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3jcl

Cryo-electron microscopy structure of a coronavirus spike glycoprotein trimer

Method: ELECTRON MICROSCOPY
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Spike glycoprotein

Murine hepatitis virus strain A59

UniProt P11224

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 3 无其他共同聚合物 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体

暂无

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体
1wdf 1wdf 1wdg 1wdg 1wdg 3jcl 6b3o

共 7 个 assembly

异源或核酸复合物
6vsj

共 1 个 assembly

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SPIKE_CVMA5
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–1217； UniProt 15–1231 作者链 B； PDB构建体 1–1217； UniProt 15–1231 作者链 C； PDB构建体 1–1217； UniProt 15–1231

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3jcl
沉积日期 deposition_date2015-12-21
结构标题 titleCryo-electron microscopy structure of a coronavirus spike glycoprotein trimer
关键词 keywordsCoronavirus, viral fusion proteins, viral spike, peplomer, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3jcl__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3jcl__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 108 109 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3jcl__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置，不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg（Guinier）47.10 Å
Rg（电子密度）46.44 Å
总 Rg46.71 Å
原子数24822
残基数3201
排除体积439860 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 3jcl__assembly_1__model_1 trimeric （3） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd3jcla1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.318 — SARS receptor-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamilyd.318.1 — SARS receptor-binding domain-like
家族 Family familyd.318.1.1 — SARS receptor-binding domain-like
结构域编号 domain_idd3jcla2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamilyb.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family familyb.29.1.26 — Coronavirus spike glycoprotein S1, N-terminal domain
结构域编号 domain_idd3jcla3
类 Class classe — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold folde.83 — Coronavirus S1 beta-rich region
超家族 Superfamily superfamilye.83.1 — Coronavirus S1 beta-rich region
家族 Family familye.83.1.1 — Coronavirus S1 beta-rich region
结构域编号 domain_idd3jcla4
类 Class classh — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold foldh.3 — Stalk segment of viral fusion proteins
超家族 Superfamily superfamilyh.3.3 — Coronavirus S2 glycoprotein
家族 Family familyh.3.3.2 — Coronavirus spike glycoprotein S2 subunit

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id3jclA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily960 — Spike glycoprotein, N-terminal domain
结构域编号 domain_id3jclB01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily960 — Spike glycoprotein, N-terminal domain
结构域编号 domain_id3jclC01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily960 — Spike glycoprotein, N-terminal domain
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7. 引用文献 (1)