3j16

Models of ribosome-bound Dom34p and Rli1p and their ribosomal binding partners

Method: ELECTRON MICROSCOPY
▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Dom34p

物种未注明

UniProt P33309

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 9 RNA 3 Rli1p × 1 (Q03195) 28S ribosomal RNA × 1 18S ribosomal RNA × 1 P-site tRNA × 1 60S ribosomal protein L6 × 1 (P05738) 40S ribosomal protein S30E × 1 (P0CX33) 60S ribosomal protein L10 × 1 (P05317) 40S ribosomal protein S6E × 1 (P0CX37) 60S ribosomal protein L11 × 1 (P0CX53) 40S ribosomal protein S24E × 1 (P0CX41) 40S ribosomal protein S24-A × 1 (P0CX31) MAGNESIUM ION × 1 ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 2 water × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DOM34_YEAST
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–386; UniProt 1–386

Rli1p

物种未注明

UniProt Q03195

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 9 RNA 3 Dom34p × 1 (P33309) 28S ribosomal RNA × 1 18S ribosomal RNA × 1 P-site tRNA × 1 60S ribosomal protein L6 × 1 (P05738) 40S ribosomal protein S30E × 1 (P0CX33) 60S ribosomal protein L10 × 1 (P05317) 40S ribosomal protein S6E × 1 (P0CX37) 60S ribosomal protein L11 × 1 (P0CX53) 40S ribosomal protein S24E × 1 (P0CX41) 40S ribosomal protein S24-A × 1 (P0CX31) MAGNESIUM ION × 1 ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 2 water × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RLI1_YEAST
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–608; UniProt 1–608

60S ribosomal protein L6

物种未注明

UniProt P05738

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 9 RNA 3 Dom34p × 1 (P33309) Rli1p × 1 (Q03195) 28S ribosomal RNA × 1 18S ribosomal RNA × 1 P-site tRNA × 1 40S ribosomal protein S30E × 1 (P0CX33) 60S ribosomal protein L10 × 1 (P05317) 40S ribosomal protein S6E × 1 (P0CX37) 60S ribosomal protein L11 × 1 (P0CX53) 40S ribosomal protein S24E × 1 (P0CX41) 40S ribosomal protein S24-A × 1 (P0CX31) MAGNESIUM ION × 1 ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 2 water × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RL9A_YEAST
Isoform —
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 F; PDB构建体 1–191; UniProt 1–191

40S ribosomal protein S30E

物种未注明

UniProt P0CX33

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 9 RNA 3 Dom34p × 1 (P33309) Rli1p × 1 (Q03195) 28S ribosomal RNA × 1 18S ribosomal RNA × 1 P-site tRNA × 1 60S ribosomal protein L6 × 1 (P05738) 60S ribosomal protein L10 × 1 (P05317) 40S ribosomal protein S6E × 1 (P0CX37) 60S ribosomal protein L11 × 1 (P0CX53) 40S ribosomal protein S24E × 1 (P0CX41) 40S ribosomal protein S24-A × 1 (P0CX31) MAGNESIUM ION × 1 ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 2 water × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RS30A_YEAST
Isoform —
PDB实体 7
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–63; UniProt 1–63

60S ribosomal protein L10

物种未注明

UniProt P05317

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 9 RNA 3 Dom34p × 1 (P33309) Rli1p × 1 (Q03195) 28S ribosomal RNA × 1 18S ribosomal RNA × 1 P-site tRNA × 1 60S ribosomal protein L6 × 1 (P05738) 40S ribosomal protein S30E × 1 (P0CX33) 40S ribosomal protein S6E × 1 (P0CX37) 60S ribosomal protein L11 × 1 (P0CX53) 40S ribosomal protein S24E × 1 (P0CX41) 40S ribosomal protein S24-A × 1 (P0CX31) MAGNESIUM ION × 1 ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 2 water × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RLA0_YEAST
Isoform —
PDB实体 8
链与序列区间 作者链 G; PDB构建体 1–312; UniProt 1–312

