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3kbz

Crystal structure of human liver FBPase in complex with tricyclic inhibitor 6

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 112.4 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Fructose-1,6-bisphosphatase 1

Homo sapiens

UniProt P09467

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 2–338 链 B； UniProt 2–338 链 C； UniProt 2–338 链 D； UniProt 2–338 未记录 2T4 {[(2-amino-8H-indeno[1,2-d][1,3]thiazol-4-yl)oxy]methyl}phosphonic acid × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；8-10% PEG 3350, 0.15M NaCl, 0.1M Tris/HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K 分辨率 2.45 Å R-free 0.275

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3KBZ Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1FTA FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATASE(D-FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATE, 1-PHOSPHOHYDROLASE) (E.C.3.1.3.11) COMPLEXED WITH THE ALLOSTERIC INHIBITOR AMP 提交 1993-09-27 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–337（337 aa）
链 B 1–337（337 aa）
链 C 1–337（337 aa）
链 D 1–337（337 aa）
未记录 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 4 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.30 Å
2JJK FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATASE(D-FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATE -1- PHOSPHOHYDROLASE) (E.C.3.1.3.11) COMPLEXED WITH A DUAL BINDING AMP SITE INHIBITOR 提交 2008-04-09 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–338（338 aa）
链 B 1–338（338 aa）
链 C 1–338（338 aa）
链 D 1–338（338 aa）
未记录 R15 N,N'-(heptane-1,7-diyldicarbamoyl)bis(3-chlorobenzenesulfonamide) × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 RESERVOIR = 0.1M HEPES PH7.0, 0.1M AMMONIUM ACETATE, 12% PEG 3350
分辨率 2.00 Å R-free 0.266
2VT5 FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATASE(D-FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATE -1- PHOSPHOHYDROLASE) (E.C.3.1.3.11) COMPLEXED WITH A DUAL BINDING AMP SITE INHIBITOR 提交 2008-05-09 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–338（338 aa）
链 B 1–338（338 aa）
链 C 1–338（338 aa）
链 D 1–338（338 aa）
未记录 ROK 4-AMINO-N-[(2-SULFANYLETHYL)CARBAMOYL]BENZENESULFONAMIDE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 RESERVOIR = 0.1M HEPES, PH7.0, 0.1M AMMONIUM ACETATE, 12% PEG 3350
分辨率 2.20 Å R-free 0.247
2VT5 FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATASE(D-FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATE -1- PHOSPHOHYDROLASE) (E.C.3.1.3.11) COMPLEXED WITH A DUAL BINDING AMP SITE INHIBITOR 提交 2008-05-09 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 E 1–338（338 aa）
链 F 1–338（338 aa）
链 G 1–338（338 aa）
链 H 1–338（338 aa）
未记录 ROK 4-AMINO-N-[(2-SULFANYLETHYL)CARBAMOYL]BENZENESULFONAMIDE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 RESERVOIR = 0.1M HEPES, PH7.0, 0.1M AMMONIUM ACETATE, 12% PEG 3350
分辨率 2.20 Å R-free 0.247
2WBB FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATASE(D-FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATE-1- PHOSPHOHYDROLASE) (E.C.3.1.3.11) COMPLEXED WITH AN AMP SITE INHIBITOR 提交 2009-02-26 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–338（338 aa）
链 B 1–338（338 aa）
链 C 1–338（338 aa）
链 D 1–338（338 aa）
未记录 RO3 N-{[(2Z)-5-BROMO-1,3-THIAZOL-2(3H)-YLIDENE]CARBAMOYL}-4-METHYLBENZENESULFONAMIDE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 0.1M AMMONIUM ACETATE 0.1M HEPES PH7 25% PEG 3350
分辨率 2.22 Å R-free 0.248
2WBB FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATASE(D-FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATE-1- PHOSPHOHYDROLASE) (E.C.3.1.3.11) COMPLEXED WITH AN AMP SITE INHIBITOR 提交 2009-02-26 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 E 1–338（338 aa）
链 F 1–338（338 aa）
链 G 1–338（338 aa）
链 H 1–338（338 aa）
未记录 RO3 N-{[(2Z)-5-BROMO-1,3-THIAZOL-2(3H)-YLIDENE]CARBAMOYL}-4-METHYLBENZENESULFONAMIDE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 0.1M AMMONIUM ACETATE 0.1M HEPES PH7 25% PEG 3350
分辨率 2.22 Å R-free 0.248
