135 aa）
链 T 1–135（135 aa）
链 U 1–135（135 aa）
链 V 1–135（135 aa）
链 W 1–135（135 aa）
链 X 1–135（135 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 20 MM TRIS-HCL, PH 8.7；pH 8.7；20 MM TRIS-HCL, PH 8.7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITROBOT USED, LIQUID ETHANE
分辨率 9.00 Å
3RG6 Crystal structure of a chaperone-bound assembly intermediate of form I Rubisco 提交 2011-04-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric
链 C 1–135（135 aa）
链 D 1–135（135 aa）
链 E 1–135（135 aa）
链 F 1–135（135 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.7；277 K；15-17 % 2-methyl-2,4-pentanediol, 0.1 M KCl, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.7, vapor diffusion, temperature 277K
分辨率 3.20 Å R-free 0.245

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q44212_9NOST
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 21–155； UniProt 1–135 作者链 B； PDB构建体 21–155； UniProt 1–135

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3hyb

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3hyb
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3hyb
沉积日期 deposition_date2009-06-22
结构标题 titleCrystal structure of RbcX from Anabaena, crystal form II
关键词 keywordsRuBisCO, protein complex assembly, chaperone; CHAPERONE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier20.97 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron20.36 Å
零角强度 I(0) i011106400.00
分子量 molecular_weight25206.0 kDa
排除体积 excluded_volume31733 ų
包络体积 envelope_volume38597 ų
水化壳体积 shell_volume16581 ų
包络直径 envelope_diameter86.1 Å
壳层 Rg shell_rg25.79 Å
包络 Rg envelope_rg20.98 Å
形状 Rg shape_rg20.36 Å
总 Rg total_rg21.15 Å
总原子数 total_atoms1773
残基数 n_residues230
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax84.1 Å
Rg (实空间) rg_real21.05 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.12 Å
I(0) (实空间) i0_real1.1110e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.7740e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal21.04 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal11110000.0000
解质量估计 total_estimate0.7668
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary20.7 Å
偏度 Skewness skewness0.451
峰度 Kurtosis kurtosis-0.159
角度范围 angular_range— – 0.3800 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha2994000.0000
实空间数据点数 n_real_points70
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.484; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.512; Smooth: 0.999
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd3hyba1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.280 — RbcX-like
超家族 Superfamily superfamilya.280.1 — RbcX-like
家族 Family familya.280.1.1 — RbcX-like
结构域编号 domain_idd3hyba2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd3hybb1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.280 — RbcX-like
超家族 Superfamily superfamilya.280.1 — RbcX-like
家族 Family familya.280.1.1 — RbcX-like
结构域编号 domain_idd3hybb2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id3hybA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology1200 — Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily210 — Chaperonin-like RbcX
结构域编号 domain_id3hybB00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology1200 — Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily210 — Chaperonin-like RbcX
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)