40S ribosomal protein S6E

物种未注明

UniProt P0CX37

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 9 RNA 3 Dom34p × 1 (P33309) Rli1p × 1 (Q03195) 28S ribosomal RNA × 1 18S ribosomal RNA × 1 P-site tRNA × 1 60S ribosomal protein L6 × 1 (P05738) 40S ribosomal protein S30E × 1 (P0CX33) 60S ribosomal protein L10 × 1 (P05317) 60S ribosomal protein L11 × 1 (P0CX53) 40S ribosomal protein S24E × 1 (P0CX41) 40S ribosomal protein S24-A × 1 (P0CX31) MAGNESIUM ION × 1 ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 2 water × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RS6A_YEAST
Isoform —
PDB实体 9
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–236; UniProt 1–236

60S ribosomal protein L11

物种未注明

UniProt P0CX53

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 9 RNA 3 Dom34p × 1 (P33309) Rli1p × 1 (Q03195) 28S ribosomal RNA × 1 18S ribosomal RNA × 1 P-site tRNA × 1 60S ribosomal protein L6 × 1 (P05738) 40S ribosomal protein S30E × 1 (P0CX33) 60S ribosomal protein L10 × 1 (P05317) 40S ribosomal protein S6E × 1 (P0CX37) 40S ribosomal protein S24E × 1 (P0CX41) 40S ribosomal protein S24-A × 1 (P0CX31) MAGNESIUM ION × 1 ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 2 water × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RL12A_YEAST
Isoform —
PDB实体 10
链与序列区间 作者链 H; PDB构建体 1–165; UniProt 1–165

40S ribosomal protein S24E

物种未注明

UniProt P0CX41

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 9 RNA 3 Dom34p × 1 (P33309) Rli1p × 1 (Q03195) 28S ribosomal RNA × 1 18S ribosomal RNA × 1 P-site tRNA × 1 60S ribosomal protein L6 × 1 (P05738) 40S ribosomal protein S30E × 1 (P0CX33) 60S ribosomal protein L10 × 1 (P05317) 40S ribosomal protein S6E × 1 (P0CX37) 60S ribosomal protein L11 × 1 (P0CX53) 40S ribosomal protein S24-A × 1 (P0CX31) MAGNESIUM ION × 1 ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 2 water × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RL23A_YEAST
Isoform —
PDB实体 11
链与序列区间 作者链 I; PDB构建体 1–137; UniProt 1–137

40S ribosomal protein S24-A

物种未注明

UniProt P0CX31

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 9 RNA 3 Dom34p × 1 (P33309) Rli1p × 1 (Q03195) 28S ribosomal RNA × 1 18S ribosomal RNA × 1 P-site tRNA × 1 60S ribosomal protein L6 × 1 (P05738) 40S ribosomal protein S30E × 1 (P0CX33) 60S ribosomal protein L10 × 1 (P05317) 40S ribosomal protein S6E × 1 (P0CX37) 60S ribosomal protein L11 × 1 (P0CX53) 40S ribosomal protein S24E × 1 (P0CX41) MAGNESIUM ION × 1 ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 2 water × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RS24A_YEAST
Isoform —
PDB实体 12
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–135; UniProt 1–135

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3j16
沉积日期 deposition_date2011-12-12
结构标题 titleModels of ribosome-bound Dom34p and Rli1p and their ribosomal binding partners
关键词 keywordsribosome recycling, translation, eukarya, RIBOSOME; RIBOSOME
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3j16__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3j16__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 108 109 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

3j16__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)58.59 Å
Rg(电子密度)58.57 Å
总 Rg58.55 Å
原子数26207
残基数2536
排除体积434190 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 3j16__assembly_1__model_1 dodecameric (12) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (16)

▶

7. 引用文献 (1)