2WBD FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATASE(D-FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATE-1- PHOSPHOHYDROLASE) (E.C.3.1.3.11) COMPLEXED WITH AN AMP SITE INHIBITOR 提交 2009-02-26 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–338（338 aa）
链 B 1–338（338 aa）
链 C 1–338（338 aa）
链 D 1–338（338 aa）
未记录 RO5 N-[(5-bromo-1,3-thiazol-2-yl)carbamoyl]-3-ethylbenzenesulfonamide × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 0.1M AMMONIUM ACETATE, 0.1M HEPES PH 7.0, 15% PEG 3350
分辨率 2.40 Å R-free 0.277
2WBD FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATASE(D-FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATE-1- PHOSPHOHYDROLASE) (E.C.3.1.3.11) COMPLEXED WITH AN AMP SITE INHIBITOR 提交 2009-02-26 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 E 1–338（338 aa）
链 F 1–338（338 aa）
链 G 1–338（338 aa）
链 H 1–338（338 aa）
未记录 RO5 N-[(5-bromo-1,3-thiazol-2-yl)carbamoyl]-3-ethylbenzenesulfonamide × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 0.1M AMMONIUM ACETATE, 0.1M HEPES PH 7.0, 15% PEG 3350
分辨率 2.40 Å R-free 0.277
2Y5K Orally active aminopyridines as inhibitors of tetrameric fructose 1,6- bisphosphatase 提交 2011-01-14 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–338（338 aa）
链 B 1–338（338 aa）
链 C 1–338（338 aa）
链 D 1–338（338 aa）
未记录 YCU 1-[5-(2-METHOXYETHYL)-4-METHYL-THIOPHEN-2-YL]SULFONYL-3-[4-METHOXY-6-(METHYLCARBAMOYLAMINO)PYRIDIN-2-YL]UREA × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 RESERVOIR: 0.1M HEPES, PH 7.0, 0.1 M AMMONIUM ACETATE, 12% PEG 3350.
分辨率 2.10 Å R-free 0.296
2Y5L orally active aminopyridines as inhibitors of tetrameric fructose 1,6- bisphosphatase 提交 2011-01-14 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–338（338 aa）
链 B 1–338（338 aa）
链 C 1–338（338 aa）
链 D 1–338（338 aa）
未记录 RO8 N-{[(2Z)-5-bromo-1,3-thiazol-2(3H)-ylidene]carbamoyl}-3-chlorobenzenesulfonamide × 4 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.20 Å R-free 0.254
2Y5L orally active aminopyridines as inhibitors of tetrameric fructose 1,6- bisphosphatase 提交 2011-01-14 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 E 1–338（338 aa）
链 F 1–338（338 aa）
链 G 1–338（338 aa）
链 H 1–338（338 aa）
未记录 RO8 N-{[(2Z)-5-bromo-1,3-thiazol-2(3H)-ylidene]carbamoyl}-3-chlorobenzenesulfonamide × 4 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.20 Å R-free 0.254
3A29 Crystal structure of human liver FBPase in complex with tricyclic inhibitor 提交 2009-05-08 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 2–338（337 aa）
链 B 2–338（337 aa）
链 C 2–338（337 aa）
链 D 2–338（337 aa）
未记录 2T0 2-amino-4,5-dihydronaphtho[1,2-d][1,3]thiazol-8-yl dihydrogen phosphate × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；8-10% PEG 3350, 0.15M NaCl, 0.1M Tris/HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 2.60 Å R-free 0.247
3A29 Crystal structure of human liver FBPase in complex with tricyclic inhibitor 提交 2009-05-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–338（337 aa）
链 B 2–338（337 aa）
未记录 2T0 2-amino-4,5-dihydronaphtho[1,2-d][1,3]thiazol-8-yl dihydrogen phosphate × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；8-10% PEG 3350, 0.15M NaCl, 0.1M Tris/HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 2.60 Å R-free 0.247
3A29 Crystal structure of human liver FBPase in complex with tricyclic inhibitor 提交 2009-05-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–338（337 aa）
链 C 2–338（337 aa）
未记录 2T0 2-amino-4,5-dihydronaphtho[1,2-d][1,3]thiazol-8-yl dihydrogen phosphate × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；8-10% PEG 3350, 0.15M NaCl, 0.1M Tris/HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 2.60 Å R-free 0.247
3A29 Crystal structure of human liver FBPase in complex with tricyclic inhibitor 提交 2009-05-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 2–338（337 aa）
链 D 2–338（337 aa）
未记录 2T0 2-amino-4,5-dihydronaphtho[1,2-d][1,3]thiazol-8-yl dihydrogen phosphate × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；8-10% PEG 3350, 0.15M NaCl, 0.1M Tris/HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 2.60 Å R-free 0.247
