SAXSdb — 3i3c

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chromobox protein homolog 5

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 110–173	未记录	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；20% PEG3350, 0.2M di-Na Tartrate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.48 Å R-free 0.303
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 110–173	未记录	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；20% PEG3350, 0.2M di-Na Tartrate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.48 Å R-free 0.303
3	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 110–173	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；20% PEG3350, 0.2M di-Na Tartrate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.48 Å R-free 0.303
4	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 110–173	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；20% PEG3350, 0.2M di-Na Tartrate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.48 Å R-free 0.303

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3I3C	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3FDT Crystal structure of the complex of human chromobox homolog 5 (CBX5) with H3K9(me)3 peptide 提交 2008-11-26	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 18–75（58 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；35% PEG 400, 0.2M Na Cl, 0.1M Tris (pH 8.5), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.257
8UXQ Structure of Heterochromatin Protein 1 (HP1) alpha in complex with an H2A.Z nucleosome 提交 2023-11-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric	链 A 2–191（190 aa）链 C 2–191（190 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.30 Å
9CDW Crystal structure of HP1alpha chromoshadow domain in complex with KAP1 peptide 提交 2024-06-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 111–174（64 aa）链 C 111–174（64 aa）	未记录	PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M Bis-Tris pH 5.8, 0.2 M MgCl2, 20% PEG3350, 30 mM glycyl-glycyl-glycine	分辨率 2.40 Å R-free 0.252
9CDW Crystal structure of HP1alpha chromoshadow domain in complex with KAP1 peptide 提交 2024-06-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 111–174（64 aa）链 D 111–174（64 aa）	未记录	PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M Bis-Tris pH 5.8, 0.2 M MgCl2, 20% PEG3350, 30 mM glycyl-glycyl-glycine	分辨率 2.40 Å R-free 0.252
9CEA Crystal structure of HP1alpha chromoshadow domain 提交 2024-06-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 113–175（63 aa）链 B 113–175（63 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M HEPES pH 7, 0.2 M sodium chloride and 20% w/v PEG6000	分辨率 2.15 Å R-free 0.277
9CEA Crystal structure of HP1alpha chromoshadow domain 提交 2024-06-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 113–175（63 aa）链 D 113–175（63 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M HEPES pH 7, 0.2 M sodium chloride and 20% w/v PEG6000	分辨率 2.15 Å R-free 0.277
9CMT The crystal structure of HP1alpha CSD-Agno complex 提交 2024-07-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 112–176（65 aa）链 B 112–176（65 aa）链 D 112–176（65 aa）链 E 112–176（65 aa）	突变：C133S, T145S 突变：C133S, T145S 突变：C133S, T145S 突变：C133S, T145S	F6Z 3',6'-DIHYDROXY-3-OXO-3H-SPIRO[2-BENZOFURAN-1,9'-XANTHENE]-5-CARBOXYLIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；1 uL protein solution (about 10 mg/ml) and 1 uL reservoir solution containing 0.01 M NiCl2, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, and 20% PEG2000MME (v/v)	分辨率 3.17 Å R-free 0.286

共 5 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CBX5_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 12–75； UniProt 110–173 作者链 B； PDB构建体 12–75； UniProt 110–173 作者链 C； PDB构建体 12–75； UniProt 110–173 作者链 D； PDB构建体 12–75； UniProt 110–173

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3i3c
沉积日期 deposition_date	2009-06-30
结构标题 title	Crystal Structural of CBX5 Chromo Shadow Domain
关键词 keywords	;CBX5, Chromo Shadow Domain, Structural Genomics, Structural Genomics Consortium, SGC, Centromere, Nucleus, Phosphoprotein, TRANSCRIPTION ;; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.30 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.52 Å
零角强度 I(0) i0	10883200.00
分子量 molecular_weight	25107.0 kDa
排除体积 excluded_volume	31585 Å³
包络体积 envelope_volume	42386 Å³
水化壳体积 shell_volume	16386 Å³
包络直径 envelope_diameter	76.8 Å
壳层 Rg shell_rg	28.47 Å
包络 Rg envelope_rg	23.17 Å
形状 Rg shape_rg	23.53 Å
总 Rg total_rg	24.24 Å
总原子数 total_atoms	1764
残基数 n_residues	229
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	77.2 Å
Rg (实空间) rg_real	24.51 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.52 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0880e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4600e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.46 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	10880000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8321
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	19.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.376
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.799
角度范围 angular_range	— – 0.3250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3090000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.753; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.630; Smooth: 0.925

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Chromobox protein homolog 5
分子量 formula_weight	8454.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	1817

SSGRENLYFQGSNDIARGFERGLEPEKIIGATDSCGDLMFLMKWKDTDEADLVLAKEANVKCPQIVIAFYEERLT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	35

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d3i3ca_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.34.13 — Chromo domain-like
家族 Family family	b.34.13.2 — Chromo domain

结构域编号 domain_id	d3i3cb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.34.13 — Chromo domain-like
家族 Family family	b.34.13.2 — Chromo domain

结构域编号 domain_id	d3i3cc_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.34.13 — Chromo domain-like
家族 Family family	b.34.13.2 — Chromo domain

结构域编号 domain_id	d3i3cd_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.34.13 — Chromo domain-like
家族 Family family	b.34.13.2 — Chromo domain

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	3i3cA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

结构域编号 domain_id	3i3cB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

结构域编号 domain_id	3i3cC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

结构域编号 domain_id	3i3cD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	81.660 Å
晶胞边长 b length_b	126.587 Å
晶胞边长 c length_c	31.399 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.480 Å
最低分辨率 resolution_low	40.000 Å
R 因子 r_factor	0.2680
R_work r_work	0.2660
R_free r_free	0.3030

fit	/app/data/saxs_computation/i3/3i3c/3i3c.fit
pddf	/app/data/pr_computation/i3/3i3c/3i3c.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/i3/3i3c/3i3c.dat

Crystal Structural of CBX5 Chromo Shadow Domain

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chromobox protein homolog 5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution