3jqo

Crystal structure of the outer membrane complex of a type IV secretion system

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TraF protein

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 42	TraO protein × 14 （Q46704） TraN protein × 14 （Q46702） (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 3 LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE × 1 water × 42	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q46705_ECOLX
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–227； UniProt 160–386 作者链 D； PDB构建体 1–227； UniProt 160–386 作者链 G； PDB构建体 1–227； UniProt 160–386 作者链 J； PDB构建体 1–227； UniProt 160–386 作者链 M； PDB构建体 1–227； UniProt 160–386 作者链 P； PDB构建体 1–227； UniProt 160–386 作者链 S； PDB构建体 1–227； UniProt 160–386 作者链 V； PDB构建体 1–227； UniProt 160–386 作者链 Y； PDB构建体 1–227； UniProt 160–386 作者链 b； PDB构建体 1–227； UniProt 160–386 作者链 e； PDB构建体 1–227； UniProt 160–386 作者链 h； PDB构建体 1–227； UniProt 160–386 作者链 k； PDB构建体 1–227； UniProt 160–386 作者链 n； PDB构建体 1–227； UniProt 160–386

TraO protein

Escherichia coli

UniProt Q46704

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 42	TraF protein × 14 （Q46705） TraN protein × 14 （Q46702） (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 3 LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE × 1 water × 42	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q46704_ECOLX
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–135； UniProt 160–294 作者链 E； PDB构建体 1–135； UniProt 160–294 作者链 H； PDB构建体 1–135； UniProt 160–294 作者链 K； PDB构建体 1–135； UniProt 160–294 作者链 N； PDB构建体 1–135； UniProt 160–294 作者链 Q； PDB构建体 1–135； UniProt 160–294 作者链 T； PDB构建体 1–135； UniProt 160–294 作者链 W； PDB构建体 1–135； UniProt 160–294 作者链 Z； PDB构建体 1–135； UniProt 160–294 作者链 c； PDB构建体 1–135； UniProt 160–294 作者链 f； PDB构建体 1–135； UniProt 160–294 作者链 i； PDB构建体 1–135； UniProt 160–294 作者链 l； PDB构建体 1–135； UniProt 160–294 作者链 o； PDB构建体 1–135； UniProt 160–294

TraN protein

Escherichia coli

UniProt Q46702

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 42	TraF protein × 14 （Q46705） TraO protein × 14 （Q46704） (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 3 LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE × 1 water × 42	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q46702_ECOLX
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–34； UniProt 15–48 作者链 F； PDB构建体 1–34； UniProt 15–48 作者链 I； PDB构建体 1–34； UniProt 15–48 作者链 L； PDB构建体 1–34； UniProt 15–48 作者链 O； PDB构建体 1–34； UniProt 15–48 作者链 R； PDB构建体 1–34； UniProt 15–48 作者链 U； PDB构建体 1–34； UniProt 15–48 作者链 X； PDB构建体 1–34； UniProt 15–48 作者链 a； PDB构建体 1–34； UniProt 15–48 作者链 d； PDB构建体 1–34； UniProt 15–48 作者链 g； PDB构建体 1–34； UniProt 15–48 作者链 j； PDB构建体 1–34； UniProt 15–48 作者链 m； PDB构建体 1–34； UniProt 15–48 作者链 p； PDB构建体 1–34； UniProt 15–48

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3jqo
沉积日期 deposition_date	2009-09-07
结构标题 title	Crystal structure of the outer membrane complex of a type IV secretion system
关键词 keywords	Helical outer membrane TM, outer membrane protein complex, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3jqo__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3jqo__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3jqo__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	64.00 Å
Rg（电子密度）	63.68 Å
总 Rg	63.47 Å
原子数	37552
残基数	4797
排除体积	665330 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3jqo__assembly_1__model_1`	42-meric （42）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	TraF protein
分子量 formula_weight	24293.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	14

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D,G,J,M,P,S,V,Y,b,e,h,k,n
原子数 atom_count	38842

SNSPGAQPQDNETSEGSSALAKNLTPARLKASRAGVMANPSLTVPKGKMIPCGTGTELDTTVPGQVSCRVSQDVYSADGLVRLIDKGSWVDGQITGGIKDGQARVFVLWERIRNDQDGTIVNIDSAGTNSLGSAGIPGQVDAHMWERLRGAIMISLFSDTLTALVNQTQSNNIQYNSTENSGGQLASEALRSYMSIPPTLYDQQGDAVSIFVARDLDFSGVYTLADN

