3iec

Helicobacter pylori CagA Inhibits PAR1/MARK Family Kinases by Mimicking Host Substrates

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serine/threonine-protein kinase MARK2

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Cytotoxicity-associated immunodominant antigen × 1 （P55980） water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Cytotoxicity-associated immunodominant antigen × 1 （P55980） water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Cytotoxicity-associated immunodominant antigen × 1 （P55980） water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Cytotoxicity-associated immunodominant antigen × 1 （P55980） water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MARK2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–319； UniProt 49–363 作者链 B； PDB构建体 5–319； UniProt 49–363 作者链 C； PDB构建体 5–319； UniProt 49–363 作者链 D； PDB构建体 5–319； UniProt 49–363

Cytotoxicity-associated immunodominant antigen

Helicobacter pylori

UniProt P55980

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Serine/threonine-protein kinase MARK2 × 1 （Q7KZI7） water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Serine/threonine-protein kinase MARK2 × 1 （Q7KZI7） water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Serine/threonine-protein kinase MARK2 × 1 （Q7KZI7） water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Serine/threonine-protein kinase MARK2 × 1 （Q7KZI7） water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CAGA_HELPY
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 5–125； UniProt 885–1005 作者链 F； PDB构建体 5–125； UniProt 885–1005 作者链 G； PDB构建体 5–125； UniProt 885–1005 作者链 H； PDB构建体 5–125； UniProt 885–1005

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3iec
沉积日期 deposition_date	2009-07-22
结构标题 title	Helicobacter pylori CagA Inhibits PAR1/MARK Family Kinases by Mimicking Host Substrates
关键词 keywords	;Protein-protein complex, kinase, virulence factor, Alternative promoter usage, ATP-binding, Cell membrane, Developmental protein, Differentiation, Magnesium, Membrane, Metal-binding, Nucleotide-binding, Phosphoprotein, Serine/threonine-protein kinase, Transferase, SIGNALING PROTEIN-TOXIN COMPLEX ;; SIGNALING PROTEIN/TOXIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3iec__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3iec__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3iec__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	22.10 Å
Rg（电子密度）	20.96 Å
总 Rg	21.96 Å
原子数	2653
残基数	325
排除体积	47776 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3iec__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3iec__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`3iec__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`3iec__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Serine/threonine-protein kinase MARK2
分子量 formula_weight	36919.8 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	11312

MADLHIGNYRLLKTIGKGNFAKVKLARHILTGKEVAVKIIDKTQLNSSSLQKLFREVRIMKVLNHPNIVKLFEVIETEKTLYLVMEYASGGEVFDYLVAHGWMKEKEARAKFRQIVSAVQYCHQKFIVHRDLKAENLLLDADMNIKIADFGFSNEFTFGNKLDTFCGSPPYAAPELFQGKKYDGPEVDVWSLGVILYTLVSGSLPFDGQNLKELRERVLRGKYRIPFYMSTDCENLLKKFLILNPSKRGTLEQIMKDRWMNVGHEDDELKPYVEPLPDYKDPRRTELMVSMGYTREEIQDSLVGQRYNEVMATYLLLGY

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Cytotoxicity-associated immunodominant antigen
分子量 formula_weight	13423.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F,G,H

GPVDNNNNNGLKNSTEPIYAKVNKKKTGQVASPEEPIYTQVAKKVNAKIDRLNQIASGLGGVGQAAGFPLKRHDKVDDLSKVGLSASPEPIYATIDDLGGPFPLKRHDKVDDLSKVGRSRNQELA

来源 Source

来源生物 organism	Helicobacter pylori
通用名 common_name	Campylobacter pylori
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	210
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	687

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d3ieca_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family family	d.144.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3iecb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family family	d.144.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3iecc_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family family	d.144.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3iecd_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family family	d.144.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	3iecA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phosphorylase Kinase; domain 1

结构域编号 domain_id	3iecA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

结构域编号 domain_id	3iecA03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin-associated (UBA) domain

结构域编号 domain_id	3iecB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phosphorylase Kinase; domain 1

结构域编号 domain_id	3iecB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

结构域编号 domain_id	3iecB03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin-associated (UBA) domain

结构域编号 domain_id	3iecC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phosphorylase Kinase; domain 1

结构域编号 domain_id	3iecC02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

结构域编号 domain_id	3iecC03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin-associated (UBA) domain

结构域编号 domain_id	3iecD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phosphorylase Kinase; domain 1

结构域编号 domain_id	3iecD02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

结构域编号 domain_id	3iecD03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin-associated (UBA) domain

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晶胞边长 a length_a	93.466 Å
晶胞边长 b length_b	93.256 Å
晶胞边长 c length_c	113.955 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	100.94 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	40.960 Å
R 因子 r_factor	0.2060
R_work r_work	0.2040
R_free r_free	0.2480

Helicobacter pylori CagA Inhibits PAR1/MARK Family Kinases by Mimicking Host Substrates

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serine/threonine-protein kinase MARK2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Cytotoxicity-associated immunodominant antigen

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3iec__assembly_1__model_1

3iec__assembly_1__model_1 | I(q)

3iec__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)

Helicobacter pylori CagA Inhibits PAR1/MARK Family Kinases by Mimicking Host Substrates

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serine/threonine-protein kinase MARK2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cytotoxicity-associated immunodominant antigen

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3iec__assembly_1__model_1

3iec__assembly_1__model_1 | I(q)

3iec__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)