3kdp

Crystal structure of the sodium-potassium pump

Method: X-RAY DIFFRACTION

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha-1

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta-1 × 1 （P05027） Na+/K+ ATPase gamma subunit transcript variant a × 1 （Q58K79） TETRAFLUOROMAGNESATE(2-) × 1 MAGNESIUM ION × 1 RUBIDIUM ION × 3 CHOLESTEROL × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta-1 × 1 （P05027） Na+/K+ ATPase gamma subunit transcript variant a × 1 （Q58K79） TETRAFLUOROMAGNESATE(2-) × 1 MAGNESIUM ION × 1 RUBIDIUM ION × 3 CHOLESTEROL × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AT1A1_PIG
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–998； UniProt 24–1021 作者链 C； PDB构建体 1–998； UniProt 24–1021

Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta-1

物种未注明

UniProt P05027

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha-1 × 1 （P05024） Na+/K+ ATPase gamma subunit transcript variant a × 1 （Q58K79） TETRAFLUOROMAGNESATE(2-) × 1 MAGNESIUM ION × 1 RUBIDIUM ION × 3 CHOLESTEROL × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha-1 × 1 （P05024） Na+/K+ ATPase gamma subunit transcript variant a × 1 （Q58K79） TETRAFLUOROMAGNESATE(2-) × 1 MAGNESIUM ION × 1 RUBIDIUM ION × 3 CHOLESTEROL × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AT1B1_PIG
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–286； UniProt 18–303 作者链 D； PDB构建体 1–286； UniProt 18–303

Na+/K+ ATPase gamma subunit transcript variant a

物种未注明

UniProt Q58K79

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha-1 × 1 （P05024） Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta-1 × 1 （P05027） TETRAFLUOROMAGNESATE(2-) × 1 MAGNESIUM ION × 1 RUBIDIUM ION × 3 CHOLESTEROL × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha-1 × 1 （P05024） Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta-1 × 1 （P05027） TETRAFLUOROMAGNESATE(2-) × 1 MAGNESIUM ION × 1 RUBIDIUM ION × 3 CHOLESTEROL × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q58K79_PIG
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–27； UniProt 23–49 作者链 H； PDB构建体 1–27； UniProt 23–49

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3kdp
沉积日期 deposition_date	2009-10-23
结构标题 title	Crystal structure of the sodium-potassium pump
关键词 keywords	;alpha helical, heterotrimeric membrane protein complex, ATP-binding, Hydrolase, Ion transport, Magnesium, Membrane, Metal-binding, Nucleotide-binding, Phosphoprotein, Potassium, Potassium transport, Sodium transport, Sodium/potassium transport, Transmembrane, Transport, Disulfide bond, Glycoprotein, Signal-anchor ;; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3kdp__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3kdp__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3kdp__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	46.96 Å
Rg（电子密度）	47.29 Å
总 Rg	46.96 Å
原子数	10315
残基数	1311
排除体积	185650 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3kdp__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3kdp__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha-1
分子量 formula_weight	110320.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.3.9
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	20630

