SAXSdb — 3j9s

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Intermediate capsid protein VP6

Bovine rotavirus strain UK/G6

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 3	ZINC ION × 3 CHLORIDE ION × 3 CALCIUM ION × 6 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	ZINC ION × 1 CHLORIDE ION × 1 CALCIUM ION × 2 water × 1	与蛋白数一致
3	蛋白单体	单体	蛋白 1	ZINC ION × 1 CHLORIDE ION × 1 CALCIUM ION × 2 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VP6_ROTRF
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–398； UniProt 1–397

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3j9s
沉积日期 deposition_date	2015-02-19
结构标题 title	Single particle cryo-EM structure of rotavirus VP6 at 2.6 Angstrom resolution
关键词 keywords	rotavirus, virus, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3j9s__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3j9s__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3j9s__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	32.45 Å
Rg（电子密度）	31.52 Å
总 Rg	32.06 Å
原子数	9498
残基数	1191
排除体积	168790 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3j9s__assembly_1__model_1`	3-MERIC （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3j9s__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
3	1	`3j9s__assembly_3__model_1`	monomeric （1）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Intermediate capsid protein VP6
分子量 formula_weight	44905.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3271

XMDVLYSLSKTLKDARDKIVEGTLYSNVSDLIQQFNQMIITMNGNEFQTGGIGNLPIRNWNFDFGLLGTTLLNLDANYVETARNTIDYFVDFVDNVCMDEMVRESQRNGIAPQSDSLIKLSGIKFKRINFDNSSEYIENWNLQNRRQRTGFTFHKPNIFPYSASFTLNRSQPAHDNLMGTMWLNAGSEIQVAGFDYSCAINAPANTQQFEHIVQLRRVLTTATITLLPDAERFSFPRVITSADGATTWYFNPVILRPNNVEIEFLLNGQIINTYQARFGTIIARNFDTIRLSFQLMRPPNMTPAVAALFPNAQPFEHHATVGLTLRIESAVCESVLADASETMLANVTSVRQEYAIPVGPVFPPGMNWTDLITNYSPSREDNLQRVFTVASIRSMLVK

来源 Source

来源生物 organism	Bovine rotavirus strain UK/G6
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10934
宿主生物 host_organism	Chlorocebus sabaeus

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	105

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d3j9sa1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.115 — A virus capsid protein alpha-helical domain
超家族 Superfamily superfamily	a.115.1 — A virus capsid protein alpha-helical domain
家族 Family family	a.115.1.2 — vp6, the major capsid protein of group A rotavirus

结构域编号 domain_id	d3j9sa2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.19 — Viral protein domain
超家族 Superfamily superfamily	b.19.1 — Viral protein domain
家族 Family family	b.19.1.1 — Top domain of virus capsid protein

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	3j9sA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1350 — Viral capsid alpha domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Viral capsid alpha domain

结构域编号 domain_id	3j9sA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.60 Å
分辨率测定方法 resolution_method	projection matching
颗粒数 num_particles	4000

Single particle cryo-EM structure of rotavirus VP6 at 2.6 Angstrom resolution

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Intermediate capsid protein VP6

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3j9s__assembly_1__model_1

3j9s__assembly_1__model_1 | I(q)

3j9s__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Single particle cryo-EM structure of rotavirus VP6 at 2.6 Angstrom resolution

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Intermediate capsid protein VP6

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3j9s__assembly_1__model_1

3j9s__assembly_1__model_1 | I(q)

3j9s__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)