3jpy

Crystal structure of the zinc-bound amino terminal domain of the NMDA receptor subunit NR2B

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 69.8 Å Quality: GOOD

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glutamate [NMDA] receptor subunit epsilon-2

Rattus norvegicus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 32–394	片段：Amino terminal domain 突变：N348D	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CL CHLORIDE ION × 5 NA SODIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；303 K；3.3M NaCl, 2% PEG400, 0.1M MgCl2, 0.1M acetate, 0.1mM ZnCl2, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 303K	分辨率 3.21 Å R-free 0.233
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 32–394	片段：Amino terminal domain 突变：N348D	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 CL CHLORIDE ION × 10 NA SODIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；303 K；3.3M NaCl, 2% PEG400, 0.1M MgCl2, 0.1M acetate, 0.1mM ZnCl2, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 303K	分辨率 3.21 Å R-free 0.233

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3JPY	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3JPW Crystal structure of amino terminal domain of the NMDA receptor subunit NR2B 提交 2009-09-04	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 32–394（363 aa）片段：Amino terminal domain	突变：N348D	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CL CHLORIDE ION × 17 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；303 K；3.3M NaCl, 2% PEG400, 0.1M MgCl2, 0.1M acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 303K	分辨率 2.80 Å R-free 0.231
3JPW Crystal structure of amino terminal domain of the NMDA receptor subunit NR2B 提交 2009-09-04	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 32–394（363 aa）片段：Amino terminal domain	突变：N348D	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 CL CHLORIDE ION × 34 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；303 K；3.3M NaCl, 2% PEG400, 0.1M MgCl2, 0.1M acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 303K	分辨率 2.80 Å R-free 0.231
3QEL Crystal structure of amino terminal domains of the NMDA receptor subunit GluN1 and GluN2B in complex with ifenprodil 提交 2011-01-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 31–394（364 aa）片段：Amino Terminal Domain, residues 31-394 链 D 31–394（364 aa）片段：Amino Terminal Domain, residues 31-394	突变：N348D 突变：N348D	NA SODIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 QEL 4-[(1R,2S)-2-(4-benzylpiperidin-1-yl)-1-hydroxypropyl]phenol × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；3.0-3.5M NaFormate, 0.1 M HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 2.60 Å R-free 0.238
3QEL Crystal structure of amino terminal domains of the NMDA receptor subunit GluN1 and GluN2B in complex with ifenprodil 提交 2011-01-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 31–394（364 aa）片段：Amino Terminal Domain, residues 31-394 链 D 31–394（364 aa）片段：Amino Terminal Domain, residues 31-394	突变：N348D 突变：N348D	NA SODIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 QEL 4-[(1R,2S)-2-(4-benzylpiperidin-1-yl)-1-hydroxypropyl]phenol × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；3.0-3.5M NaFormate, 0.1 M HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 2.60 Å R-free 0.238
3QEM Crystal structure of amino terminal domains of the NMDA receptor subunit GluN1 and GluN2B in complex with Ro 25-6981 提交 2011-01-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 31–394（364 aa）片段：Amino Terminal Domain, residues 31-394	突变：N348D	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 NA SODIUM ION × 1 QEM 4-[(1R,2S)-3-(4-benzylpiperidin-1-yl)-1-hydroxy-2-methylpropyl]phenol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；3.0-3.5M NaFormate, 0.1 M HEPES pH 7.5 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 3.00 Å R-free 0.250
