3jb7

In situ structures of the segmented genome and RNA polymerase complex inside a dsRNA virus

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CPV RNA-dependent RNA polymerase

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 4 RNA 2	Viral structural protein 4 × 1 （Q9IR43） VP1 CSP × 2 （D3JWE6） ;RNA (5'-R(PGPGPGPGPGPG)-3') ; × 1 ;RNA (5'-R(PCPCPCPCP*C)-3') ; × 1 GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	D0EZK6_CPVBM
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–1225； UniProt 1–1225

Viral structural protein 4

物种未注明

UniProt Q9IR43

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 4 RNA 2	CPV RNA-dependent RNA polymerase × 1 （D0EZK6） VP1 CSP × 2 （D3JWE6） ;RNA (5'-R(PGPGPGPGPGPG)-3') ; × 1 ;RNA (5'-R(PCPCPCPCP*C)-3') ; × 1 GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9IR43_CPVBM
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–561； UniProt 1–561

VP1 CSP

物种未注明

UniProt D3JWE6

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 4 RNA 2	CPV RNA-dependent RNA polymerase × 1 （D0EZK6） Viral structural protein 4 × 1 （Q9IR43） ;RNA (5'-R(PGPGPGPGPGPG)-3') ; × 1 ;RNA (5'-R(PCPCPCPCP*C)-3') ; × 1 GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	D3JWE6_CPVBM
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–24； UniProt 111–134 作者链 D； PDB构建体 1–24； UniProt 111–134

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3jb7
沉积日期 deposition_date	2015-08-03
结构标题 title	In situ structures of the segmented genome and RNA polymerase complex inside a dsRNA virus
关键词 keywords	dsRNA genome organization, viral polymerase, TRANSFERASE-VIRAL PROTEIN-RNA complex; TRANSFERASE/VIRAL PROTEIN/RNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3jb7__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3jb7__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3jb7__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	38.92 Å
Rg（电子密度）	38.72 Å
总 Rg	39.11 Å
原子数	14176
残基数	1744
排除体积	251080 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3jb7__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	CPV RNA-dependent RNA polymerase
分子量 formula_weight	138810.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.48
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	14176

MLPNTKLHNTIFSETRKFTRESFKEIEHLTARLANDRVARHDFLFNTSIVLISDYSGEDSNGNQLQATITIPNEIINPKEYDPSDYPLAEDESFFKQGHKYDYLVTFRAGSLTNTYEPKTKMYKLHAALDKLMHVKQRKSRFADLWRELCAVIASLDVWYQTTNYPLRTYVKLLFHKGDEFPFYESPSQDRIIFNDKSVASILPTFVYTCCQVGTAIMSGILTHVESIVAMNHFLHCAKDSYIDEKLKIKGIGRSWYQEALHNVCQATVPVWSQFNEVIGHRTKSTSEPHFVSSTFISLRAKRAELLYPEFNAYINRAIQLSKTQNDVANYYAACRAMTNDGTFLATLTELSLDAAVFPRIEQHLVTRPAVLMSNTRHESLKQKYTNGVGSIAQSYLSSFTDEIAKRVNGRHHDEAWLNFLTTSSPGRKLTEIEKLEVGGDVAAWSNSRIVMQAVFAREYRTPERIFKSLKAPIKLVERQQSDRRQRAISGLDNDRLFLSFMPYTIGKQIYELNDNAAQGKQAGNAFDIGEMLYWTSQRNVLLSSIDVAGMDASVTTNTKDIYNTFVLDVASKCTVPRFGPYYAKNMEVFEAGNRQSQVRYVNAAWQACALEAANSQTSTSYESEIFGQVKNAEGTYPSGRADTSTHHTVLLQGLVRGNELKRASDGKNSCLATIKILGDDIMEIFQGSESDTYDHAVSNASILNESGFATTAELSQNSIVLLQQLVVNGTFWGFADRISLWTREDTKDIGRLNLAMMELNALIDDLVFRVRRPEGLKMLGFFCGAICLRRFTLSVDNKLYDSTYNNLSKYMTLTKYDKNPDSDSTLMSLILPLAWLFMPRGGEYPAYPFERRDGTFTEDESMFTARGAYKRRLLYDVSNIGEMIQQNSMALDDDLLHEYGFTGALLLIDLNILDLIDEVKKEDISPVKVSELATSLEQLGKLGEREKSRRAASDLKIRGHALSNDIVYGYGLQEKIQKSAMATKETTVQSKRVSSRLHDVIVAKTRDYKISTIPADALHLHEFEVEDVTVDLLPHAKHTSYSSLAYNMSFGSDGWFAFALLGGLDRSANLLRLDVASIRGNYHKFSYDDPVFKQGYKIYKSDATLLNDFFTAISAGPKEQGILLRAFAYYSLYGNVEYHYVLSPRQLFFLSDNPVSAERLVRIPPKYYVSTQCRALYNIFSYLHILRSIANNRGKRLKMVLHPGLIAYVRGTSQGAILPEADNV