3A29 Crystal structure of human liver FBPase in complex with tricyclic inhibitor 提交 2009-05-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 2–338（337 aa）
链 D 2–338（337 aa）
未记录 2T0 2-amino-4,5-dihydronaphtho[1,2-d][1,3]thiazol-8-yl dihydrogen phosphate × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；8-10% PEG 3350, 0.15M NaCl, 0.1M Tris/HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 2.60 Å R-free 0.247
3KC0 Crystal structure of human liver FBPase in complex with tricyclic inhibitor 10b 提交 2009-10-20 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 2–338（337 aa）
链 B 2–338（337 aa）
链 C 2–338（337 aa）
链 D 2–338（337 aa）
未记录 2T5 [(8H-indeno[1,2-d][1,3]thiazol-4-yloxy)methyl]phosphonic acid × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；8-10% PEG 3350, 0.15M NaCl, 0.1M Tris/HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 2.80 Å R-free 0.254
3KC1 Crystal structure of human liver FBPase in complex with tricyclic inhibitor 19a 提交 2009-10-20 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 2–338（337 aa）
链 B 2–338（337 aa）
链 C 2–338（337 aa）
链 D 2–338（337 aa）
未记录 2T6 {[(7-carbamoyl-8H-indeno[1,2-d][1,3]thiazol-4-yl)oxy]methyl}phosphonic acid × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；8-10% PEG 3350, 0.15M NaCl, 0.1M Tris/HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 2.25 Å R-free 0.262
4MJO Human liver fructose-1,6-bisphosphatase(d-fructose-1,6-bisphosphate, 1-phosphohydrolase) (e.c.3.1.3.11) complexed with the allosteric inhibitor 3 提交 2013-09-04 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–338（338 aa）
链 B 1–338（338 aa）
链 C 1–338（338 aa）
链 D 1–338（338 aa）
未记录 2C1 N-({4-bromo-6-[(methylcarbamoyl)amino]pyridin-2-yl}carbamoyl)-5-(2-methoxyethyl)-4-methylthiophene-2-sulfonamide × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；300 K；0.1 M ammonium acetate and 12% polyethylenglycol 3350 in 0.1 M HEPES, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 300K
分辨率 2.40 Å R-free 0.236
4MJO Human liver fructose-1,6-bisphosphatase(d-fructose-1,6-bisphosphate, 1-phosphohydrolase) (e.c.3.1.3.11) complexed with the allosteric inhibitor 3 提交 2013-09-04 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 E 1–338（338 aa）
链 F 1–338（338 aa）
链 G 1–338（338 aa）
链 H 1–338（338 aa）
未记录 2C1 N-({4-bromo-6-[(methylcarbamoyl)amino]pyridin-2-yl}carbamoyl)-5-(2-methoxyethyl)-4-methylthiophene-2-sulfonamide × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；300 K；0.1 M ammonium acetate and 12% polyethylenglycol 3350 in 0.1 M HEPES, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 300K
分辨率 2.40 Å R-free 0.236
5LDZ Quadruple space group ambiguity due to rotational and translational non-crystallographic symmetry in human liver fructose-1,6-bisphosphatase 提交 2016-06-29 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–338（338 aa）
链 B 1–338（338 aa）
链 C 1–338（338 aa）
链 D 1–338（338 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 6 SO4 SULFATE ION × 20 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；295 K；0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 2 M (NH4)2SO4
分辨率 2.20 Å R-free 0.239
5LDZ Quadruple space group ambiguity due to rotational and translational non-crystallographic symmetry in human liver fructose-1,6-bisphosphatase 提交 2016-06-29 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 E 1–338（338 aa）
链 F 1–338（338 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 6 SO4 SULFATE ION × 18 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；295 K；0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 2 M (NH4)2SO4
分辨率 2.20 Å R-free 0.239
6LW2 The N-arylsulfonyl-indole-2-carboxamide-based inhibitors against fructose-1,6-bisphosphatase 提交 2020-02-07 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–338（338 aa）
链 B 1–338（338 aa）
链 C 1–338（338 aa）
链 D 1–338（338 aa）
未记录 EW0 7-chloranyl-4-[(3-methoxyphenyl)amino]-N-(4-methoxyphenyl)sulfonyl-1-methyl-indole-2-carboxamide × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.2M Ammonium acetate, 0.1M HEPES, 20% PEG 3350, pH 7.0
分辨率 2.40 Å R-free 0.290
