3ks2

Crystal Structure of Type-III Secretion Chaperone IpgC from Shigella flexneri (residues 10-155)

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chaperone protein ipgC

Shigella flexneri

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	无其他共同聚合物	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	无其他共同聚合物	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	无其他共同聚合物	与蛋白数一致
4	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	无其他共同聚合物	与蛋白数一致
5	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	无其他共同聚合物	与蛋白数一致
6	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	无其他共同聚合物	与蛋白数一致
7	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	无其他共同聚合物	与蛋白数一致
8	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	无其他共同聚合物	与蛋白数一致
9	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	无其他共同聚合物	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	IPGC_SHIFL
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 6–151； UniProt 10–155 作者链 B； PDB构建体 6–151； UniProt 10–155 作者链 C； PDB构建体 6–151； UniProt 10–155 作者链 D； PDB构建体 6–151； UniProt 10–155 作者链 E； PDB构建体 6–151； UniProt 10–155 作者链 F； PDB构建体 6–151； UniProt 10–155 作者链 G； PDB构建体 6–151； UniProt 10–155 作者链 H； PDB构建体 6–151； UniProt 10–155 作者链 I； PDB构建体 6–151； UniProt 10–155 作者链 J； PDB构建体 6–151； UniProt 10–155 作者链 K； PDB构建体 6–151； UniProt 10–155 作者链 L； PDB构建体 6–151； UniProt 10–155 作者链 M； PDB构建体 6–151； UniProt 10–155 作者链 N； PDB构建体 6–151； UniProt 10–155 作者链 O； PDB构建体 6–151； UniProt 10–155 作者链 P； PDB构建体 6–151； UniProt 10–155 作者链 Q； PDB构建体 6–151； UniProt 10–155 作者链 R； PDB构建体 6–151； UniProt 10–155

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3ks2
沉积日期 deposition_date	2009-11-20
结构标题 title	Crystal Structure of Type-III Secretion Chaperone IpgC from Shigella flexneri (residues 10-155)
关键词 keywords	TPR motif, Chaperone, Virulence; CHAPERONE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3ks2__assembly_3__model_1

Assembly 3 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3ks2__assembly_3__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3ks2__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	25.19 Å
Rg（电子密度）	24.99 Å
总 Rg	25.72 Å
原子数	2228
残基数	274
排除体积	39922 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3ks2__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3ks2__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`3ks2__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`3ks2__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`3ks2__assembly_5__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`3ks2__assembly_6__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
7	1	`3ks2__assembly_7__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
8	1	`3ks2__assembly_8__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
9	1	`3ks2__assembly_9__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

CATH v4.4 (18 domains)

结构域编号 domain_id	3ks2A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Tetratricopeptide repeat domain

结构域编号 domain_id	3ks2B00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Tetratricopeptide repeat domain

结构域编号 domain_id	3ks2C00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Tetratricopeptide repeat domain

结构域编号 domain_id	3ks2D00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Tetratricopeptide repeat domain

结构域编号 domain_id	3ks2E00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Tetratricopeptide repeat domain

结构域编号 domain_id	3ks2F00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Tetratricopeptide repeat domain

结构域编号 domain_id	3ks2G00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Tetratricopeptide repeat domain

结构域编号 domain_id	3ks2H00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Tetratricopeptide repeat domain

结构域编号 domain_id	3ks2I00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Tetratricopeptide repeat domain

结构域编号 domain_id	3ks2J00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Tetratricopeptide repeat domain

结构域编号 domain_id	3ks2K00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Tetratricopeptide repeat domain

结构域编号 domain_id	3ks2L00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Tetratricopeptide repeat domain

结构域编号 domain_id	3ks2M00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Tetratricopeptide repeat domain

结构域编号 domain_id	3ks2N00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Tetratricopeptide repeat domain

结构域编号 domain_id	3ks2O00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Tetratricopeptide repeat domain

结构域编号 domain_id	3ks2P00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Tetratricopeptide repeat domain

结构域编号 domain_id	3ks2Q00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Tetratricopeptide repeat domain

结构域编号 domain_id	3ks2R00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Tetratricopeptide repeat domain

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晶胞边长 a length_a	140.496 Å
晶胞边长 b length_b	71.474 Å
晶胞边长 c length_c	171.012 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	93.86 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	36

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.300 Å
最低分辨率 resolution_low	46.726 Å
R 因子 r_factor	0.2605
R_work r_work	0.2588
R_free r_free	0.2962

描述 description	Chaperone protein ipgC
分子量 formula_weight	17129.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	18

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R
原子数 atom_count	20052

Crystal Structure of Type-III Secretion Chaperone IpgC from Shigella flexneri (residues 10-155)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chaperone protein ipgC

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3ks2__assembly_3__model_1

3ks2__assembly_3__model_1 | I(q)

3ks2__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

CATH v4.4 (18 domains)

7. 引用文献 (1)

来源生物 organism	Shigella flexneri
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	623
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Crystal Structure of Type-III Secretion Chaperone IpgC from Shigella flexneri (residues 10-155)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chaperone protein ipgC

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3ks2__assembly_3__model_1

3ks2__assembly_3__model_1 | I(q)

3ks2__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

CATH v4.4 (18 domains)

7. 引用文献 (1)