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	TraO protein
分子量 formula_weight	15323.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	14

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E,H,K,N,Q,T,W,Z,c,f,i,l,o

SAADKKRITQKLKQTAFAGAKNYQYVMSEQPEMRSIQPVHVWDNYRFTRFEFPANAELPQVYMISASGKETLPNSHVVGENRNIIEVETVAKEWRIRLGDKVVGVRNNNFAPGRGAVATGTASPDVRRVQIGEDN

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	TraN protein
分子量 formula_weight	3635.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	14

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F,I,L,O,R,U,X,a,d,g,j,m,p

CSSGHKPPPEPDWSNTVPVNKTIPVDTQGGRNES

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	(4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL
分子量 formula_weight	118.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE
分子量 formula_weight	229.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1290

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 28 domains

CATH v4.4 (28 domains)

结构域编号 domain_id	3jqoA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	260 — Type IV secretion system, VirB10/TraB/TrbI

结构域编号 domain_id	3jqoB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2500 —

结构域编号 domain_id	3jqoD01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	260 — Type IV secretion system, VirB10/TraB/TrbI

结构域编号 domain_id	3jqoE00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2500 —

结构域编号 domain_id	3jqoG01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	260 — Type IV secretion system, VirB10/TraB/TrbI

结构域编号 domain_id	3jqoH00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2500 —

结构域编号 domain_id	3jqoJ01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	260 — Type IV secretion system, VirB10/TraB/TrbI

结构域编号 domain_id	3jqoK00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2500 —

结构域编号 domain_id	3jqoM01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	260 — Type IV secretion system, VirB10/TraB/TrbI

结构域编号 domain_id	3jqoN00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2500 —

结构域编号 domain_id	3jqoP01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	260 — Type IV secretion system, VirB10/TraB/TrbI

结构域编号 domain_id	3jqoQ00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2500 —

结构域编号 domain_id	3jqoS01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	260 — Type IV secretion system, VirB10/TraB/TrbI

结构域编号 domain_id	3jqoT00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2500 —

结构域编号 domain_id	3jqoV01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	260 — Type IV secretion system, VirB10/TraB/TrbI

结构域编号 domain_id	3jqoW00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2500 —

结构域编号 domain_id	3jqoY01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	260 — Type IV secretion system, VirB10/TraB/TrbI

结构域编号 domain_id	3jqoZ00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2500 —

结构域编号 domain_id	3jqob01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	260 — Type IV secretion system, VirB10/TraB/TrbI

结构域编号 domain_id	3jqoc00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2500 —

结构域编号 domain_id	3jqoe01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	260 — Type IV secretion system, VirB10/TraB/TrbI

结构域编号 domain_id	3jqof00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2500 —

结构域编号 domain_id	3jqoh01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	260 — Type IV secretion system, VirB10/TraB/TrbI

结构域编号 domain_id	3jqoi00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2500 —

结构域编号 domain_id	3jqok01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	260 — Type IV secretion system, VirB10/TraB/TrbI

结构域编号 domain_id	3jqol00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2500 —

结构域编号 domain_id	3jqon01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	260 — Type IV secretion system, VirB10/TraB/TrbI

结构域编号 domain_id	3jqoo00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2500 —

▶

晶胞边长 a length_a	202.400 Å
晶胞边长 b length_b	211.630 Å
晶胞边长 c length_c	203.440 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	56

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.600 Å
最低分辨率 resolution_low	52.910 Å
R 因子 r_factor	0.2288
R_work r_work	0.2273
R_free r_free	0.2594

Crystal structure of the outer membrane complex of a type IV secretion system

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TraF protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

TraO protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

TraN protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3jqo__assembly_1__model_1

3jqo__assembly_1__model_1 | I(q)

3jqo__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 28 domains

CATH v4.4 (28 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of the outer membrane complex of a type IV secretion system

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TraF protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

TraO protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

TraN protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3jqo__assembly_1__model_1

3jqo__assembly_1__model_1 | I(q)

3jqo__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 28 domains

CATH v4.4 (28 domains)

7. 引用文献 (1)