3QEM Crystal structure of amino terminal domains of the NMDA receptor subunit GluN1 and GluN2B in complex with Ro 25-6981 提交 2011-01-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 31–394（364 aa）片段：Amino Terminal Domain, residues 31-394	突变：N348D	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 NA SODIUM ION × 1 QEM 4-[(1R,2S)-3-(4-benzylpiperidin-1-yl)-1-hydroxy-2-methylpropyl]phenol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；3.0-3.5M NaFormate, 0.1 M HEPES pH 7.5 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 3.00 Å R-free 0.250
4PE5 Crystal Structure of GluN1a/GluN2B NMDA Receptor Ion Channel 提交 2014-04-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 27–852（826 aa）片段：UNP residues 27-852 链 D 27–852（826 aa）片段：UNP residues 27-852	突变：S214C, N348D, D557C, C588S, I815C, C838S, C849S, del(C395), del(P396), del(E397), del(E399), del(E400), del(E402) 突变：S214C, N348D, D557C, C588S, I815C, C838S, C849S, del(C395), del(P396), del(E397), del(E399), del(E400), del(E402)	W TUNGSTEN ION × 84 GLY GLYCINE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 QEL 4-[(1R,2S)-2-(4-benzylpiperidin-1-yl)-1-hydroxypropyl]phenol × 2 GLU GLUTAMIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.8；291 K；PEG 4000, Tris-HCl, NaCl, Magnesium acetate, metatungstate	分辨率 3.96 Å R-free 0.295
5B3J Activation of NMDA receptors and the mechanism of inhibition by ifenprodil 提交 2016-03-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 31–394（364 aa）片段：UNP residues 31-394	突变：N348D	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；291 K；0.1M sodium acetate, 27% PEG3350, 2.2M sodium formate, 0.05 M calcium chloride	分辨率 2.90 Å R-free 0.302
5B3J Activation of NMDA receptors and the mechanism of inhibition by ifenprodil 提交 2016-03-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 31–394（364 aa）片段：UNP residues 31-394	突变：N348D	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；291 K；0.1M sodium acetate, 27% PEG3350, 2.2M sodium formate, 0.05 M calcium chloride	分辨率 2.90 Å R-free 0.302
5FXG GLUN1B-GLUN2B NMDA RECEPTOR IN ACTIVE CONFORMATION 提交 2016-03-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 27–852（826 aa）片段：UNP RESIDUES 27-852 链 D 27–852（826 aa）片段：UNP RESIDUES 27-852	突变：YES 突变：YES	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 200 MM NACL, 20 MM HEPES PH 7.0, 10 MM GLYCINE, 10 MM L-GLUTAMATE, 0.002% MNG-3；pH 7；200 MM NACL, 20 MM HEPES PH 7.0, 10 MM GLYCINE, 10 MM L-GLUTAMATE, 0.002% MNG-3 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；ETHANE	分辨率 6.80 Å
5FXH GluN1b-GluN2B NMDA receptor in non-active-1 conformation 提交 2016-03-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 27–852（826 aa）片段：UNP RESIDUES 27-852 链 D 27–852（826 aa）片段：UNP RESIDUES 27-852	突变：YES 突变：YES	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 200 MM NACL, 20 MM HEPES PH 7.0, 10 MM GLYCINE, 10 MM L-GLUTAMATE, 0.002% MNG-3；pH 7；200 MM NACL, 20 MM HEPES PH 7.0, 10 MM GLYCINE, 10 MM L-GLUTAMATE, 0.002% MNG-3 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；ETHANE	分辨率 5.00 Å
5FXI GluN1b-GluN2B NMDA receptor structure in non-active-2 conformation 提交 2016-03-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 27–852（826 aa）片段：UNP RESIDUES 27-852 链 D 27–852（826 aa）片段：UNP RESIDUES 27-852	突变：YES 突变：YES	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 200 MM NACL, 20 MM HEPES PH 7.0, 10 MM GLYCINE, 10 MM L-GLUTAMATE, 0.002 % MNG-3；pH 7；200 MM NACL, 20 MM HEPES PH 7.0, 10 MM GLYCINE, 10 MM L-GLUTAMATE, 0.002 % MNG-3 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；ETHANE	分辨率 6.40 Å
5FXJ GluN1b-GluN2B NMDA receptor structure-Class X 提交 2016-03-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 27–852（826 aa）片段：ATD, LBD, TMD, UNP RESIDUES 27-852 链 D 27–852（826 aa）片段：ATD, LBD, TMD, UNP RESIDUES 27-852	突变：YES 突变：YES	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 200 MM NACL, 20 MM HEPES PH 7.0, 10 MM GLYCINE, 10 MM L-GLUTAMATE, 0.002% MNG-3；pH 7；200 MM NACL, 20 MM HEPES PH 7.0, 10 MM GLYCINE, 10 MM L-GLUTAMATE, 0.002% MNG-3 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；ETHANE	分辨率 6.25 Å
