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3ksb

Detailed structural insight into the DNA cleavage complex of type IIA topoisomerases (re-sealed form)

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA topoisomerase 4 subunit A

Streptococcus pneumoniae

UniProt P72525

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 4 DNA 2 DNA topoisomerase 4 subunit B × 2 （Q59961） 5'-D(*AP*CP*CP*AP*AP*GP*GP*T*CP*AP*TP*GP*AP*AP*TP*GP*AP*CP*TP*AP*TP*GP*CP*AP*CP*GP*TP*AP*AP*AP*AP*CP*AP*G)-3' × 1 5'-D(*CP*TP*GP*TP*TP*TP*TP*A*CP*GP*TP*GP*CP*AP*TP*AP*GP*TP*CP*AP*TP*TP*CP*AP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*TP*GP*GP*T)-3' × 1 MAGNESIUM ION × 2 water × 2 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体

暂无

同源二聚体
2nov 2nov

共 2 个 assembly

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
3foe 3fof 3k9f 3ksa 3ksb 3ltn 3rad 3rae 3raf 4juo 4koe 4kpe

共 18 个 assembly，这里只显示前 12 个

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PARC_STRPN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–488； UniProt 1–488 作者链 B； PDB构建体 1–488； UniProt 1–488

DNA topoisomerase 4 subunit B

Streptococcus pneumoniae

UniProt Q59961

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 4 DNA 2 DNA topoisomerase 4 subunit A × 2 （P72525） 5'-D(*AP*CP*CP*AP*AP*GP*GP*T*CP*AP*TP*GP*AP*AP*TP*GP*AP*CP*TP*AP*TP*GP*CP*AP*CP*GP*TP*AP*AP*AP*AP*CP*AP*G)-3' × 1 5'-D(*CP*TP*GP*TP*TP*TP*TP*A*CP*GP*TP*GP*CP*AP*TP*AP*GP*TP*CP*AP*TP*TP*CP*AP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*TP*GP*GP*T)-3' × 1 MAGNESIUM ION × 2 water × 2 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体

暂无

同源二聚体
5j5q

共 1 个 assembly

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
3foe 3fof 3k9f 3ksa 3ksb 3ltn 3rad 3rae 3raf 4juo 4koe 4kpe

共 19 个 assembly，这里只显示前 12 个

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PARE_STRPN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C； PDB构建体 25–268； UniProt 404–647 作者链 D； PDB构建体 25–268； UniProt 404–647

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3ksb
沉积日期 deposition_date2009-11-21
结构标题 titleDetailed structural insight into the DNA cleavage complex of type IIA topoisomerases (re-sealed form)
关键词 keywords;Topoisomerase, protein-DNA cleavage complex, Streptococcus pneumoniae, DNA-binding, nucleotide-binding, quinolone, Sealed DNA form, ISOMERASE-DNA COMPLEX ;; ISOMERASE/DNA
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3ksb__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3ksb__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 108 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3ksb__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置，不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg（Guinier）35.68 Å
Rg（电子密度）35.70 Å
总 Rg36.06 Å
原子数10597
残基数1409
排除体积185850 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 3ksb__assembly_1__model_1 hexameric （6） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd3ksba_
类 Class classe — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold folde.11 — Type II DNA topoisomerase C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamilye.11.1 — Type II DNA topoisomerase C-terminal domain-like
家族 Family familye.11.1.1 — Type II DNA topoisomerase C-terminal domain-like
结构域编号 domain_idd3ksbb_
类 Class classe — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold folde.11 — Type II DNA topoisomerase C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamilye.11.1 — Type II DNA topoisomerase C-terminal domain-like
家族 Family familye.11.1.1 — Type II DNA topoisomerase C-terminal domain-like
结构域编号 domain_idd3ksbc_
类 Class classe — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold folde.78 — DNA gyrase B, C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamilye.78.1 — DNA gyrase B, C-terminal domain-like
家族 Family familye.78.1.1 — DNA gyrase B, C-terminal domain
结构域编号 domain_idd3ksbd_
类 Class classe — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold folde.78 — DNA gyrase B, C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamilye.78.1 — DNA gyrase B, C-terminal domain-like
家族 Family familye.78.1.1 — DNA gyrase B, C-terminal domain

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id3ksbC00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily670 —
结构域编号 domain_id3ksbD00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily670 —
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7. 引用文献 (2)