7C9Q Crystal structure of Human liver fructose-1,6-bisphoaphatase complex with Mg2+ and AMP 提交 2020-06-07 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–338（338 aa）
链 B 1–338（338 aa）
链 C 1–338（338 aa）
链 D 1–338（338 aa）
未记录 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；50mM Hepes pH 7.2, 150mM Sodium chloride, 8% (w/v) PEG 8000
分辨率 1.88 Å R-free 0.219
7CVH Human Fructose-1,6-bisphosphatase 1 in complex with geranylgeranyl diphosphate 提交 2020-08-26 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–338（338 aa）
链 B 1–338（338 aa）
链 C 1–338（338 aa）
链 D 1–338（338 aa）
未记录 FBP 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructofuranose × 4 MG MAGNESIUM ION × 8 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 4 GRG GERANYLGERANYL DIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；28% (v/v) polyethylene glycol 600, 0.1M HEPES
分辨率 2.09 Å R-free 0.218
7CVN The N-arylsulfonyl-indole-2-carboxamide-based inhibitors against fructose-1,6-bisphosphatase 提交 2020-08-26 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–338（338 aa）
链 B 1–338（338 aa）
链 C 1–338（338 aa）
链 D 1–338（338 aa）
未记录 GJO 4-(3-acetamidophenyl)-N-(4-methoxyphenyl)sulfonyl-7-nitro-1H-indole-2-carboxamide × 4 FBP 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructofuranose × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.2M Ammonium acetate, 0.1M HEPES, 20% PEG 3350, pH 7.0
分辨率 2.75 Å R-free 0.234
7CWE Human Fructose-1,6-bisphosphatase 1 in APO R-state 提交 2020-08-28 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–338（338 aa）
链 B 1–338（338 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；0.05 M cadmium sulfate, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 1 M sodium acetate
分辨率 3.00 Å R-free 0.296
7EZF Indole-2-carboxylic acid derivatives as allosteric inhibitors of fructose-1,6-bisphosphatase 提交 2021-06-01 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–338（338 aa）
链 B 1–338（338 aa）
链 C 1–338（338 aa）
链 D 1–338（338 aa）
未记录 0KI 7-chloranyl-5-ethyl-3-(3-hydroxy-3-oxopropyl)-1H-indole-2-carboxylic acid × 4 FBP 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructofuranose × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；0.2M Ammonium acetate, 0.1M HEPES, 20% PEG 3350, pH 7.0
分辨率 2.76 Å R-free 0.236
7EZP Indole-2-carboxylic acid derivatives as allosteric inhibitors of fructose-1,6-bisphosphatase 提交 2021-06-01 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–338（338 aa）
链 B 1–338（338 aa）
链 C 1–338（338 aa）
链 D 1–338（338 aa）
未记录 FBP 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructofuranose × 4 0GI 3-(3-hydroxy-3-oxopropyl)-5-(2-methylpropyl)-7-nitro-1H-indole-2-carboxylic acid × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；0.2M Ammonium acetate, 0.1M HEPES, 20% PEG 3350, pH 7.0
分辨率 2.80 Å R-free 0.256
7EZR Indole-2-carboxylic acid derivatives as allosteric inhibitors of fructose-1,6-bisphosphatase 提交 2021-06-01 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–338（338 aa）
链 B 1–338（338 aa）
链 C 1–338（338 aa）
链 D 1–338（338 aa）
未记录 0H1 5-ethyl-7-nitro-3-[3-oxidanylidene-3-(thiophen-2-ylsulfonylamino)propyl]-1H-indole-2-carboxylic acid × 4 FBP 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructofuranose × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；0.2M Ammonium acetate, 0.1M HEPES, 20% PEG 3350, pH 7.0
分辨率 3.27 Å R-free 0.253
7WVB Human Fructose-1,6-bisphosphatase 1 mutant R50A in APO R-state 提交 2022-02-10 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–338（338 aa）
链 B 1–338（338 aa）
链 C 1–338（338 aa）
链 D 1–338（338 aa）
突变：R50A 突变：R50A 突变：R50A 突变：R50A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293.15 K；0.1M BIS-Tris(pH 6.5), 20% PEGMME 5000, 2.5% sucrose
分辨率 2.09 Å R-free 0.233
9XV1 Crystal Structure of Fructose-1,6-bisphosphatase Complexed with a Covalent Inhibitor 提交 2025-11-25 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–336（336 aa）
链 B 1–336（336 aa）
链 C 1–336（336 aa）
链 D 1–336（336 aa）
未记录 A1E1G 2-bromanyl-~{N}-[2-[4-[(3-phenylphenyl)carbamoylsulfamoyl]phenyl]ethyl]ethanamide × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M Tris (pH 8.8), 15% (v/v) EtOH
分辨率 1.96 Å R-free 0.213