5FXK GluN1b-GluN2B NMDA receptor structure-Class Y 提交 2016-03-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 27–852（826 aa）片段：UNP RESIDUES 27-852 链 D 27–852（826 aa）片段：UNP RESIDUES 27-852	突变：YES 突变：YES	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 200 MM NACL, 20 MM HEPES PH 7.0, 10 MM GLYCINE, 10 MM L-GLUTAMATE, 0.002 % MNG-3；pH 7；200 MM NACL, 20 MM HEPES PH 7.0, 10 MM GLYCINE, 10 MM L-GLUTAMATE, 0.002 % MNG-3 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；ETHANE	分辨率 6.40 Å
5TPZ Crystal structure of amino terminal domains of the NMDA receptor subunit GluN1 and GluN2B in apo closed state 提交 2016-10-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 32–393（362 aa）片段：residues 32-393	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；291 K；20% PEG 3350, 1.4M Sodium formate, 0.3M Sodium thyocyanate, 0.1M sodium acetate pH 5.0	分辨率 3.10 Å R-free 0.300
6CNA GluN1-GluN2B NMDA receptors with exon 5 提交 2018-03-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 34–843（810 aa）片段：residues 34-843 链 D 34–843（810 aa）片段：residues 34-843	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.60 Å
6E7R Heterodimer of the GluN1b-GluN2B NMDA receptor amino-terminal domains bound to allosteric inhibitor 93-4 提交 2018-07-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 32–394（363 aa）片段：Extracellular residues 32-394	突变：N348D	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 6 HYS N-{4-[(2S)-3-{[2-(3,4-dichlorophenyl)ethyl]amino}-2-hydroxypropoxy]phenyl}methanesulfonamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；3.0-3.5 M sodium formate, 0.1 M HEPES, 35 mM sodium chloride, 7 mM Tris-HCl, 50 uM Ifenprodil	分辨率 2.10 Å R-free 0.218
6E7R Heterodimer of the GluN1b-GluN2B NMDA receptor amino-terminal domains bound to allosteric inhibitor 93-4 提交 2018-07-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 32–394（363 aa）片段：Extracellular residues 32-394	突变：N348D	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 6 HYS N-{4-[(2S)-3-{[2-(3,4-dichlorophenyl)ethyl]amino}-2-hydroxypropoxy]phenyl}methanesulfonamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；3.0-3.5 M sodium formate, 0.1 M HEPES, 35 mM sodium chloride, 7 mM Tris-HCl, 50 uM Ifenprodil	分辨率 2.10 Å R-free 0.218
6E7S Heterodimer of the GluN1b-GluN2B NMDA receptor amino-terminal domains bound to allosteric inhibitor 93-5 提交 2018-07-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 32–394（363 aa）片段：Extracellular residues 32-394	突变：N348D	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 5 HZ4 N-{4-[(2S)-3-{[2-(3,4-dichlorophenyl)ethyl](ethyl)amino}-2-hydroxypropoxy]phenyl}methanesulfonamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；3.0-3.5 M sodium formate, 0.1 M HEPES, 35 mM sodium chloride, 7 mM Tris-HCl, 50 uM Ifenprodil	分辨率 2.72 Å R-free 0.234
6E7S Heterodimer of the GluN1b-GluN2B NMDA receptor amino-terminal domains bound to allosteric inhibitor 93-5 提交 2018-07-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 32–394（363 aa）片段：Extracellular residues 32-394	突变：N348D	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 3 HZ4 N-{4-[(2S)-3-{[2-(3,4-dichlorophenyl)ethyl](ethyl)amino}-2-hydroxypropoxy]phenyl}methanesulfonamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；3.0-3.5 M sodium formate, 0.1 M HEPES, 35 mM sodium chloride, 7 mM Tris-HCl, 50 uM Ifenprodil	分辨率 2.72 Å R-free 0.234
6E7T Heterodimer of the GluN1b-GluN2B NMDA receptor amino-terminal domains bound to allosteric inhibitor 93-6 提交 2018-07-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 32–393（362 aa）片段：Extracellular residues 32-394	突变：N348D	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 6 HYY N-{4-[(2S)-3-{[2-(3,4-dichlorophenyl)ethyl](propyl)amino}-2-hydroxypropoxy]phenyl}methanesulfonamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；3.0-3.5 M sodium formate, 0.1 M HEPES, 35 mM sodium chloride, 7 mM Tris-HCl, 50 uM Ifenprodil	分辨率 2.31 Å R-free 0.225
6E7T Heterodimer of the GluN1b-GluN2B NMDA receptor amino-terminal domains bound to allosteric inhibitor 93-6 提交 2018-07-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 32–393（362 aa）片段：Extracellular residues 32-394	突变：N348D	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 5 HYY N-{4-[(2S)-3-{[2-(3,4-dichlorophenyl)ethyl](propyl)amino}-2-hydroxypropoxy]phenyl}methanesulfonamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；3.0-3.5 M sodium formate, 0.1 M HEPES, 35 mM sodium chloride, 7 mM Tris-HCl, 50 uM Ifenprodil	分辨率 2.31 Å R-free 0.225
