3iek

Crystal Structure of native TTHA0252 from Thermus thermophilus HB8

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ribonuclease TTHA0252

Thermus thermophilus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	SULFATE ION × 28 CITRATE ANION × 1 ZINC ION × 2 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	SULFATE ION × 31 CITRATE ANION × 1 ZINC ION × 2 water × 1	与蛋白数一致
3	蛋白单体	单体	蛋白 1	SULFATE ION × 23 ZINC ION × 2 water × 1	与蛋白数一致
4	蛋白单体	单体	蛋白 1	SULFATE ION × 18 ZINC ION × 2 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RNSE_THET8
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–431； UniProt 1–431 作者链 B； PDB构建体 1–431； UniProt 1–431 作者链 C； PDB构建体 1–431； UniProt 1–431 作者链 D； PDB构建体 1–431； UniProt 1–431

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3iek
沉积日期 deposition_date	2009-07-22
结构标题 title	Crystal Structure of native TTHA0252 from Thermus thermophilus HB8
关键词 keywords	metallo beta lactamase fold, Endonuclease, Hydrolase, Metal-binding, Nuclease, RNA-binding, rRNA processing; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3iek__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3iek__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3iek__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	23.48 Å
Rg（电子密度）	22.04 Å
总 Rg	23.02 Å
原子数	3496
残基数	431
排除体积	61355 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3iek__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3iek__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`3iek__assembly_3__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`3iek__assembly_4__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Ribonuclease TTHA0252
分子量 formula_weight	47118.1 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	14435

MRIVPFGAAREVTGSAHLLLAGGRRVLLDCGMFQGKEEARNHAPFGFDPKEVDAVLLTHAHLDHVGRLPKLFREGYRGPVYATRATVLLMEIVLEDALKVMDEPFFGPEDVEEALGHLRPLEYGEWLRLGALSLAFGQAGHLPGSAFVVAQGEGRTLVYSGDLGNREKDVLPDPSLPPLADLVLAEGTYGDRPHRPYRETVREFLEILEKTLSQGGKVLIPTFAVERAQEILYVLYTHGHRLPRAPIYLDSPMAGRVLSLYPRLVRYFSEEVQAHFLQGKNPFRPAGLEVVEHTEASKALNRAPGPMVVLAGSGMLAGGRILHHLKHGLSDPRNALVFVGYQPQGGLGAEIIARPPAVRILGEEVPLRASVHTLGGFSGHAGQDELLDWLQGEPRVVLVHGEEEKLLALGKLLALRGQEVSLARFGEGVPV

来源 Source

来源生物 organism	Thermus thermophilus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	300852
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	100

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CITRATE ANION
分子量 formula_weight	189.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	597

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d3ieka_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.157 — Metallo-hydrolase/oxidoreductase
超家族 Superfamily superfamily	d.157.1 — Metallo-hydrolase/oxidoreductase
家族 Family family	d.157.1.10 — beta-CASP RNA-metabolising hydrolases

结构域编号 domain_id	d3iekb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.157 — Metallo-hydrolase/oxidoreductase
超家族 Superfamily superfamily	d.157.1 — Metallo-hydrolase/oxidoreductase
家族 Family family	d.157.1.10 — beta-CASP RNA-metabolising hydrolases

结构域编号 domain_id	d3iekc_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.157 — Metallo-hydrolase/oxidoreductase
超家族 Superfamily superfamily	d.157.1 — Metallo-hydrolase/oxidoreductase
家族 Family family	d.157.1.10 — beta-CASP RNA-metabolising hydrolases

结构域编号 domain_id	d3iekd_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.157 — Metallo-hydrolase/oxidoreductase
超家族 Superfamily superfamily	d.157.1 — Metallo-hydrolase/oxidoreductase
家族 Family family	d.157.1.10 — beta-CASP RNA-metabolising hydrolases

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	3iekA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	15 — Metallo-beta-lactamase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like

结构域编号 domain_id	3iekA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10890 —

结构域编号 domain_id	3iekB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	15 — Metallo-beta-lactamase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like

结构域编号 domain_id	3iekB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10890 —

结构域编号 domain_id	3iekC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	15 — Metallo-beta-lactamase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like

结构域编号 domain_id	3iekC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10890 —

结构域编号 domain_id	3iekD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	15 — Metallo-beta-lactamase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like

结构域编号 domain_id	3iekD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10890 —

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晶胞边长 a length_a	145.218 Å
晶胞边长 b length_b	145.701 Å
晶胞边长 c length_c	119.652 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	110.52 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.050 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2180
R_free r_free	0.2500

Crystal Structure of native TTHA0252 from Thermus thermophilus HB8

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ribonuclease TTHA0252

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3iek__assembly_2__model_1

3iek__assembly_2__model_1 | I(q)

3iek__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal Structure of native TTHA0252 from Thermus thermophilus HB8

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ribonuclease TTHA0252

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3iek__assembly_2__model_1

3iek__assembly_2__model_1 | I(q)

3iek__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)