3jyi

Structural and biochemical evidence that a TEM-1 {beta}-lactamase Asn170Gly active site mutant acts via substrate-assisted catalysis

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 127.9 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Beta-lactamase TEM

Escherichia coli

UniProt P62593

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 24–286 突变:N170G EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;298 K;20% PEG6000, 0.2 M LiCl, 0.1 M Hepes, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 2.70 Å R-free 0.260
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 24–286 突变:N170G EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;298 K;20% PEG6000, 0.2 M LiCl, 0.1 M Hepes, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 2.70 Å R-free 0.260
3 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 24–286 突变:N170G EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;298 K;20% PEG6000, 0.2 M LiCl, 0.1 M Hepes, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 2.70 Å R-free 0.260
4 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 24–286 突变:N170G EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;298 K;20% PEG6000, 0.2 M LiCl, 0.1 M Hepes, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 2.70 Å R-free 0.260
5 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 24–286 突变:N170G EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;298 K;20% PEG6000, 0.2 M LiCl, 0.1 M Hepes, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 2.70 Å R-free 0.260
6 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 24–286 突变:N170G EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;298 K;20% PEG6000, 0.2 M LiCl, 0.1 M Hepes, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 2.70 Å R-free 0.260

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 72 个其他 PDB 条目、150 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 BLAT_ECOLX
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–263; UniProt 24–286 作者链 B; PDB构建体 1–263; UniProt 24–286 作者链 C; PDB构建体 1–263; UniProt 24–286 作者链 D; PDB构建体 1–263; UniProt 24–286 作者链 E; PDB构建体 1–263; UniProt 24–286 作者链 F; PDB构建体 1–263; UniProt 24–286

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3jyi

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3jyi
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3jyi
沉积日期 deposition_date2009-09-21
结构标题 titleStructural and biochemical evidence that a TEM-1 {beta}-lactamase Asn170Gly active site mutant acts via substrate-assisted catalysis
关键词 keywordsBeta-lactamase, Enzyme, antibiotic resistance, Disulfide bond, Hydrolase, Plasmid, Transposable element; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier41.25
回转半径 Rg (电子) rg_electron40.59
零角强度 I(0) i0478539000.00
分子量 molecular_weight174770.0 kDa
排除体积 excluded_volume217480 ų
包络体积 envelope_volume293090 ų
水化壳体积 shell_volume60923 ų
包络直径 envelope_diameter139.9
壳层 Rg shell_rg45.77
包络 Rg envelope_rg39.29
形状 Rg shape_rg40.60
总 Rg total_rg40.83
总原子数 total_atoms12242
残基数 n_residues1578
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax127.9
Rg (实空间) rg_real41.09
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.86
I(0) (实空间) i0_real4.7850e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error8.2070e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal41.24
I(0) (倒空间) i0_reciprocal478600000.0000
解质量估计 total_estimate0.6503
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary53.9
偏度 Skewness skewness0.149
峰度 Kurtosis kurtosis-0.361
角度范围 angular_range— – 0.1900 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha36530000.0000
实空间数据点数 n_real_points39
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.882; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.008; Positv: 1.000; Valcen: 0.985; Smooth: 0.795

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_idd3jyia_
类 Class classe — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold folde.3 — beta-lactamase/transpeptidase-like
超家族 Superfamily superfamilye.3.1 — beta-lactamase/transpeptidase-like
家族 Family familye.3.1.1 — beta-Lactamase/D-ala carboxypeptidase
结构域编号 domain_idd3jyib_
类 Class classe — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold folde.3 — beta-lactamase/transpeptidase-like
超家族 Superfamily superfamilye.3.1 — beta-lactamase/transpeptidase-like
家族 Family familye.3.1.1 — beta-Lactamase/D-ala carboxypeptidase
结构域编号 domain_idd3jyic_
类 Class classe — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold folde.3 — beta-lactamase/transpeptidase-like
超家族 Superfamily superfamilye.3.1 — beta-lactamase/transpeptidase-like
家族 Family familye.3.1.1 — beta-Lactamase/D-ala carboxypeptidase
结构域编号 domain_idd3jyid_
类 Class classe — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold folde.3 — beta-lactamase/transpeptidase-like
超家族 Superfamily superfamilye.3.1 — beta-lactamase/transpeptidase-like
家族 Family familye.3.1.1 — beta-Lactamase/D-ala carboxypeptidase
结构域编号 domain_idd3jyie_
类 Class classe — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold folde.3 — beta-lactamase/transpeptidase-like
超家族 Superfamily superfamilye.3.1 — beta-lactamase/transpeptidase-like
家族 Family familye.3.1.1 — beta-Lactamase/D-ala carboxypeptidase
结构域编号 domain_idd3jyif_
类 Class classe — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold folde.3 — beta-lactamase/transpeptidase-like
超家族 Superfamily superfamilye.3.1 — beta-lactamase/transpeptidase-like
家族 Family familye.3.1.1 — beta-Lactamase/D-ala carboxypeptidase

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id3jyiA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology710 — Beta-lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — DD-peptidase/beta-lactamase superfamily
结构域编号 domain_id3jyiB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology710 — Beta-lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — DD-peptidase/beta-lactamase superfamily
结构域编号 domain_id3jyiC00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology710 — Beta-lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — DD-peptidase/beta-lactamase superfamily
结构域编号 domain_id3jyiD00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology710 — Beta-lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — DD-peptidase/beta-lactamase superfamily
结构域编号 domain_id3jyiE00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology710 — Beta-lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — DD-peptidase/beta-lactamase superfamily
结构域编号 domain_id3jyiF00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology710 — Beta-lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — DD-peptidase/beta-lactamase superfamily

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)