SAXSdb — 3i97

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Neuropilin-1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	(S)-2-(3-(benzo[c][1,2,5]thiadiazole-4-sulfonamido)thiophene-2-carboxamido)-5-guanidinopentanoic acid × 1 GLYCEROL × 1 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	(S)-2-(3-(benzo[c][1,2,5]thiadiazole-4-sulfonamido)thiophene-2-carboxamido)-5-guanidinopentanoic acid × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NRP1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–158； UniProt 273–427 作者链 B； PDB构建体 4–158； UniProt 273–427

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3i97
沉积日期 deposition_date	2009-07-10
结构标题 title	B1 domain of human Neuropilin-1 bound with small molecule EG00229
关键词 keywords	;Neuropilin-1, Drug, VEGF, Angiogenesis, Neuropilin, Alternative splicing, Cell membrane, Developmental protein, Differentiation, Disulfide bond, Glycoprotein, Heparan sulfate, Membrane, Neurogenesis, Phosphoprotein, Polymorphism, Proteoglycan, Receptor, Secreted, Transmembrane, MEMBRANE PROTEIN, SIGNALING PROTEIN ;; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3i97__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3i97__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3i97__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	16.16 Å
Rg（电子密度）	15.05 Å
总 Rg	16.33 Å
原子数	1260
残基数	154
排除体积	22367 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3i97__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3i97__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Neuropilin-1
分子量 formula_weight	17917.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	2533

GHMFKCMEALGMESGEIHSDQITASSQYSTNWSAERSRLNYPENGWTPGEDSYREWIQVDLGLLRFVTAVGTQGAISKETKKKYYVKTYKIDVSSNGEDWITIKEGNKPVLFQGNTNPTDVVVAVFPKPLITRFVRIKPATWETGISMRFEVYGCKIT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	(S)-2-(3-(benzo[c][1,2,5]thiadiazole-4-sulfonamido)thiophene-2-carboxamido)-5-guanidinopentanoic acid
分子量 formula_weight	497.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	8

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d3i97a_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.18 — Galactose-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.18.1 — Galactose-binding domain-like
家族 Family family	b.18.1.2 — Discoidin domain (FA58C, coagulation factor 5/8 C-terminal domain)

结构域编号 domain_id	d3i97b_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.18 — Galactose-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.18.1 — Galactose-binding domain-like
家族 Family family	b.18.1.2 — Discoidin domain (FA58C, coagulation factor 5/8 C-terminal domain)

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	3i97A00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	260 — Galactose-binding domain-like

结构域编号 domain_id	3i97B00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	260 — Galactose-binding domain-like

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晶胞边长 a length_a	41.000 Å
晶胞边长 b length_b	89.600 Å
晶胞边长 c length_c	41.600 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	97.70 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.900 Å
最低分辨率 resolution_low	30.330 Å
R 因子 r_factor	0.2190
R_work r_work	0.2160
R_free r_free	0.2820

B1 domain of human Neuropilin-1 bound with small molecule EG00229

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Neuropilin-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3i97__assembly_2__model_1

3i97__assembly_2__model_1 | I(q)

3i97__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

B1 domain of human Neuropilin-1 bound with small molecule EG00229

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Neuropilin-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3i97__assembly_2__model_1

3i97__assembly_2__model_1 | I(q)

3i97__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)