6E7U Heterodimer of the GluN1b-GluN2B NMDA receptor amino-terminal domains bound to allosteric inhibitor 93-31 提交 2018-07-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 32–394（363 aa）片段：Extracellular residues 32-394	突变：N348D	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 6 HX7 N-{4-[(2S)-3-{butyl[2-(3,4-dichlorophenyl)ethyl]amino}-2-hydroxypropoxy]phenyl}methanesulfonamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；3.0-3.5 M sodium formate, 0.1 M HEPES, 35 mM sodium chloride, 7 mM Tris-HCl, 50 uM Ifenprodil	分辨率 2.27 Å R-free 0.237
6E7U Heterodimer of the GluN1b-GluN2B NMDA receptor amino-terminal domains bound to allosteric inhibitor 93-31 提交 2018-07-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 32–394（363 aa）片段：Extracellular residues 32-394	突变：N348D	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 6 HX7 N-{4-[(2S)-3-{butyl[2-(3,4-dichlorophenyl)ethyl]amino}-2-hydroxypropoxy]phenyl}methanesulfonamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；3.0-3.5 M sodium formate, 0.1 M HEPES, 35 mM sodium chloride, 7 mM Tris-HCl, 50 uM Ifenprodil	分辨率 2.27 Å R-free 0.237
6E7V Heterodimer of the GluN1b-GluN2B NMDA receptor amino-terminal domains bound to allosteric inhibitor 93-88 提交 2018-07-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 32–394（363 aa）片段：Extracellular residues 32-394	突变：N348D	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 6 T88 N-{4-[(2R)-3-{butyl[2-(3,4-dichlorophenyl)ethyl]amino}-2-hydroxypropoxy]phenyl}methanesulfonamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；3.0-3.5 M sodium formate, 0.1 M HEPES, 35 mM sodium chloride, 7 mM Tris-HCl, 50 uM Ifenprodil	分辨率 2.60 Å R-free 0.233
6E7V Heterodimer of the GluN1b-GluN2B NMDA receptor amino-terminal domains bound to allosteric inhibitor 93-88 提交 2018-07-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 32–394（363 aa）片段：Extracellular residues 32-394	突变：N348D	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 5 T88 N-{4-[(2R)-3-{butyl[2-(3,4-dichlorophenyl)ethyl]amino}-2-hydroxypropoxy]phenyl}methanesulfonamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；3.0-3.5 M sodium formate, 0.1 M HEPES, 35 mM sodium chloride, 7 mM Tris-HCl, 50 uM Ifenprodil	分辨率 2.60 Å R-free 0.233
6E7W Heterodimer of the GluN1b-GluN2B NMDA receptor amino-terminal domains bound to allosteric inhibitor 93-115 提交 2018-07-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 32–394（363 aa）片段：Extracellular residues 32-394	突变：N348D	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 6 HXM N-{4-[(2S)-3-{[2-(3,4-dichlorophenyl)ethyl](propan-2-yl)amino}-2-hydroxypropoxy]phenyl}methanesulfonamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；3.0-3.5 M sodium formate, 0.1 M HEPES, 35 mM sodium chloride, 7 mM Tris-HCl, 50 uM Ifenprodil	分辨率 2.67 Å R-free 0.232
6E7W Heterodimer of the GluN1b-GluN2B NMDA receptor amino-terminal domains bound to allosteric inhibitor 93-115 提交 2018-07-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 32–394（363 aa）片段：Extracellular residues 32-394	突变：N348D	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 5 HXM N-{4-[(2S)-3-{[2-(3,4-dichlorophenyl)ethyl](propan-2-yl)amino}-2-hydroxypropoxy]phenyl}methanesulfonamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；3.0-3.5 M sodium formate, 0.1 M HEPES, 35 mM sodium chloride, 7 mM Tris-HCl, 50 uM Ifenprodil	分辨率 2.67 Å R-free 0.232
6E7X Heterodimer of the GluN1b-GluN2B NMDA receptor amino-terminal domains bound to allosteric inhibitor 93-97 提交 2018-07-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 32–394（363 aa）片段：Extracellular residues 32-394	突变：N348D	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 5 T97 N-{4-[(2S)-3-{[2-(3,4-dichlorophenyl)ethyl](2-methylpropyl)amino}-2-hydroxypropoxy]phenyl}methanesulfonamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；3.0-3.5 M sodium formate, 0.1 M HEPES, 35 mM sodium chloride, 7 mM Tris-HCl, 50 uM Ifenprodil	分辨率 2.58 Å R-free 0.216