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Viral structural protein 4
分子量 formula_weight	63683.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MFAIDPLKHSKLYEEYGLYLRPHQINQEIKPTTIKKKELAPTIRSIKYASLIHSMLAKHAARHNGTLINPRMYADMITLGNTKVTVTKGTPKAQIDTLKMNGLTVVSKSRRNNKKKPVSDTTATIDENTDDIVTYKALTEMSTLIESFRLPSGLALIIFDDEKYQSLIPNYINQLIAYTQPHIIPTWQGIADFSDTYLRSYFKRPFELTASNLAAPQKYNLSPMTRSIFNNTGREDAVIRKLYGYGEYVFIRYEGCLITWTGIYGEVTMMVNLSKRDLGLDVGDDYLKEYKKLLFYGVITDAIPSGISARSTIMKISPHKMMNPSGGALAVLSKFLEAVVSTNVINATLVVYAEKGAGKTSFLSTYAEQLSLASGQVVGHLSSDAYGRWLAKNKDVEEPSFAYDYVLSLDTDDNESYYEQKASELLISHGISEVAQYELLSVRKKIKMMDEMNEVLIAQLENADTHSERNFYYMVSTGKTTPRTLIVEGHFNAQDATIARTDTTVLLRTINDTTQAMRDRQRGGVVQLFLRDTYYRLLPALHTTVYPFEMLESIRRWKWVH

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	VP1 CSP
分子量 formula_weight	2734.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

PTVVQSRTDVFNEQFANEALHPMT

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	;RNA (5'-R(PGPGPGPGPGPG)-3') ;
分子量 formula_weight	2026.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	t

GGGGGG

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	;RNA (5'-R(PCPCPCPCP*C)-3') ;
分子量 formula_weight	1481.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	m

CCCCC

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	523.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	483.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.000 Å
最低分辨率 resolution_low	4.000 Å
R 因子 r_factor	0.2164
R_work r_work	0.2164
R_free r_free	0.1965

分辨率 resolution	4.00 Å
分辨率测定方法 resolution_method	Frealign
颗粒数 num_particles	81887

In situ structures of the segmented genome and RNA polymerase complex inside a dsRNA virus

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CPV RNA-dependent RNA polymerase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Viral structural protein 4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

VP1 CSP

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3jb7__assembly_1__model_1

3jb7__assembly_1__model_1 | I(q)

3jb7__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

7. 引用文献 (1)

In situ structures of the segmented genome and RNA polymerase complex inside a dsRNA virus

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CPV RNA-dependent RNA polymerase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Viral structural protein 4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

VP1 CSP

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3jb7__assembly_1__model_1

3jb7__assembly_1__model_1 | I(q)

3jb7__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

7. 引用文献 (1)