SAXSdb — 3kg5

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

B-cell antigen receptor complex-associated protein beta chain

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 26–159 链 B； UniProt 26–159	片段：extracellular domain	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 4；298 K；0.6M Na formate, 100mM Na Acetate, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 3.20 Å R-free 0.263
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 26–159	片段：extracellular domain	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 4；298 K；0.6M Na formate, 100mM Na Acetate, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 3.20 Å R-free 0.263
3	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 26–159	片段：extracellular domain	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 4；298 K；0.6M Na formate, 100mM Na Acetate, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 3.20 Å R-free 0.263

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3KG5	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
7WSO Structure of a membrane protein G 提交 2022-01-30	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 44–182（139 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.03 Å
7WSP Structure of a membrane protein M 提交 2022-01-30	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 44–182（139 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 4.09 Å
7XQ8 Structure of human B-cell antigen receptor of the IgM isotype 提交 2022-05-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 1–229（229 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 14	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
7XT6 Structure of a membrane protein M3 提交 2022-05-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 44–182（139 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.63 Å

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CD79B_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–134； UniProt 26–159 作者链 B； PDB构建体 1–134； UniProt 26–159

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3kg5
沉积日期 deposition_date	2009-10-28
结构标题 title	Crystal structure of human Ig-beta homodimer
关键词 keywords	CD79b, Ig-beta, BCR, Immunoglobulin domain, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	19.27 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	18.46 Å
零角强度 I(0) i0	11705600.00
分子量 molecular_weight	24019.0 kDa
排除体积 excluded_volume	29466 Å³
包络体积 envelope_volume	36261 Å³
水化壳体积 shell_volume	16848 Å³
包络直径 envelope_diameter	64.9 Å
壳层 Rg shell_rg	23.78 Å
包络 Rg envelope_rg	18.59 Å
形状 Rg shape_rg	18.46 Å
总 Rg total_rg	19.28 Å
总原子数 total_atoms	1676
残基数 n_residues	206
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	62.2 Å
Rg (实空间) rg_real	19.19 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.29 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1710e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4620e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	19.20 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	11710000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9012
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	24.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.195
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.499
角度范围 angular_range	— – 0.4150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2515000.0000
实空间数据点数 n_real_points	73
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.910; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.984

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	3kg5A00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3kg5B00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	129.800 Å
晶胞边长 b length_b	129.800 Å
晶胞边长 c length_c	129.800 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	48

空间群 space_group	P 41 3 2
空间群编号 int_tables_number	213
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.200 Å
最低分辨率 resolution_low	46.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1810
R_free r_free	0.2630

描述 description	B-cell antigen receptor complex-associated protein beta chain
分子量 formula_weight	15499.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	1678

Crystal structure of human Ig-beta homodimer

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

B-cell antigen receptor complex-associated protein beta chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

fit	/app/data/saxs_computation/kg/3kg5/3kg5.fit
pddf	/app/data/pr_computation/kg/3kg5/3kg5.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/kg/3kg5/3kg5.dat