3jbw

Cryo-electron microscopy structure of RAG Paired Complex (with NBD, no symmetry)

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

V(D)J recombination-activating protein 1

Danio rerio

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 4 DNA 6	V(D)J recombination-activating protein 2 × 2 （Q1RLW7） 12-RSS signal end forward strand × 1 Nicked 12-RSS intermediate reverse strand × 1 Nicked 23-RSS intermediate reverse strand × 1 Nicked 23-RSS intermediate forward strand × 1 5'-D(PGPAPTPCPTPGPGPCPCPTPGPTPCPTPTPA)-3' × 2 ZINC ION × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RAG1_DANRE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–764； UniProt 271–1031 作者链 C； PDB构建体 4–764； UniProt 271–1031

V(D)J recombination-activating protein 2

Danio rerio

UniProt Q1RLW7

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 4 DNA 6	V(D)J recombination-activating protein 1 × 2 （O13033） 12-RSS signal end forward strand × 1 Nicked 12-RSS intermediate reverse strand × 1 Nicked 23-RSS intermediate reverse strand × 1 Nicked 23-RSS intermediate forward strand × 1 5'-D(PGPAPTPCPTPGPGPCPCPTPGPTPCPTPTPA)-3' × 2 ZINC ION × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q1RLW7_DANRE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 4–533； UniProt 1–530 作者链 D； PDB构建体 4–533； UniProt 1–530

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3jbw
沉积日期 deposition_date	2015-10-21
结构标题 title	Cryo-electron microscopy structure of RAG Paired Complex (with NBD, no symmetry)
关键词 keywords	;RAG1, RAG2, V(D)J recombination, Paired complex, Antigen receptor gene recombination, T and B cell development, RECOMBINATION-DNA complex ;; RECOMBINATION/DNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3jbw__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3jbw__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3jbw__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	47.71 Å
Rg（电子密度）	46.22 Å
总 Rg	46.63 Å
原子数	19997
残基数	2168
排除体积	340040 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3jbw__assembly_1__model_1`	decameric （10）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	V(D)J recombination-activating protein 1
分子量 formula_weight	87684.1 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.-.-, 6.3.2.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	19997

GGSRCQRDHLSTKLIPTEVPADLIRAVTCQVCDHLLSDPVQSPCRHLFCRLCIIRYTHALGPNCPTCNQHLNPSHLIKPAKFFLATLSSLPLLCPSEECSDWVRLDSFREHCLNHYREKESQEEQTPSEQNLDGYLPVNKGGRPRQHLLSLTRRAQKHRLRDLKNQVKTFAEKEEGGDVKSVCLTLFLLALRAGNEHKQADELEAMMQGRGFGLHPAVCLAIRVNTFLSCSQYHKMYRTVKATSGRQIFQPLHTLRNAEKELLPGFHQFEWQPALKNVSTSWDVGIIDGLSGWTVSVDDVPADTISRRFRYDVALVSALKDLEEDIMEGLRERALDDSMCTSGFTVVVKESCDGMGDVSEKHGSGPAVPEKAVRFSFTIMSISIRLEGEDDGITIFQEQKPNSELSCRPLCLMFVDESDHETLTAILGPVVAERKAMMESRLIISVGGLLRSFRFFFRGTGYDEKMVREMEGLEASGSTYICTLCDSTRAEASQNMVLHSITRSHDENLERYEIWRKNPFSESADELRDRVKGVSAKPFMETQPTLDALHCDIGNATEFYKIFQDEIGEVYQKPNPSREERRRWRSTLDKQLRKKMKLKPVMRMNGNYARRLMTREAVEAVCELVPSEERREALLKLMDLYLQMKPVWRSTCPSRDCPDQLCQYSYNSQQFADLLSSMFKYRYDGKITNYLHKTLAHVPEIVERDGSIGAWASEGNESGNKLFRRFRKMNARQSKTFELEDILKHHWLYTSKYLQKFMEAHKNS

来源 Source

来源生物 organism	Danio rerio
通用名 common_name	zebra fish
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7955
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	V(D)J recombination-activating protein 2
分子量 formula_weight	59435.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

GGSMSLQPLTAVNCGSLVQPGFSLLDLEGDVYLFGQKGWPKRSCPTGIFGVRIKKGELKLRAISFSNNSSYLPPLRCPAIAHFEAQDGKPECYLIHGGRTPNNELSSSLYMLSVDSRGCNRKVTLRCEEKELVGDVPSARYGHTLSVINSRGKTACVLFGGRSYMPPTERTTQNWNSVVDCPPQVYLIDLEFGCCTAHTLPELTDGQSFHVALARQDCVYFLGGHILSSDCRPSRLIRLHVELLLGSPVLTCTILHEGLTITSAIASPIGYHEYIIFGGYQSETQKRMECTYVGLDDVGVHMESREPPQWTSEISHSRTWFGGSLGKGTALVAIPSEGNPTPPEAYHFYQVSFQKEQDGEATAQGGSQESTDFEDSAPLEDSEELYFGREPHELEYSSDVEGDTYNEEDEEDESQTGYWIKCCLSCQVDPNIWEPYYSTELTRPAMIFCSRGEGGHWVHAQCMELPESLLLQLSQDNSKYFCLDHGGLPKQEMTPPKQMLPVKRVPMKMTHRKAPVSLKMTPAKKTFLRRLFD

来源 Source

来源生物 organism	Danio rerio
通用名 common_name	zebra fish
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7955
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	12-RSS signal end forward strand
分子量 formula_weight	10439.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E

CACAGTGCTACAGACTGGAACAAAAACCCTGCAG

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Nicked 12-RSS intermediate reverse strand
分子量 formula_weight	15439.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	F

CTGCAGGGTTTTTGTTCCAGTCTGTAGCACTGTGTAAGACAGGCCAGATC

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Nicked 23-RSS intermediate reverse strand
分子量 formula_weight	18870.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	G

CTGCAGGGTTTTTGTACAGCCAGACAGTGGAGTACTACCACTGTGTAAGACAGGCCAGATC

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Nicked 23-RSS intermediate forward strand
分子量 formula_weight	13806.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	H

CACAGTGGTAGTACTCCACTGTCTGGCTGTACAAAAACCCTGCAG

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	5'-D(PGPAPTPCPTPGPGPCPCPTPGPTPCPTPTPA)-3'
分子量 formula_weight	4880.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	I,J

GATCTGGCCTGTCTTA

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.600 Å
最低分辨率 resolution_low	4.600 Å
R 因子 r_factor	0.4735
R_work r_work	0.4735
R_free r_free	0.4642

分辨率 resolution	4.60 Å
分辨率测定方法 resolution_method	Projection matching
颗粒数 num_particles	14129

Cryo-electron microscopy structure of RAG Paired Complex (with NBD, no symmetry)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

V(D)J recombination-activating protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

V(D)J recombination-activating protein 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3jbw__assembly_1__model_1

3jbw__assembly_1__model_1 | I(q)

3jbw__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

7. 引用文献 (1)

Cryo-electron microscopy structure of RAG Paired Complex (with NBD, no symmetry)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

V(D)J recombination-activating protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

V(D)J recombination-activating protein 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3jbw__assembly_1__model_1

3jbw__assembly_1__model_1 | I(q)

3jbw__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

7. 引用文献 (1)