3kr5

Structure of a protease 4

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 210.5 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

M17 leucyl aminopeptidase

Plasmodium falciparum

UniProt Q8IL11

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 84–605 链 B; UniProt 84–605 链 C; UniProt 84–605 链 D; UniProt 84–605 链 E; UniProt 84–605 链 F; UniProt 84–605 片段:residues 84-605 突变:N152Q, N515Q, N546Q CO3 CARBONATE ION × 6 ZN ZINC ION × 12 BEY (2S)-3-[(R)-[(1S)-1-amino-3-phenylpropyl](hydroxy)phosphoryl]-2-benzylpropanoic acid × 6 SO4 SULFATE ION × 8 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 17 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8.5;298 K;40% PEG 400, 0.1M Tris pH 8.5, 0.2M LiSO4, 1mM TCEP, 1mM ZnCl2, 1mM Co4/BEY, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 2.56 Å R-free 0.278
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 84–605 链 H; UniProt 84–605 链 I; UniProt 84–605 链 J; UniProt 84–605 链 K; UniProt 84–605 链 L; UniProt 84–605 片段:residues 84-605 突变:N152Q, N515Q, N546Q CO3 CARBONATE ION × 6 ZN ZINC ION × 12 BEY (2S)-3-[(R)-[(1S)-1-amino-3-phenylpropyl](hydroxy)phosphoryl]-2-benzylpropanoic acid × 6 SO4 SULFATE ION × 7 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 20 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8.5;298 K;40% PEG 400, 0.1M Tris pH 8.5, 0.2M LiSO4, 1mM TCEP, 1mM ZnCl2, 1mM Co4/BEY, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 2.56 Å R-free 0.278

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 16 个其他 PDB 条目、30 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q8IL11_PLAF7
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–522; UniProt 84–605 作者链 B; PDB构建体 1–522; UniProt 84–605 作者链 C; PDB构建体 1–522; UniProt 84–605 作者链 D; PDB构建体 1–522; UniProt 84–605 作者链 E; PDB构建体 1–522; UniProt 84–605 作者链 F; PDB构建体 1–522; UniProt 84–605 作者链 G; PDB构建体 1–522; UniProt 84–605 作者链 H; PDB构建体 1–522; UniProt 84–605 作者链 I; PDB构建体 1–522; UniProt 84–605 作者链 J; PDB构建体 1–522; UniProt 84–605 作者链 K; PDB构建体 1–522; UniProt 84–605 作者链 L; PDB构建体 1–522; UniProt 84–605

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3kr5

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3kr5
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3kr5
沉积日期 deposition_date2009-11-17
结构标题 titleStructure of a protease 4
关键词 keywordsprotease, Aminopeptidase, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier70.73
回转半径 Rg (电子) rg_electron71.00
零角强度 I(0) i06098070000.00
分子量 molecular_weight685270.0 kDa
排除体积 excluded_volume865440 ų
包络体积 envelope_volume1131300 ų
水化壳体积 shell_volume131190 ų
包络直径 envelope_diameter243.0
壳层 Rg shell_rg69.86
包络 Rg envelope_rg69.84
形状 Rg shape_rg71.02
总 Rg total_rg70.89
总原子数 total_atoms48130
残基数 n_residues6165
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax210.5
Rg (实空间) rg_real70.71
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.09
I(0) (实空间) i0_real6.0850e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.2040e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal69.55
I(0) (倒空间) i0_reciprocal6080000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8039
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary57.4
偏度 Skewness skewness0.391
峰度 Kurtosis kurtosis-0.725
角度范围 angular_range— – 0.1100 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0152
最高正则化参数 α highest_alpha1789000000.0000
实空间数据点数 n_real_points23
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.823; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.976; Smooth: 0.002

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

CATH v4.4 (24 domains)

结构域编号 domain_id3kr5A01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology220 — Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1
结构域编号 domain_id3kr5A02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Zn peptidases
结构域编号 domain_id3kr5B01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology220 — Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1
结构域编号 domain_id3kr5B02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Zn peptidases
结构域编号 domain_id3kr5C01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology220 — Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1
结构域编号 domain_id3kr5C02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Zn peptidases
结构域编号 domain_id3kr5D01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology220 — Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1
结构域编号 domain_id3kr5D02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Zn peptidases
结构域编号 domain_id3kr5E01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology220 — Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1
结构域编号 domain_id3kr5E02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Zn peptidases
结构域编号 domain_id3kr5F01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology220 — Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1
结构域编号 domain_id3kr5F02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Zn peptidases
结构域编号 domain_id3kr5G01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology220 — Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1
结构域编号 domain_id3kr5G02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Zn peptidases
结构域编号 domain_id3kr5H01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology220 — Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1
结构域编号 domain_id3kr5H02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Zn peptidases
结构域编号 domain_id3kr5I01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology220 — Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1
结构域编号 domain_id3kr5I02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Zn peptidases
结构域编号 domain_id3kr5J01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology220 — Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1
结构域编号 domain_id3kr5J02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Zn peptidases
结构域编号 domain_id3kr5K01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology220 — Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1
结构域编号 domain_id3kr5K02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Zn peptidases
结构域编号 domain_id3kr5L01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology220 — Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1
结构域编号 domain_id3kr5L02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Zn peptidases

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)