6E7X Heterodimer of the GluN1b-GluN2B NMDA receptor amino-terminal domains bound to allosteric inhibitor 93-97 提交 2018-07-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 32–394（363 aa）片段：Extracellular residues 32-394	突变：N348D	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 4 T97 N-{4-[(2S)-3-{[2-(3,4-dichlorophenyl)ethyl](2-methylpropyl)amino}-2-hydroxypropoxy]phenyl}methanesulfonamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；3.0-3.5 M sodium formate, 0.1 M HEPES, 35 mM sodium chloride, 7 mM Tris-HCl, 50 uM Ifenprodil	分辨率 2.58 Å R-free 0.216
6WHR GluN1b-GluN2B NMDA receptor in non-active 2 conformation at 4 angstrom resolution 提交 2020-04-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 27–852（826 aa）链 D 27–852（826 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.99 Å
6WHS GluN1b-GluN2B NMDA receptor in non-active 1 conformation at 3.95 angstrom resolution 提交 2020-04-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 27–852（826 aa）链 D 27–852（826 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.00 Å
6WHT GluN1b-GluN2B NMDA receptor in active conformation at 4.4 angstrom resolution 提交 2020-04-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 27–852（826 aa）链 D 27–852（826 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.39 Å
6WHU GluN1b-GluN2B NMDA receptor in complex with SDZ 220-040 and L689,560, class 1 提交 2020-04-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 27–852（826 aa）链 D 27–852（826 aa）	未记录	QGM (2R,4S)-5,7-dichloro-4-[(phenylcarbamoyl)amino]-1,2,3,4-tetrahydroquinoline-2-carboxylic acid × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 QGP (2S)-2-amino-3-[2',4'-dichloro-4-hydroxy-5-(phosphonomethyl)biphenyl-3-yl]propanoic acid × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.93 Å
6WHV GluN1b-GluN2B NMDA receptor in complex with SDZ 220-040 and L689,560, class 2 提交 2020-04-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 27–852（826 aa）链 D 27–852（826 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 QGP (2S)-2-amino-3-[2',4'-dichloro-4-hydroxy-5-(phosphonomethyl)biphenyl-3-yl]propanoic acid × 2 QGM (2R,4S)-5,7-dichloro-4-[(phenylcarbamoyl)amino]-1,2,3,4-tetrahydroquinoline-2-carboxylic acid × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.05 Å
6WI0 GluN1b-GluN2B NMDA receptor in complex with GluN1 antagonist L689,560, class 2 提交 2020-04-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 27–852（826 aa）链 D 27–852（826 aa）	未记录	QGM (2R,4S)-5,7-dichloro-4-[(phenylcarbamoyl)amino]-1,2,3,4-tetrahydroquinoline-2-carboxylic acid × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.27 Å
7SAA Glycine and glutamate bound GluN1a-GluN2B NMDA receptors in non-active 1 conformation at 2.97 Angstrom resolution 提交 2021-09-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 27–852（826 aa）链 D 27–852（826 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 GLY GLYCINE × 2 GLU GLUTAMIC ACID × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.97 Å
7SAB Phencyclidine-bound GluN1a-GluN2B NMDA receptors 提交 2021-09-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 27–852（826 aa）链 D 27–852（826 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 1PC 1-(PHENYL-1-CYCLOHEXYL)PIPERIDINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.30 Å
7SAC S-(+)-ketamine bound GluN1a-GluN2B NMDA receptors at 3.69 Angstrom resolution 提交 2021-09-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 27–852（826 aa）链 D 27–852（826 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 GLY GLYCINE × 2 GLU GLUTAMIC ACID × 2 JC9 (2~{S})-2-(2-chlorophenyl)-2-(methylamino)cyclohexan-1-one × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.69 Å
7SAD Memantine-bound GluN1a-GluN2B NMDA receptors 提交 2021-09-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 27–852（826 aa）链 D 27–852（826 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 377 Memantine × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.96 Å
