SAXSdb — 3iz3

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Structural protein VP3

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 300	Structural protein VP1 × 120 （D3JWE6） Viral structural protein 5 × 120 （C6K2M8）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Structural protein VP1 × 2 （D3JWE6） Viral structural protein 5 × 2 （C6K2M8）	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 25	Structural protein VP1 × 10 （D3JWE6） Viral structural protein 5 × 10 （C6K2M8）	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 30	Structural protein VP1 × 12 （D3JWE6） Viral structural protein 5 × 12 （C6K2M8）	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Structural protein VP1 × 2 （D3JWE6） Viral structural protein 5 × 2 （C6K2M8）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q914N6_CPVBM
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–1058； UniProt 1–1058

Structural protein VP1

物种未注明

UniProt D3JWE6

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 300	Structural protein VP3 × 60 （Q914N6） Viral structural protein 5 × 120 （C6K2M8）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Structural protein VP3 × 1 （Q914N6） Viral structural protein 5 × 2 （C6K2M8）	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 25	Structural protein VP3 × 5 （Q914N6） Viral structural protein 5 × 10 （C6K2M8）	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 30	Structural protein VP3 × 6 （Q914N6） Viral structural protein 5 × 12 （C6K2M8）	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Structural protein VP3 × 1 （Q914N6） Viral structural protein 5 × 2 （C6K2M8）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	D3JWE6_CPVBM
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–1333； UniProt 1–1333 作者链 C； PDB构建体 1–1333； UniProt 1–1333

Viral structural protein 5

物种未注明

UniProt C6K2M8

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 300	Structural protein VP3 × 60 （Q914N6） Structural protein VP1 × 120 （D3JWE6）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Structural protein VP3 × 1 （Q914N6） Structural protein VP1 × 2 （D3JWE6）	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 25	Structural protein VP3 × 5 （Q914N6） Structural protein VP1 × 10 （D3JWE6）	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 30	Structural protein VP3 × 6 （Q914N6） Structural protein VP1 × 12 （D3JWE6）	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Structural protein VP3 × 1 （Q914N6） Structural protein VP1 × 2 （D3JWE6）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	C6K2M8_CPVBM
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–291； UniProt 1–291 作者链 E； PDB构建体 1–291； UniProt 1–291

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3iz3
沉积日期 deposition_date	2010-09-14
结构标题 title	CryoEM structure of cytoplasmic polyhedrosis virus
关键词 keywords	cryoelectron microscopy, cytoplasmic polyhedrosis virus, reovirus, transcription, icosahedral virus, VIRUS; VIRUS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3iz3__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3iz3__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3iz3__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	0.00 Å
Rg（电子密度）	288.40 Å
总 Rg	288.50 Å
原子数	1921440
残基数	243180
排除体积	34170000 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3iz3__assembly_1__model_1`	300-meric （300）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3iz3__assembly_2__model_1`	pentameric （5）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
3	1	`3iz3__assembly_3__model_1`	25-meric （25）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
4	1	`3iz3__assembly_4__model_1`	30-meric （30）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
5	1	`3iz3__assembly_5__model_1`	pentameric （5）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Structural protein VP3
分子量 formula_weight	120145.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	32024

MWHYTSINNDTRVALDPKPNQIRTITKPNTVPQLGTDYLYTFNSQRRSHTLRLLGPFQYFNFSETDRGHPLFRLPLKYPSKAIPADELIDNLHSWMRSVHLLHVRSEDNTLRYNWMLGVYARSTNYTTPVGQLVVNAPAILNYSNPQDAFNSVFVALGIDYIDIPITNSNIFDDSSTPYNVRIWHAPTMTEVNHILALMRKSTLVSTHSSWHWNVLHTFHYRSESDMIDHFAAKILEDWRQKEKLDKGALVEADRVIQRLIPLSSSTYVQRLAAIGALYPNEFTENVLDLSRLSTALLQLSDTYYQHANDQLRRLYRRMYNDSRTLYMTQRHQELLLAQITADPNILLYPYTYIFTTIPTSMNYISNTGQGRIKHSLTVTGATEHDTVADIVLGQTGEDVITISMVEPMSIAVEDMYGYVLDTPTRDIWPADEQIEQKGDAVALYDTKTSRALGMFNNTVRIDDLLSPLLSLVYRTYIKGDTMTMTQGSLDHLTLCAAVDSDITFVGNRMIAPLPEGYIPKPMHRNNSTMKMLSLYVALKKLENFATNSYLMAPDTSIILLGAEREPAVNILRRFNRNVSNVRIIGMGDRAVEPNIRVRVPFPIDKNISADFIICDINSYEDQSFESMFSETISVVTTCASAATRALVKINHPSEYMINSVIERLSQLGGVFYHTALLKTASQNPYSYETYIYITPIAAAVRFPFYSNSAMINRYMTAVADDEMPIIPSIHTVIKGHSNTYSPGLFCGCVDVQSAPLALSQLKSYCSEATTWRVDSDDNLVNIIARIDPARIALEFRTRSNTSAYHEYQRYVPNGLGFKVRKTREFRYMHREVTFIHKLMMYALIREQISLTENMTQVVSIGGRNLADISVVPLNMKYVVIDPATRIETLTQEKKNIEVQSRPFQFDAANMDLENNSIYLFIAVIMNEPNGAATPARMQMDKIRNVATAMLTRTNCVAYISFYEAGIITRLDQSTAHKTIRVEEGRLKVANYVPVDTLVEADVTLMLRDIGITHEIIRPSTPELIDACSNYGIRLGSTGGAVLDVFNHYSPVIKLVRS

