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3jbl

Cryo-EM Structure of the Activated NAIP2/NLRC4 Inflammasome Reveals Nucleated Polymerization

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 332.0 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NLR family CARD domain-containing protein 4

Mus musculus

UniProt Q3UP24

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric（11） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 93–1024 链 B； UniProt 93–1024 链 C； UniProt 93–1024 链 D； UniProt 93–1024 链 E； UniProt 93–1024 链 F； UniProt 93–1024 链 G； UniProt 93–1024 链 H； UniProt 93–1024 链 I； UniProt 93–1024 链 J； UniProt 93–1024 链 K； UniProt 93–1024 片段：UNP residues 93-1024, SEE REMARK 999 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 无其他共同聚合物 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：25 mM Tris-HCl, pH 8.0, 150 mM NaCl, 2 mM DTT；pH 8；25 mM Tris-HCl, pH 8.0, 150 mM NaCl, 2 mM DTT cryo-EM玻璃化条件：Blot for one second before plunging；103 K；冷冻剂 ETHANE；Blotted for one second before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV). 分辨率 4.70 Å R-free 0.383

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3JBL Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
4KXF Crystal structure of NLRC4 reveals its autoinhibition mechanism 提交 2013-05-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 K 1–1024（1024 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；291 K；1.65M sodium phosphate monobasic monohydrate/potassium phosphate dibasic, 1% n-propyl formate., pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 3.20 Å R-free 0.266
4KXF Crystal structure of NLRC4 reveals its autoinhibition mechanism 提交 2013-05-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 10 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–1024（1024 aa）
链 F 1–1024（1024 aa）
链 H 1–1024（1024 aa）
链 L 1–1024（1024 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；291 K；1.65M sodium phosphate monobasic monohydrate/potassium phosphate dibasic, 1% n-propyl formate., pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 3.20 Å R-free 0.266
4KXF Crystal structure of NLRC4 reveals its autoinhibition mechanism 提交 2013-05-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 11 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 D 1–1024（1024 aa）
链 N 1–1024（1024 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；291 K；1.65M sodium phosphate monobasic monohydrate/potassium phosphate dibasic, 1% n-propyl formate., pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 3.20 Å R-free 0.266
4KXF Crystal structure of NLRC4 reveals its autoinhibition mechanism 提交 2013-05-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–1024（1024 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；291 K；1.65M sodium phosphate monobasic monohydrate/potassium phosphate dibasic, 1% n-propyl formate., pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 3.20 Å R-free 0.266
4KXF Crystal structure of NLRC4 reveals its autoinhibition mechanism 提交 2013-05-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 1–1024（1024 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；291 K；1.65M sodium phosphate monobasic monohydrate/potassium phosphate dibasic, 1% n-propyl formate., pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 3.20 Å R-free 0.266
4KXF Crystal structure of NLRC4 reveals its autoinhibition mechanism 提交 2013-05-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 F 1–1024（1024 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；291 K；1.65M sodium phosphate monobasic monohydrate/potassium phosphate dibasic, 1% n-propyl formate., pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 3.20 Å R-free 0.266
4KXF Crystal structure of NLRC4 reveals its autoinhibition mechanism 提交 2013-05-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 H 1–1024（1024 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；291 K；1.65M sodium phosphate monobasic monohydrate/potassium phosphate dibasic, 1% n-propyl formate., pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 3.20 Å R-free 0.266
4KXF Crystal structure of NLRC4 reveals its autoinhibition mechanism 提交 2013-05-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 L 1–1024（1024 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；291 K；1.65M sodium phosphate monobasic monohydrate/potassium phosphate dibasic, 1% n-propyl formate., pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 3.20 Å R-free 0.266
4KXF Crystal structure of NLRC4 reveals its autoinhibition mechanism 提交 2013-05-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 7 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 N 1–1024（1024 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；291 K；1.65M sodium phosphate monobasic monohydrate/potassium phosphate dibasic, 1% n-propyl formate., pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 3.20 Å R-free 0.266
4KXF Crystal structure of NLRC4 reveals its autoinhibition mechanism 提交 2013-05-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 8 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 P 1–1024（1024 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；291 K；1.65M sodium phosphate monobasic monohydrate/potassium phosphate dibasic, 1% n-propyl formate., pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 3.20 Å R-free 0.266
4KXF Crystal structure of NLRC4 reveals its autoinhibition mechanism 提交 2013-05-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 9 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 K 1–1024（1024 aa）
链 P 1–1024（1024 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；291 K；1.65M sodium phosphate monobasic monohydrate/potassium phosphate dibasic, 1% n-propyl formate., pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 3.20 Å R-free 0.266
5AJ2 Cryo electron tomography of the Naip5-Nlrc4 inflammasome 提交 2015-02-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–355（355 aa） 片段：RESIDUES 1-355
链 B 356–580（225 aa） 片段：RESIDUES 356-580
链 C 580–1024（445 aa） 片段：RESIDUES 580-1024
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 100 MM NACL, 20 MM HEPES, 2MM BENZAMIDIN, 2MM DTT；pH 7.5；100 MM NACL, 20 MM HEPES, 2MM BENZAMIDIN, 2MM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE-PROPANE MIXTURE, HUMIDITY- 95, INSTRUMENT- LEICA EM GP, METHOD- 3 SECONDS BLOTTING,
分辨率 40.00 Å
6B5B Cryo-EM structure of the NAIP5-NLRC4-flagellin inflammasome 提交 2017-09-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–1024（1024 aa）
链 C 1–1024（1024 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.20 Å

共 3 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NLRC4_MOUSE
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–932； UniProt 93–1024 作者链 B； PDB构建体 1–932； UniProt 93–1024 作者链 C； PDB构建体 1–932； UniProt 93–1024 作者链 D； PDB构建体 1–932； UniProt 93–1024 作者链 E； PDB构建体 1–932； UniProt 93–1024 作者链 F； PDB构建体 1–932； UniProt 93–1024 作者链 G； PDB构建体 1–932； UniProt 93–1024 作者链 H； PDB构建体 1–932； UniProt 93–1024 作者链 I； PDB构建体 1–932； UniProt 93–1024 作者链 J； PDB构建体 1–932； UniProt 93–1024 作者链 K； PDB构建体 1–932； UniProt 93–1024

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3jbl

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3jbl
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3jbl
沉积日期 deposition_date2015-09-05
结构标题 titleCryo-EM Structure of the Activated NAIP2/NLRC4 Inflammasome Reveals Nucleated Polymerization
关键词 keywordsInflammasome, NLRC4, NAIP2, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier— Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron107.80 Å
零角强度 I(0) i016983100000.00
分子量 molecular_weight1139600.0 kDa
排除体积 excluded_volume1436500 ų
包络体积 envelope_volume2750300 ų
水化壳体积 shell_volume216720 ų
包络直径 envelope_diameter310.5 Å
壳层 Rg shell_rg107.70 Å
包络 Rg envelope_rg99.26 Å
形状 Rg shape_rg107.70 Å
总 Rg total_rg108.10 Å
总原子数 total_atoms80124
残基数 n_residues9988
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax332.0 Å
Rg (实空间) rg_real110.80 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.65 Å
I(0) (实空间) i0_real1.6820e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.0750e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal107.20 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal16900000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8955
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary166.0 Å
偏度 Skewness skewness0.161
峰度 Kurtosis kurtosis-0.684
角度范围 angular_range— – 0.0700 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha1.6610
最高正则化参数 α highest_alpha502300000.0000
实空间数据点数 n_real_points15
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.998; Stabil: 0.898; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.965; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)