AKKERDMDELKKEVSMDDHKLSLDELHRKYGTDLSRGLTPARAAEILARDGPNALTPPPTTPEWVKFCRQLFGGFSMLLWIGAILCFLAYGIQAATEEEPQNDNLYLGVVLSAVVIITGCFSYYQEAKSSKIMESFKNMVPQQALVIRNGEKMSINAEEVVVGDLVEVKGGDRIPADLRIISANGCKVDNSSLTGESEPQTRSPDFTNENPLETRNIAFFSTNCVEGTARGIVVYTGDRTVMGRIATLASGLEGGQTPIAAEIEHFIHIITGVAVFLGVSFFILSLILEYTWLEAVIFLIGIIVANVPEGLLATVTVCLTLTAKRMARKNCLVKNLEAVETLGSTSTICSDKTGTLTQNRMTVAHMWSDNQIHEADTTENQSGVSFDKTSATWLALSRIAGLCNRAVFQANQENLPILKRAVAGDASESALLKCIELCCGSVKEMRERYTKIVEIPFNSTNKYQLSIHKNPNTAEPRHLLVMKGAPERILDRCSSILIHGKEQPLDEELKDAFQNAYLELGGLGERVLGFCHLFLPDEQFPEGFQFDTDDVNFPLDNLCFVGLISMIDPPRAAVPDAVGKCRSAGIKVIMVTGDHPITAKAIAKGVGIISEGNETVEDIAARLNIPVSQVNPRDAKACVVHGSDLKDMTSEQLDDILKYHTEIVFARTSPQQKLIIVEGCQRQGAIVAVTGDGVNDSPASKKADIGVAMGIAGSDVSKQAADMILLDDNFASIVTGVEEGRLIFDNLKKSIAYTLTSNIPEITPFLIFIIANIPLPLGTVTILCIDLGTDMVPAISLAYEQAESDIMKRQPRNPKTDKLVNEQLISMAYGQIGMIQALGGFFTYFVILAENGFLPIHLLGLRVNWDDRWINDVEDSYGQQWTYEQRKIVEFTCHTPFFVTIVVVQWADLVICKTRRNSVFQQGMKNKILIFGLFEETALAAFLSYCPGMGVALRMYPLKPTWWFCAFPYSLLIFVYDEVRKLIIRRRPGGWVEKETYY

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta-1
分子量 formula_weight	33104.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

NSEKKEFLGRTGGSWFKILLFYVIFYGCLAGIFIGTIQVMLLTISEFKPTYQDRVAPPGLTQIPQSQKTEISFRPNDPQSYESYVVSIVRFLEKYKDLAQKDDMIFEDCGNVPSELKERGEYNNERGERKVCRSRLEWLGNCSGLNDETYGYKDGKPCVIIKLNRVLGFKPKPPKNESLETYPVMKYNPYVLPVHCTGKRDEDKEKVGTMEYFGLGGYPGFPLQYYPYYGKLLQPKYLQPLMAVQFTNLTMDTEIRIECKAYGENIGYSEKDRFQGRFDVKIEVKS

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Na+/K+ ATPase gamma subunit transcript variant a
分子量 formula_weight	2951.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,H

YETVRNGGLIFAALAFIVGLIILLSKR

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	TETRAFLUOROMAGNESATE(2-)
分子量 formula_weight	100.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	RUBIDIUM ION
分子量 formula_weight	85.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	CHOLESTEROL
分子量 formula_weight	386.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	3kdpA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	150 — Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A

结构域编号 domain_id	3kdpA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1110 — Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain

结构域编号 domain_id	3kdpA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1000 — HAD superfamily/HAD-like

结构域编号 domain_id	3kdpA04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1110 — Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N

结构域编号 domain_id	3kdpB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	3kdpB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1660 — Na, k-atpase alpha subunit.

结构域编号 domain_id	3kdpC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	150 — Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A

结构域编号 domain_id	3kdpC02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1110 — Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain

结构域编号 domain_id	3kdpC03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1000 — HAD superfamily/HAD-like

结构域编号 domain_id	3kdpC04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1110 — Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N

结构域编号 domain_id	3kdpD01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	3kdpD02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1660 — Na, k-atpase alpha subunit.

▶

晶胞边长 a length_a	68.930 Å
晶胞边长 b length_b	261.500 Å
晶胞边长 c length_c	334.780 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.500 Å
最低分辨率 resolution_low	38.858 Å
R 因子 r_factor	0.2431
R_work r_work	0.2422
R_free r_free	0.2862

Crystal structure of the sodium-potassium pump

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Na+/K+ ATPase gamma subunit transcript variant a

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3kdp__assembly_1__model_1

3kdp__assembly_1__model_1 | I(q)

3kdp__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of the sodium-potassium pump

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Na+/K+ ATPase gamma subunit transcript variant a

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3kdp__assembly_1__model_1

3kdp__assembly_1__model_1 | I(q)

3kdp__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)