SAXSdb — 3kn2

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HCV NS3 Protease Domain

Hepatitis C virus subtype 1a

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Peptide KK-NS4A-KK × 1 （Q9QP61） ZINC ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Peptide KK-NS4A-KK × 1 （Q9QP61） ZINC ION × 1 ;(1R,2S,5S)-3-{(2S)-2-(2,3-dihydro-1H-inden-2-yl)-2-[({(1S)-2,2-dimethyl-1-[(2-oxopiperidin-1-yl)methyl]propyl}carbamoyl)amino]acetyl}-6,6-dimethyl-N-{(1S)-1-[oxo(prop-2-en-1-ylamino)acetyl]butyl}-3-azabicyclo[3.1.0]hexane-2-carboxamide ; × 1 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Peptide KK-NS4A-KK × 2 （Q9QP61） ZINC ION × 2 ;(1R,2S,5S)-3-{(2S)-2-(2,3-dihydro-1H-inden-2-yl)-2-[({(1S)-2,2-dimethyl-1-[(2-oxopiperidin-1-yl)methyl]propyl}carbamoyl)amino]acetyl}-6,6-dimethyl-N-{(1S)-1-[oxo(prop-2-en-1-ylamino)acetyl]butyl}-3-azabicyclo[3.1.0]hexane-2-carboxamide ; × 1 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9ELS8_9HEPC
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 12–192； UniProt 1027–1207 作者链 C； PDB构建体 12–192； UniProt 1027–1207

Peptide KK-NS4A-KK

物种未注明

UniProt Q9QP61

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	HCV NS3 Protease Domain × 1 （Q9ELS8） ZINC ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	HCV NS3 Protease Domain × 1 （Q9ELS8） ZINC ION × 1 ;(1R,2S,5S)-3-{(2S)-2-(2,3-dihydro-1H-inden-2-yl)-2-[({(1S)-2,2-dimethyl-1-[(2-oxopiperidin-1-yl)methyl]propyl}carbamoyl)amino]acetyl}-6,6-dimethyl-N-{(1S)-1-[oxo(prop-2-en-1-ylamino)acetyl]butyl}-3-azabicyclo[3.1.0]hexane-2-carboxamide ; × 1 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	HCV NS3 Protease Domain × 2 （Q9ELS8） ZINC ION × 2 ;(1R,2S,5S)-3-{(2S)-2-(2,3-dihydro-1H-inden-2-yl)-2-[({(1S)-2,2-dimethyl-1-[(2-oxopiperidin-1-yl)methyl]propyl}carbamoyl)amino]acetyl}-6,6-dimethyl-N-{(1S)-1-[oxo(prop-2-en-1-ylamino)acetyl]butyl}-3-azabicyclo[3.1.0]hexane-2-carboxamide ; × 1 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9QP61_9HEPC
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–23； UniProt 1676–1698 作者链 D； PDB构建体 1–23； UniProt 1676–1698

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3kn2
沉积日期 deposition_date	2009-11-11
结构标题 title	HCV NS3 Protease Domain with ketoamide inhibitor
关键词 keywords	;Hepatitis C Virus, NS3 Protease Domain, serine protease, ketoamide inhibitor, ATP-binding, Capsid protein, Envelope protein, Helicase, Host membrane, Hydrolase, Membrane, Nucleotide-binding, RNA replication, Transmembrane, Virion ;; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3kn2__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3kn2__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3kn2__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	16.01 Å
Rg（电子密度）	14.87 Å
总 Rg	16.06 Å
原子数	1225
残基数	167
排除体积	21916 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3kn2__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3kn2__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`3kn2__assembly_3__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	HCV NS3 Protease Domain
分子量 formula_weight	21233.2 kDa
突变 mutation	Q1145R
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	2976

MASMTGGQQMGAPITAYAQQTRGLLGCIITSLTGRDKNQVEGEVQIVSTATQTFLATCINGVCWTVYHGAGTRTIASPKGPVIQMYTNVDQDLVGWPAPQGSRSLTPCTCGSSDLYLVTRHADVIPVRRRGDSRGSLLSPRPISYLKGSSGGPLLCPAGHAVGLFRAAVCTRGVAKAVDFIPVENLETTMRSGSHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Hepatitis C virus subtype 1a
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	31646
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Peptide KK-NS4A-KK
分子量 formula_weight	2394.0 kDa
突变 mutation	T1676K, T1677K, D1697K, D1698K
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

KKGSVVIVGRIVLSGKPAIIPKK

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	;(1R,2S,5S)-3-{(2S)-2-(2,3-dihydro-1H-inden-2-yl)-2-[({(1S)-2,2-dimethyl-1-[(2-oxopiperidin-1-yl)methyl]propyl}carbamoyl)amino]acetyl}-6,6-dimethyl-N-{(1S)-1-[oxo(prop-2-en-1-ylamino)acetyl]butyl}-3-azabicyclo[3.1.0]hexane-2-carboxamide ;
分子量 formula_weight	718.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	198

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	3kn2A01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 —

结构域编号 domain_id	3kn2A02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	3kn2C01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 —

结构域编号 domain_id	3kn2C02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

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晶胞边长 a length_a	224.486 Å
晶胞边长 b length_b	224.486 Å
晶胞边长 c length_c	75.465 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	36

空间群 space_group	H 3 2
空间群编号 int_tables_number	155
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	35.180 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2000
R_free r_free	0.2640

HCV NS3 Protease Domain with ketoamide inhibitor

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HCV NS3 Protease Domain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Peptide KK-NS4A-KK

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3kn2__assembly_1__model_1

3kn2__assembly_1__model_1 | I(q)

3kn2__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

HCV NS3 Protease Domain with ketoamide inhibitor

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HCV NS3 Protease Domain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Peptide KK-NS4A-KK

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3kn2__assembly_1__model_1

3kn2__assembly_1__model_1 | I(q)

3kn2__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)