7TE6 Crystal structure of GluN1b-2B ATD complexed to Fab5 anti-GluN2B antibody 提交 2022-01-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 31–394（364 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；290 K；2.1 M sodium/potassium phosphate, 100 mM lithium sulfate, 100 mM CAPS, pH 10.5, 4% formamide	分辨率 4.55 Å R-free 0.324
7TE6 Crystal structure of GluN1b-2B ATD complexed to Fab5 anti-GluN2B antibody 提交 2022-01-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 F 31–394（364 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；290 K；2.1 M sodium/potassium phosphate, 100 mM lithium sulfate, 100 mM CAPS, pH 10.5, 4% formamide	分辨率 4.55 Å R-free 0.324
7TE9 Cryo-EM structure of GluN1b-2B NMDAR complexed to Fab2 class1 提交 2022-01-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 B 31–852（822 aa）链 D 31–852（822 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.92 Å
7TEB Cryo-EM structure of GluN1b-2B NMDAR complexed to Fab2 non-active1-like 提交 2022-01-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 B 27–852（826 aa）链 D 27–852（826 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.23 Å
7TEE Cryo-EM structure of GluN1b-2B NMDAR complexed to Fab2 Non-active2-like 提交 2022-01-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 B 27–852（826 aa）链 D 27–852（826 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.59 Å
7TEQ Cryo-EM structure of GluN1b-2B NMDAR in complex with Fab5 active conformation 提交 2022-01-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 B 27–852（826 aa）链 D 27–852（826 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.51 Å
7TER Cryo-EM structure of GluN1b-2B NMDAR in complex with Fab5 non-active2 conformation 提交 2022-01-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 B 27–852（826 aa）链 D 27–852（826 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.23 Å
7TES Cryo-EM structure of GluN1b-2B NMDAR in complex with Fab5 in Non-active1 conformation 提交 2022-01-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 B 27–852（826 aa）链 D 27–852（826 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.70 Å
7TET Cryo-EM structure of GluN1b-2B NMDAR in complex with Fab5 in non-active2-like conformation 提交 2022-01-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 B 27–852（826 aa）链 D 27–852（826 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.45 Å
8G18 Heterodimer of the GluN1b-GluN2B NMDA receptor amino-terminal domains bound to allosteric inhibitor 93-108 提交 2023-02-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 32–394（363 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 NA SODIUM ION × 1 YGW N-(4-{3-[4-(3,4-difluorophenyl)piperazin-1-yl]-2-oxopropoxy}phenyl)methanesulfonamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；sodium formate, HEPES, sodium chloride, Tris	分辨率 2.85 Å R-free 0.246
8G18 Heterodimer of the GluN1b-GluN2B NMDA receptor amino-terminal domains bound to allosteric inhibitor 93-108 提交 2023-02-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 32–394（363 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 NA SODIUM ION × 1 YGW N-(4-{3-[4-(3,4-difluorophenyl)piperazin-1-yl]-2-oxopropoxy}phenyl)methanesulfonamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；sodium formate, HEPES, sodium chloride, Tris	分辨率 2.85 Å R-free 0.246
8VUY Rat GluN1-2B with Fab 003-102 提交 2024-01-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 B 34–845（812 aa）链 D 34–845（812 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.81 Å
8VVH rat GluN1a-2B Fab 003-102 local refinement 提交 2024-01-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 34–387（354 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.95 Å
8XLK Structure of native tri-heteromeric GluN1-GluN2A-GluN2B NMDA receptor in rat cortex and hippocampus 提交 2023-12-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 D 1–1482（1482 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 20 7RC (2R)-4-(3-phosphonopropyl)piperazine-2-carboxylic acid × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