共 22 个其他 PDB 条目、32 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 F16P1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–337； UniProt 2–338 作者链 B； PDB构建体 1–337； UniProt 2–338 作者链 C； PDB构建体 1–337； UniProt 2–338 作者链 D； PDB构建体 1–337； UniProt 2–338

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3kbz

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3kbz
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3kbz
沉积日期 deposition_date2009-10-20
结构标题 titleCrystal structure of human liver FBPase in complex with tricyclic inhibitor 6
关键词 keywordsHYDROLASE, Allosteric enzyme, Carbohydrate metabolism, Disease mutation, Gluconeogenesis, Magnesium, Metal-binding, Polymorphism; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier34.28 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron33.53 Å
零角强度 I(0) i0289172000.00
分子量 molecular_weight140180.0 kDa
排除体积 excluded_volume176790 ų
包络体积 envelope_volume211500 ų
水化壳体积 shell_volume51105 ų
包络直径 envelope_diameter114.5 Å
壳层 Rg shell_rg41.46 Å
包络 Rg envelope_rg33.74 Å
形状 Rg shape_rg33.58 Å
总 Rg total_rg33.93 Å
总原子数 total_atoms9819
残基数 n_residues1273
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax112.4 Å
Rg (实空间) rg_real34.21 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.59 Å
I(0) (实空间) i0_real2.8920e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.5590e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal34.26 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal289200000.0000
解质量估计 total_estimate0.8903
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary41.5 Å
偏度 Skewness skewness0.269
峰度 Kurtosis kurtosis-0.436
角度范围 angular_range— – 0.2300 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha236700000.0000
实空间数据点数 n_real_points47
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.889; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.904
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd3kbza_
类 Class classe — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold folde.7 — Carbohydrate phosphatase
超家族 Superfamily superfamilye.7.1 — Carbohydrate phosphatase
家族 Family familye.7.1.1 — Inositol monophosphatase/fructose-1,6-bisphosphatase-like
结构域编号 domain_idd3kbzb_
类 Class classe — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold folde.7 — Carbohydrate phosphatase
超家族 Superfamily superfamilye.7.1 — Carbohydrate phosphatase
家族 Family familye.7.1.1 — Inositol monophosphatase/fructose-1,6-bisphosphatase-like
结构域编号 domain_idd3kbzc_
类 Class classe — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold folde.7 — Carbohydrate phosphatase
超家族 Superfamily superfamilye.7.1 — Carbohydrate phosphatase
家族 Family familye.7.1.1 — Inositol monophosphatase/fructose-1,6-bisphosphatase-like
结构域编号 domain_idd3kbzd_
类 Class classe — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold folde.7 — Carbohydrate phosphatase
超家族 Superfamily superfamilye.7.1 — Carbohydrate phosphatase
家族 Family familye.7.1.1 — Inositol monophosphatase/fructose-1,6-bisphosphatase-like

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id3kbzA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology540 — Fructose-1,6-Bisphosphatase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Fructose-1,6-Bisphosphatase, subunit A, domain 1
结构域编号 domain_id3kbzA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily80 —
结构域编号 domain_id3kbzB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology540 — Fructose-1,6-Bisphosphatase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Fructose-1,6-Bisphosphatase, subunit A, domain 1
结构域编号 domain_id3kbzB02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily80 —
结构域编号 domain_id3kbzC01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology540 — Fructose-1,6-Bisphosphatase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Fructose-1,6-Bisphosphatase, subunit A, domain 1
结构域编号 domain_id3kbzC02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily80 —
结构域编号 domain_id3kbzD01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology540 — Fructose-1,6-Bisphosphatase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Fructose-1,6-Bisphosphatase, subunit A, domain 1
结构域编号 domain_id3kbzD02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily80 —
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)