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3knt

Crystal structure of Methanocaldococcus jannaschii 8-oxoguanine glycosylase/lyase in complex with 15mer DNA containing 8-oxoguanine

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

N-glycosylase/DNA lyase

Methanocaldococcus jannaschii

UniProt Q58134

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 同源多聚体 蛋白 4 DNA 8 5'-D(*AP*CP*GP*TP*CP*CP*AP*(8OG)P*GP*TP*CP*TP*AP*CP*C)-3' × 4 5'-D(*TP*GP*GP*TP*AP*GP*AP*CP*CP*TP*GP*GP*AP*CP*G)-3' × 4 SODIUM ION × 4 water × 11 与全部聚合物一致
2 蛋白–DNA 单体 蛋白 1 DNA 2 5'-D(*AP*CP*GP*TP*CP*CP*AP*(8OG)P*GP*TP*CP*TP*AP*CP*C)-3' × 1 5'-D(*TP*GP*GP*TP*AP*GP*AP*CP*CP*TP*GP*GP*AP*CP*G)-3' × 1 SODIUM ION × 1 water × 3 与全部聚合物一致
3 蛋白–DNA 单体 蛋白 1 DNA 2 5'-D(*AP*CP*GP*TP*CP*CP*AP*(8OG)P*GP*TP*CP*TP*AP*CP*C)-3' × 1 5'-D(*TP*GP*GP*TP*AP*GP*AP*CP*CP*TP*GP*GP*AP*CP*G)-3' × 1 SODIUM ION × 1 water × 2 与全部聚合物一致
4 蛋白–DNA 单体 蛋白 1 DNA 2 5'-D(*AP*CP*GP*TP*CP*CP*AP*(8OG)P*GP*TP*CP*TP*AP*CP*C)-3' × 1 5'-D(*TP*GP*GP*TP*AP*GP*AP*CP*CP*TP*GP*GP*AP*CP*G)-3' × 1 SODIUM ION × 1 water × 3 与全部聚合物一致
5 蛋白–DNA 单体 蛋白 1 DNA 2 5'-D(*AP*CP*GP*TP*CP*CP*AP*(8OG)P*GP*TP*CP*TP*AP*CP*C)-3' × 1 5'-D(*TP*GP*GP*TP*AP*GP*AP*CP*CP*TP*GP*GP*AP*CP*G)-3' × 1 SODIUM ION × 1 water × 3 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体
3fhf

共 1 个 assembly

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
3knt 3knt 3knt 3knt 3knt

共 5 个 assembly

查看构建体与数据证据
UniProt名称 OGG1_METJA
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–207； UniProt 1–207 作者链 B； PDB构建体 1–207； UniProt 1–207 作者链 C； PDB构建体 1–207； UniProt 1–207 作者链 D； PDB构建体 1–207； UniProt 1–207

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3knt
沉积日期 deposition_date2009-11-12
结构标题 titleCrystal structure of Methanocaldococcus jannaschii 8-oxoguanine glycosylase/lyase in complex with 15mer DNA containing 8-oxoguanine
关键词 keywords;protein-DNA complex, OGG, HELIX-HAIRPIN-HELIX, GLYCOSYLASE, 8-OXOGUANINE, 8-OXOG, DNA repair, DNA damage, Glycosidase, Multifunctional enzyme, Nuclease, HYDROLASE, LYASE-DNA complex ;; HYDROLASE, LYASE/DNA
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3knt__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3knt__assembly_2__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3knt__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置，不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg（Guinier）20.51 Å
Rg（电子密度）19.22 Å
总 Rg20.19 Å
原子数2364
残基数236
排除体积40474 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 3knt__assembly_1__model_1 dodecameric （12） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 3knt__assembly_2__model_1 trimeric （3） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
3 1 3knt__assembly_3__model_1 trimeric （3） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
4 1 3knt__assembly_4__model_1 trimeric （3） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
5 1 3knt__assembly_5__model_1 trimeric （3） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id3kntA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology1670 — Endonuclease Iii, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Helix-hairpin-Helix base-excision DNA repair enzymes (C-terminal)
结构域编号 domain_id3kntA02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology340 — Endonuclease III; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Hypothetical protein; domain 2
结构域编号 domain_id3kntB01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology1670 — Endonuclease Iii, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Helix-hairpin-Helix base-excision DNA repair enzymes (C-terminal)
结构域编号 domain_id3kntB02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology340 — Endonuclease III; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Hypothetical protein; domain 2
结构域编号 domain_id3kntC01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology1670 — Endonuclease Iii, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Helix-hairpin-Helix base-excision DNA repair enzymes (C-terminal)
结构域编号 domain_id3kntC02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology340 — Endonuclease III; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Hypothetical protein; domain 2
结构域编号 domain_id3kntD01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology1670 — Endonuclease Iii, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Helix-hairpin-Helix base-excision DNA repair enzymes (C-terminal)
结构域编号 domain_id3kntD02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology340 — Endonuclease III; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Hypothetical protein; domain 2
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7. 引用文献 (1)