9ARE Rat GluN1-GluN2B NMDA receptor channel in complex with glycine, glutamate, and EU-1622-A, in open-channel conformation 提交 2024-02-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 27–852（826 aa）链 D 27–852（826 aa）	未记录	GLY GLYCINE × 2 GLU GLUTAMIC ACID × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.72 Å
9ARF Rat GluN1-GluN2B NMDA receptor channel in complex with glycine, glutamate, and EU-1622-A, in nonactive1 conformation 提交 2024-02-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 27–852（826 aa）链 D 27–852（826 aa）	未记录	GLY GLYCINE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 GLU GLUTAMIC ACID × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.13 Å
9ARG Rat GluN1-GluN2B NMDA receptor channel in apo conformation 提交 2024-02-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 27–852（826 aa）链 D 27–852（826 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.05 Å
9ARH Rat GluN1-GluN2B NMDA receptor channel in complex with glycine 提交 2024-02-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 27–852（826 aa）链 D 27–852（826 aa）	未记录	GLY GLYCINE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.69 Å
9ARI Rat GluN1-GluN2B NMDA receptor channel in complex with glutamate 提交 2024-02-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 27–852（826 aa）链 D 27–852（826 aa）	未记录	GLU GLUTAMIC ACID × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
9JNN Structure of native di-heteromeric GluN1-GluN2B NMDA receptor in rat cortex and hippocampus 提交 2024-09-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 B 35–845（811 aa）链 D 35–845（811 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 14 7RC (2R)-4-(3-phosphonopropyl)piperazine-2-carboxylic acid × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.40 Å
9OBS glutamate/glycine-bound GluN1a/2B NMDAR 提交 2025-04-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 27–852（826 aa）链 D 27–852（826 aa）	未记录	GLY GLYCINE × 2 GLU GLUTAMIC ACID × 2 CLR CHOLESTEROL × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.18 Å
9OBT TMD of glutamate/glycine-bound GluN1a/2B NMDAR 提交 2025-04-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 27–852（826 aa）链 D 27–852（826 aa）	未记录	POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 4 CLR CHOLESTEROL × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.01 Å
9OBU glycine/glutamate and Mg2+-bound GluN1a/2B NMDAR 提交 2025-04-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 27–852（826 aa）链 D 27–852（826 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.16 Å
9OBV Mg2+-bound GluN1a/2B NMDAR (upper) 提交 2025-04-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 27–852（826 aa）链 D 27–852（826 aa）	未记录	POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 4 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.21 Å
9OBW Mg2+ bound GluN1a/2B NMDAR (lower) 提交 2025-04-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 27–852（826 aa）链 D 27–852（826 aa）	未记录	POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 4 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.15 Å
9OBX glutamate/glycine and Ca2+-bound GluN1a/2B NMDAR 提交 2025-04-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 27–852（826 aa）链 D 27–852（826 aa）	未记录	GLY GLYCINE × 2 GLU GLUTAMIC ACID × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.59 Å
9OBY Ca2+-bound GluN1a/2B NMDAR (S1) 提交 2025-04-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 27–852（826 aa）链 D 27–852（826 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
9OBZ Ca2+-bound GluN1a/2B NMDAR (S2) 提交 2025-04-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 27–852（826 aa）链 D 27–852（826 aa）	未记录	POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 4 CLR CHOLESTEROL × 2 CA CALCIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.81 Å
9OC0 Ca2+-bound GluN1a/2B NMDAR (S3) 提交 2025-04-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 27–852（826 aa）链 D 27–852（826 aa）	未记录	POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 4 CLR CHOLESTEROL × 2 CA CALCIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.97 Å
