SAXSdb — 3ik5

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein Nef

Simian immunodeficiency virus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain × 2 （P20963） water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain × 1 （P20963） water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain × 1 （P20963） water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q5QGG3_SIVCZ
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–143； UniProt 95–235 作者链 C； PDB构建体 3–143； UniProt 95–235

T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain

物种未注明

UniProt P20963

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Protein Nef × 2 （Q5QGG3） water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Protein Nef × 1 （Q5QGG3） water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Protein Nef × 1 （Q5QGG3） water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CD3Z_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–18； UniProt 63–80 作者链 D； PDB构建体 1–18； UniProt 63–80

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3ik5
沉积日期 deposition_date	2009-08-05
结构标题 title	SIVmac239 Nef in complex with TCR zeta ITAM 1 polypeptide (A63-R80)
关键词 keywords	;protein-protein complex, Cell membrane, Lipoprotein, Membrane, Myristate, Viral immunoevasion, Virulence, Disulfide bond, Host-virus interaction, Phosphoprotein, Receptor, Transmembrane, VIRAL PROTEIN-ANTIVIRAL PROTEIN COMPLEX, VIRAL PROTEIN-SIGNALING PROTEIN COMPLEX ;; VIRAL PROTEIN/SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3ik5__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3ik5__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3ik5__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	23.55 Å
Rg（电子密度）	22.53 Å
总 Rg	23.52 Å
原子数	2227
残基数	267
排除体积	39736 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3ik5__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3ik5__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`3ik5__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Protein Nef
分子量 formula_weight	16698.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	2341

GSDDLVGVSVRPKVPLRTMSYKLAIDMSHFIKEKGGLEGIYYSARRHRILDIYLEKEEGIIPDWQDYTSGPGIRYPKTFGWLWKLVPVNVSDEAQEDEEHYLMHPAQTSQWDDPWGEVLAWKFDPTLAYTYEAYVRYPEEFGS

来源 Source

来源生物 organism	Simian immunodeficiency virus
通用名 common_name	SIV-cpz
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	388909
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain
分子量 formula_weight	2167.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,B

AYQQGQNQLYNELNLGRR

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	114

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d3ik5a_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.102 — Regulatory factor Nef
超家族 Superfamily superfamily	d.102.1 — Regulatory factor Nef
家族 Family family	d.102.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3ik5c_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.102 — Regulatory factor Nef
超家族 Superfamily superfamily	d.102.1 — Regulatory factor Nef
家族 Family family	d.102.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	3ik5A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	62 — Nef Regulatory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Nef Regulatory Factor

结构域编号 domain_id	3ik5C00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	62 — Nef Regulatory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Nef Regulatory Factor

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晶胞边长 a length_a	47.417 Å
晶胞边长 b length_b	47.421 Å
晶胞边长 c length_c	183.520 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.050 Å
最低分辨率 resolution_low	27.071 Å
R 因子 r_factor	0.1710
R_work r_work	0.1700
R_free r_free	0.1840

SIVmac239 Nef in complex with TCR zeta ITAM 1 polypeptide (A63-R80)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein Nef

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3ik5__assembly_1__model_1

3ik5__assembly_1__model_1 | I(q)

3ik5__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

SIVmac239 Nef in complex with TCR zeta ITAM 1 polypeptide (A63-R80)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein Nef

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3ik5__assembly_1__model_1

3ik5__assembly_1__model_1 | I(q)

3ik5__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)