SAXSdb — 3jy1

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

alkylpurine DNA glycosylase AlkD

Bacillus cereus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	单体	蛋白 1 DNA 2	;DNA (5'-D(TPGPGPGP(3DR)PGPGPCPTPT)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(APAPAPGPCPCPCPCPCPC)-3') ; × 1 water × 3	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q816E8_BACCR
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–226； UniProt 1–225

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3jy1
沉积日期 deposition_date	2009-09-21
结构标题 title	Bacillus cereus Alkylpurine DNA Glycosylase AlkD Bound to DNA Containing an Abasic Site (across from C)
关键词 keywords	HEAT repeat, DNA binding, DNA glycosylase, DNA alkylation, lyase-DNA COMPLEX, hydrolase-DNA COMPLEX; hydrolase/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3jy1__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3jy1__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3jy1__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	20.15 Å
Rg（电子密度）	19.27 Å
总 Rg	20.13 Å
原子数	2282
残基数	245
排除体积	39867 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3jy1__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	alkylpurine DNA glycosylase AlkD
分子量 formula_weight	27067.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2503

PMHPFVKALQEHFTAHQNPEKAEPMARYMKNHFLFLGIQTPERRQLLKDIIQIHTLPDQKDFQIIIRELWDLPEREFQAAALDIMQKYKKHINETHIPFLEELIVTKSWWDSVDSIVPTFLGDIFLKHPELISAYIPKWIASDNIWLQRAAILFQLKYKQKMDEELLFWIIGQLHSSKEFFIQKAIGWVLREYAKTNPDVVWEYVQNNELAPLSKREAIKHIKQNY

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus cereus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	222523
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(TPGPGPGP(3DR)PGPGPCPTPT)-3') ;
分子量 formula_weight	2982.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B

TGGGNGGCTT

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(APAPAPGPCPCPCPCPCPC)-3') ;
分子量 formula_weight	2959.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C

AAAGCCCCCC

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	221

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d3jy1a1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.118.1 — ARM repeat
家族 Family family	a.118.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3jy1a2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	3jy1A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	10 — Leucine-rich Repeat Variant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 —

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晶胞边长 a length_a	52.125 Å
晶胞边长 b length_b	57.493 Å
晶胞边长 c length_c	54.069 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	101.67 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.754 Å
最低分辨率 resolution_low	41.100 Å
R 因子 r_factor	0.1842
R_work r_work	0.1831
R_free r_free	0.2041

Bacillus cereus Alkylpurine DNA Glycosylase AlkD Bound to DNA Containing an Abasic Site (across from C)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

alkylpurine DNA glycosylase AlkD

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3jy1__assembly_1__model_1

3jy1__assembly_1__model_1 | I(q)

3jy1__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)

Bacillus cereus Alkylpurine DNA Glycosylase AlkD Bound to DNA Containing an Abasic Site (across from C)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

alkylpurine DNA glycosylase AlkD

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3jy1__assembly_1__model_1

3jy1__assembly_1__model_1 | I(q)

3jy1__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)