9OC1 Ca2+-bound GluN1a/2B NMDAR (S4) 提交 2025-04-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 27–852（826 aa）链 D 27–852（826 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 4 CLR CHOLESTEROL × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.76 Å
9OC2 Ca2+-bound GluN1a/2B NMDAR (S5) 提交 2025-04-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 27–852（826 aa）链 D 27–852（826 aa）	未记录	POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 4 CLR CHOLESTEROL × 2 CA CALCIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.69 Å
9OOU Glycine/Glutamate/EU 1622-240 rGluN1a-2B NMDAR 提交 2025-05-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 27–852（826 aa）链 D 27–852（826 aa）	未记录	POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 2 A1AFT (5M)-5-(3-bromo-4-fluorophenyl)-6-ethynyl-3-[2-(3-fluoro-3-methylazetidin-1-yl)-2-oxoethyl]thieno[2,3-d]pyrimidin-4(3H)-one × 4 CLR CHOLESTEROL × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.34 Å

共 59 个其他 PDB 条目、72 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NMDE2_RAT
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–363； UniProt 32–394

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3jpy
沉积日期 deposition_date	2009-09-04
结构标题 title	Crystal structure of the zinc-bound amino terminal domain of the NMDA receptor subunit NR2B
关键词 keywords	;NMDA receptor, amino terminal domain, phenylethanolamine, Cell junction, Cell membrane, Glycoprotein, Ion transport, Ionic channel, Magnesium, Membrane, Phosphoprotein, Postsynaptic cell membrane, Receptor, Synapse, Transmembrane, Transport, TRANSPORT PROTEIN ;; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.36 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.34 Å
零角强度 I(0) i0	24798600.00
分子量 molecular_weight	37836.0 kDa
排除体积 excluded_volume	47040 Å³
包络体积 envelope_volume	56544 Å³
水化壳体积 shell_volume	22282 Å³
包络直径 envelope_diameter	71.2 Å
壳层 Rg shell_rg	27.75 Å
包络 Rg envelope_rg	21.62 Å
形状 Rg shape_rg	21.36 Å
总 Rg total_rg	22.09 Å
总原子数 total_atoms	2645
残基数 n_residues	358
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	69.8 Å
Rg (实空间) rg_real	22.34 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.38 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.4800e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.2450e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.34 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	24800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8879
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	26.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.344
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.390
角度范围 angular_range	— – 0.3550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	10090000.0000
实空间数据点数 n_real_points	67
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.895; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.855

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Glutamate [NMDA] receptor subunit epsilon-2
分子量 formula_weight	41280.8 kDa
突变 mutation	N348D
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2651

PPSIGIAVILVGTSDEVAIKDAHEKDDFHHLSVVPRVELVAMNETDPKSIITRICDLMSDRKIQGVVFADDTDQEAIAQILDFISAQTLTPILGIHGGSSMIMADKDESSMFFQFGPSIEQQASVMLNIMEEYDWYIFSIVTTYFPGYQDFVNKIRSTIENSFVGWELEEVLLLDMSLDDGDSKIQNQLKKLQSPIILLYCTKEEATYIFEVANSVGLTGYGYTWIVPSLVAGDTDTVPSEFPTGLISVSYDEWDYGLPARVRDGIAIITTAASDMLSEHSFIPEPKSSCYNTHEKRIYQSNMLNRYLINVTFEGRDLSFSEDGYQMHPKLVIILLNKERKWERVGKWKDKSLQMKYYVWPRM

来源 Source

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	brown rat,rat,rats
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	3jpyA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2300 — Response regulator

结构域编号 domain_id	3jpyA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2300 — Response regulator

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	143.368 Å
晶胞边长 b length_b	143.368 Å
晶胞边长 c length_c	88.467 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.209 Å
最低分辨率 resolution_low	29.290 Å
R 因子 r_factor	0.2056
R_work r_work	0.2042
R_free r_free	0.2329

fit	/app/data/saxs_computation/jp/3jpy/3jpy.fit
pddf	/app/data/pr_computation/jp/3jpy/3jpy.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/jp/3jpy/3jpy.dat