SAXSdb — 3k5l

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA polymerase II

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	单体	蛋白 1 DNA 2	;DNA (5'-D(TPAPTP(3DR)PGPTPAPCPGPCPTPAPGPGPCPAPCPA)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(GPTPGPCPCPTPAPGPCPGPTPAP*(DOC))-3') ; × 1 ;2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE ; × 1 MAGNESIUM ION × 2 water × 3	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DPO2_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–786； UniProt 1–783

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3k5l
沉积日期 deposition_date	2009-10-07
结构标题 title	Crystal structure of E.coli Pol II-abasic DNA-dATP Lt(0, 3) ternary complex
关键词 keywords	;DNA damage, DNA repair, DNA-binding, DNA-directed DNA polymerase, Nucleotidyltransferase, SOS response, Transferase, TRANSFERASE-DNA complex ;; TRANSFERASE/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3k5l__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3k5l__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3k5l__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	31.12 Å
Rg（电子密度）	30.27 Å
总 Rg	30.88 Å
原子数	6982
残基数	810
排除体积	121490 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3k5l__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA polymerase II
分子量 formula_weight	90459.7 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.7
突变 mutation	D335N
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	7057

GPHMAQAGFILTRHWRDTPQGTEVSFWLATDNGPLQVTLAPQESVAFIPADQVPRAQHILQGEQGFRLTPLALKDFHRQPVYGLYCRAHRQLMNYEKRLREGGVTVYEADVRPPERYLMERFITSPVWVEGDMHNGTIVNARLKPHPDYRPPLKWVSIDIETTRHGELYCIGLEGCGQRIVYMLGPENGDASSLDFELEYVASRPQLLEKLNAWFANYDPDVIIGWNVVQFDLRMLQKHAERYRLPLRLGRDNSELEWREHGFKNGVFFAQAKGRLIIDGIEALKSAFWNFSSFSLETVAQELLGEGKSIDNPWDRMDEIDRRFAEDKPALATYNLKNCELVTQIFHKTEIMPFLLERATVNGLPVDRHGGSVAAFGHLYFPRMHRAGYVAPNLGEVPPHASPGGYVMDSRPGLYDSVLVLDYKSLYPSIIRTFLIDPVGLVEGMAQPDPEHSTEGFLDAWFSREKHCLPEIVTNIWHGRDEAKRQGNKPLSQALKIIMNAFYGVLGTTACRFFDPRLASSITMRGHQIMRQTKALIEAQGYDVIYGDTDSTFVWLKGAHSEEEAAKIGRALVQHVNAWWAETLQKQRLTSALELEYETHFCRFLMPTIRGADTGSKKRYAGLIQEGDKQRMVFKGLETVRTDWTPLAQQFQQELYLRIFRNEPYQEYVRETIDKLMAGELDARLVYRKRLRRPLSEYQRNVPPHVRAARLADEENQKRGRPLQYQNRGTIKYVWTTNGPEPLDYQRSPLDYEHYLTRQLQPVAEGILPFIEDNFATLMTGQLGLF

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(TPAPTP(3DR)PGPTPAPCPGPCPTPAPGPGPCPAPCPA)-3') ;
分子量 formula_weight	5391.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	T

TATNGTACGCTAGGCACA

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(GPTPGPCPCPTPAPGPCPGPTPAP*(DOC))-3') ;
分子量 formula_weight	3951.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	P

GTGCCTAGCGTAC

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	;2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE ;
分子量 formula_weight	491.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	75

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d3k5la1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamily	c.55.3 — Ribonuclease H-like
家族 Family family	c.55.3.5 — DnaQ-like 3'-5' exonuclease

结构域编号 domain_id	d3k5la2
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.8 — DNA/RNA polymerases
超家族 Superfamily superfamily	e.8.1 — DNA/RNA polymerases
家族 Family family	e.8.1.1 — DNA polymerase I

结构域编号 domain_id	d3k5la3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (7 domains)

结构域编号 domain_id	3k5lA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	590 — DNA polymerase B, N domain, beta-barrel

结构域编号 domain_id	3k5lA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2250 — B family DNA polymerase, N domain, alpha/beta motif

结构域编号 domain_id	3k5lA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H

结构域编号 domain_id	3k5lA04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1600 — Palm domain of DNA polymerase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — B family DNA polymerase, palm domain

结构域编号 domain_id	3k5lA05
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1130 —

结构域编号 domain_id	3k5lA06
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	690 — B family DNA polymerase, finger domain

结构域编号 domain_id	3k5lA07
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	132 — Topoisomerase I; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — B family DNA polymerase, thumb domain

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晶胞边长 a length_a	79.974 Å
晶胞边长 b length_b	101.198 Å
晶胞边长 c length_c	121.717 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	22.420 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2240
R_free r_free	0.2410

Crystal structure of E.coli Pol II-abasic DNA-dATP Lt(0, 3) ternary complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA polymerase II

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3k5l__assembly_1__model_1

3k5l__assembly_1__model_1 | I(q)

3k5l__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (7 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of E.coli Pol II-abasic DNA-dATP Lt(0, 3) ternary complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA polymerase II

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3k5l__assembly_1__model_1

3k5l__assembly_1__model_1 | I(q)

3k5l__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (7 domains)

7. 引用文献 (1)