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Structural protein VP1
分子量 formula_weight	148696.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,C

MHSTNNNSNKRNNEEKHKQPEIDSSANNGEGTSGTRAQTVGDTATEAGVRNETKAGASTRRQTDGTGLSGTNAKIATASSARQTDVEKPADVTFTIENVDDVGIMQQKKPPTVVQSRTDVFNEQFANEALHPMTKVIFNGLDVNTEVQPLSDDFKQISDPKGYLTYSVKYEDQFTKKDKLRASEADDRIVGPTVNLFKYGAAVVNIDLNRDFFDTATGIDLTKGIPLVQDLLVPIGVTAGAEQSAEYVSGLLMVLFKVMTDNRLVIVGETTTPMSNTLSTVVNNVLRTTYHNNVGVNPALLRDFTQVNWLNRDITNMLQQAGTKYGLGLTETRLDYVRLVKTIVGHALNIDHFAASVLNINLRALMEANVTADDRIKALQAHSMISTQFHGPNQGALRPELAFDHDHIIRCLMLAAANYPRLEGIIVQINTGYVASANVIRPVSEKRYFPENLEQNQSAARLVSAVKARASEADISSIHLAIAREVSPMFNVHELKKIAESFEDPSSIVVVLEFILFALFFPTEFNRIKGDIQNVLLLFFSRWYPVEYGIFIQRGATYTINAAGEFEFSGRNEKWDQSLYLSEHFPALFSDVPLAGANTIIAIMRLFTPQGFLRTDDLAIAANFPRASRNPQTYIPYTNQRGTVTNEFASRFRTIVATLANVVNERAVQDDMQKATRSCTKQWLRHLETQFDNIAVAHTDHLSVVYATMSNFMLNFTNNFSGNHATFKPDQYVITSPEGSYKPIIERQGETVDGLTIIDTSIVWPILCQCTYPLVRQSGKGVDAVSIMEEIVYPDPSTTLSQSLSVAQVLSKLTLPDAFINMILSGGDSVVMRTYQTEADDDLDEGIRMTTYDQYLSHIRERLHITNVPDPIYITGASTPDQIAASVQATHVAVVLYQSGVINGSASTYLRENEVLVVMPDYYDVVSRFANANLQMNNNRYHESVLEIADIFDQADFIQTSDAVRQLRALMPTLSTSQIRHAIERIAQITDVDSTDYGKLTLRFLGTLTRSLKMQNAQIRRIRPDGTVLRYDDQIDIEAFRWSRYFLDELRLRRLSVGLRLITNPRIARRFDGVRIMYLTDDDPDPDFVPDVPEGYVAVQYAHRLFSSSLANKRNRVTYTHPPTGMAYPSPTGRPHVHMTINERAGMSKLVADNIIASVIKSNWVVDIHDIEYTAEVMTPSEGYTQHVDAESIMTAPKGKLFHLQFMDGLLRPEPSAFDPPASGEDMRLIYPLQPISVARSMRAIVNHNEVDRPRGAVAPSSYEMDTGTLSRNGDLLYSPVANGQVGIPKLEVDHISFSNVVSMMTANIRTGDDMAVERVNPDDVRAINIRNA

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Viral structural protein 5
分子量 formula_weight	32324.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E

MLQQPTGGYTTLEQFAFTIRNDGTNATPTQFLQLLSYEATENELVKKTIPTPETHLPSARNVPGNVYIEDAITQALFGISAQNVNAHGYFSRLSALALPNTSARLGLDGVIYNSETINIPFYDPAAVANFAATYAKLGNASTPRYRADMIDIYAHVGLELAGTDAERAAGVMPVKRAKFDSWEGSLISLSRDVVNWKILAFLIDLCSLEGEALRAFKTRNRDVFRMMLFIMSTAVAANVVNRKVTKRVDRVLEYIGVNSMRTAGRTATITYDLSRHEFAAKFLQLTFTRWN

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.90 Å
分辨率测定方法 resolution_method	cross-common lines
颗粒数 num_particles	29000

CryoEM structure of cytoplasmic polyhedrosis virus

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Structural protein VP3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Structural protein VP1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Viral structural protein 5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3iz3__assembly_1__model_1

3iz3__assembly_1__model_1 | I(q)

3iz3__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

7. 引用文献 (1)

CryoEM structure of cytoplasmic polyhedrosis virus

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Structural protein VP3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Structural protein VP1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Viral structural protein 5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3iz3__assembly_1__model_1

3iz3__assembly_1__model_1 | I(q)

3iz3__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

7. 引用文献 (1)