SAXSdb — 3kbc

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

425aa long hypothetical proton glutamate symport protein

Pyrococcus horikoshii

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 3	ASPARTIC ACID × 3 MERCURY (II) ION × 3 SODIUM ION × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	O59010_PYRHO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–425； UniProt 1–425 作者链 B； PDB构建体 1–425； UniProt 1–425 作者链 C； PDB构建体 1–425； UniProt 1–425

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3kbc
沉积日期 deposition_date	2009-10-20
结构标题 title	Crystal structure of GltPh K55C-A364C mutant crosslinked with divalent mercury
关键词 keywords	AMINO ACID TRANSPORTER, TRANSMEMBRANE TRANSPORTER, ASPARTATE TRANSPORTER, TRANSPORT PROTEIN, CYSTEINE CROSS-LINK, INWARD-FACING; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3kbc__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3kbc__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3kbc__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	33.49 Å
Rg（电子密度）	33.01 Å
总 Rg	33.44 Å
原子数	9096
残基数	1233
排除体积	167700 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3kbc__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	425aa long hypothetical proton glutamate symport protein
分子量 formula_weight	44889.2 kDa
突变 mutation	D37H, K40H, K55C, K125H, K132H, K223H, K264H, C321A, A364C, E368H
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	9096

MGLYRKYIEYPVLQKILIGLILGAIVGLILGHYGYAHAVHTYVKPFGDLFVRLLCMLVMPIVFASLVVGAASISPARLGRVGVKIVVYYLLTSAFAVTLGIIMARLFNPGAGIHLAVGGQQFQPHQAPPLVHILLDIVPTNPFGALANGQVLPTIFFAIILGIAITYLMNSENEKVRKSAETLLDAINGLAEAMYKIVNGVMQYAPIGVFALIAYVMAEQGVHVVGELAKVTAAVYVGLTLQILLVYFVLLKIYGIDPISFIKHAKDAMLTAFVTRSSSGTLPVTMRVAKEMGISEGIYSFTLPLGATINMDGTALYQGVATFFIANALGSHLTVGQQLTIVLTAVLASIGTAGVPGAGAIMLCMVLHSVGLPLTDPNVAAAYAMILGIDAILDMGRTMVNVTGDLTGTAIVAKTEGELEKGVIA

来源 Source

来源生物 organism	Pyrococcus horikoshii
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	53953
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ASPARTIC ACID
分子量 formula_weight	133.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MERCURY (II) ION
分子量 formula_weight	200.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	3kbcA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	3860 — Proton glutamate symport protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Sodium:dicarboxylate symporter

结构域编号 domain_id	3kbcB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	3860 — Proton glutamate symport protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Sodium:dicarboxylate symporter

结构域编号 domain_id	3kbcC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	3860 — Proton glutamate symport protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Sodium:dicarboxylate symporter

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晶胞边长 a length_a	113.142 Å
晶胞边长 b length_b	206.780 Å
晶胞边长 c length_c	205.971 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.510 Å
最低分辨率 resolution_low	12.000 Å
R 因子 r_factor	0.2670
R_work r_work	0.2670
R_free r_free	0.2700

Crystal structure of GltPh K55C-A364C mutant crosslinked with divalent mercury

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

425aa long hypothetical proton glutamate symport protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3kbc__assembly_1__model_1

3kbc__assembly_1__model_1 | I(q)

3kbc__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of GltPh K55C-A364C mutant crosslinked with divalent mercury

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

425aa long hypothetical proton glutamate symport protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3kbc__assembly_1__model_1

3kbc__assembly_1__model_1 | I(q)

3kbc__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)