3j27

CryoEM structure of Dengue virus

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Envelope protein E

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	同源多聚体	蛋白 360 其他聚合物 180	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 180 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 180	与蛋白数一致
2	其他组合	同源多聚体	蛋白 6 其他聚合物 3	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	与蛋白数一致
3	其他组合	同源多聚体	蛋白 30 其他聚合物 15	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15	与蛋白数一致
4	其他组合	同源多聚体	蛋白 36 其他聚合物 18	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18	与蛋白数一致
5	其他组合	同源多聚体	蛋白 6 其他聚合物 3	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	POLG_DEN2N
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–495； UniProt 281–775 作者链 C； PDB构建体 1–495； UniProt 281–775 作者链 E； PDB构建体 1–495； UniProt 281–775 作者链 B； PDB构建体 1–75； UniProt 206–280 作者链 D； PDB构建体 1–75； UniProt 206–280 作者链 F； PDB构建体 1–75； UniProt 206–280

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3j27
沉积日期 deposition_date	2012-09-26
结构标题 title	CryoEM structure of Dengue virus
关键词 keywords	flavivirus, fusion protein, protein complex, membrane, chaperone, VIRUS; VIRUS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3j27__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3j27__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3j27__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	0.00 Å
Rg（电子密度）	207.80 Å
总 Rg	208.00 Å
原子数	890100
残基数	102060
排除体积	14237000 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3j27__assembly_1__model_1`	360-meric （360）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3j27__assembly_2__model_1`	hexameric （6）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
3	1	`3j27__assembly_3__model_1`	30-meric （30）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
4	1	`3j27__assembly_4__model_1`	36-meric （36）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
5	1	`3j27__assembly_5__model_1`	hexameric （6）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Envelope protein E
分子量 formula_weight	54363.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E
原子数 atom_count	14835

MRCIGISNRDFVEGVSGGSWVDIVLEHGSCVTTMAKNKPTLDFELIETEAKQPATLRKYCIEAKLTNTTTDSRCPTQGEPSLNEEQDKRFVCKHSMVDRGWGNGCGLFGKGGIVTCAMFTCKKNMKGKVVQPENLEYTIVITPHSGEEHAVGNDTGKHGKEIKITPQSSITEAELTGYGTVTMECSPRTGLDFNEMVLLQMENKAWLVHRQWFLDLPLPWLPGADTQGSNWIQKETLVTFKNPHAKKQDVVVLGSQEGAMHTALTGATEIQMSSGNLLFTGHLKCRLRMDKLQLKGMSYSMCTGKFKVVKEIAETQHGTIVIRVQYEGDGSPCKIPFEIMDLEKRHVLGRLITVNPIVTEKDSPVNIEAEPPFGDSYIIIGVEPGQLKLNWFKKGSSIGQMIETTMRGAKRMAILGDTAWDFGSLGGVFTSIGKALHQVFGAIYGAAFSGVSWIMKILIGVIITWIGMNSRSTSLSVSLVLVGVVTLYLGVMVQA

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Small envelope protein M
分子量 formula_weight	8259.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F

SVALVPHVGMGLETATETWMSSEGAWKHAQRIETWILRHPGFTIMAAILAYTIGTTHFQRALIFILLTAVAPSMT

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

CATH v4.4 (18 domains)

结构域编号 domain_id	3j27A01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	98 — Tick-borne Encephalitis virus Glycoprotein; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Tick-borne Encephalitis virus Glycoprotein, domain 1

结构域编号 domain_id	3j27A02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	67 — Viral Envelope Glycoprotein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Viral Envelope Glycoprotein, domain 2

结构域编号 domain_id	3j27A03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	387 — Viral Envelope Glycoprotein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Viral Envelope Glycoprotein, domain 3

结构域编号 domain_id	3j27A04
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	350 —

结构域编号 domain_id	3j27A05
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1280 — Monooxygenase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	260 —

结构域编号 domain_id	3j27B00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	970 — Flavivirus envelope glycoprotein M-like

结构域编号 domain_id	3j27C01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	98 — Tick-borne Encephalitis virus Glycoprotein; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Tick-borne Encephalitis virus Glycoprotein, domain 1

结构域编号 domain_id	3j27C02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	67 — Viral Envelope Glycoprotein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Viral Envelope Glycoprotein, domain 2

结构域编号 domain_id	3j27C03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	387 — Viral Envelope Glycoprotein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Viral Envelope Glycoprotein, domain 3

结构域编号 domain_id	3j27C04
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	350 —

结构域编号 domain_id	3j27C05
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1280 — Monooxygenase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	260 —

结构域编号 domain_id	3j27D00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	970 — Flavivirus envelope glycoprotein M-like

结构域编号 domain_id	3j27E01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	98 — Tick-borne Encephalitis virus Glycoprotein; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Tick-borne Encephalitis virus Glycoprotein, domain 1

结构域编号 domain_id	3j27E02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	67 — Viral Envelope Glycoprotein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Viral Envelope Glycoprotein, domain 2

结构域编号 domain_id	3j27E03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	387 — Viral Envelope Glycoprotein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Viral Envelope Glycoprotein, domain 3

结构域编号 domain_id	3j27E04
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	350 —

结构域编号 domain_id	3j27E05
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1280 — Monooxygenase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	260 —

结构域编号 domain_id	3j27F00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	970 — Flavivirus envelope glycoprotein M-like

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.60 Å
分辨率测定方法 resolution_method	MPSA
颗粒数 num_particles	9288

CryoEM structure of Dengue virus

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Envelope protein E

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3j27__assembly_1__model_1

3j27__assembly_1__model_1 | I(q)

3j27__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

CATH v4.4 (18 domains)

7. 引用文献 (1)

CryoEM structure of Dengue virus

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Envelope protein E

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3j27__assembly_1__model_1

3j27__assembly_1__model_1 | I(q)

3j27__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

CATH v4.4 (18 domains)

7. 引用文献 (1)