SAXSdb — 3kup

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chromobox protein homolog 3

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 110–173 链 B； UniProt 110–173	片段：Chromo Shadow Domain (UNP residues 110-173)	UNX UNKNOWN LIGAND × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；30% PEG1500, 0.2M sodium chloride, 0.1M HEPES, 5% MPD, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.77 Å R-free 0.261
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 110–173 链 D； UniProt 110–173	片段：Chromo Shadow Domain (UNP residues 110-173)	UNX UNKNOWN LIGAND × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；30% PEG1500, 0.2M sodium chloride, 0.1M HEPES, 5% MPD, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.77 Å R-free 0.261

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3KUP	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2L11 Solution NMR structure of the Cbx3 in complex with H3K9me3 peptide 提交 2010-07-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 29–81（53 aa）片段：UNP Residues 29-81	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）200；压力 ambient NMR样品组成 20 mM sodium phosphate, 200 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 1 mM TCEP, 0.5 mM PMSF, 1 mM Benzamidine, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
3DM1 Crystal structure of the complex of human chromobox homolog 3 (CBX3) with peptide 提交 2008-06-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 29–86（58 aa）片段：Chromo 1 domain: Residues 29-86	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.5 microliter of the protein solution mixed with with 1.5 microliter of the reservoir solution containing 40% PEG 550 MME, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.267
3DM1 Crystal structure of the complex of human chromobox homolog 3 (CBX3) with peptide 提交 2008-06-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 29–86（58 aa）片段：Chromo 1 domain: Residues 29-86	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.5 microliter of the protein solution mixed with with 1.5 microliter of the reservoir solution containing 40% PEG 550 MME, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.267
3DM1 Crystal structure of the complex of human chromobox homolog 3 (CBX3) with peptide 提交 2008-06-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 29–86（58 aa）片段：Chromo 1 domain: Residues 29-86	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.5 microliter of the protein solution mixed with with 1.5 microliter of the reservoir solution containing 40% PEG 550 MME, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.267
3DM1 Crystal structure of the complex of human chromobox homolog 3 (CBX3) with peptide 提交 2008-06-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 29–86（58 aa）片段：Chromo 1 domain: Residues 29-86	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.5 microliter of the protein solution mixed with with 1.5 microliter of the reservoir solution containing 40% PEG 550 MME, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.267
3DM1 Crystal structure of the complex of human chromobox homolog 3 (CBX3) with peptide 提交 2008-06-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 29–86（58 aa）片段：Chromo 1 domain: Residues 29-86 链 C 29–86（58 aa）片段：Chromo 1 domain: Residues 29-86 链 E 29–86（58 aa）片段：Chromo 1 domain: Residues 29-86 链 G 29–86（58 aa）片段：Chromo 1 domain: Residues 29-86	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.5 microliter of the protein solution mixed with with 1.5 microliter of the reservoir solution containing 40% PEG 550 MME, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.267
3TZD Crystal structure of the complex of Human Chromobox Homolog 3 (CBX3) 提交 2011-09-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 29–81（53 aa）片段：UNP residues 29-81	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；300 K；peg, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 300K	分辨率 1.81 Å R-free 0.231
5T1I CBX3 chromo shadow domain in complex with histone H3 peptide 提交 2016-08-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 110–176（67 aa）片段：unp residues 110-176 链 B 110–176（67 aa）片段：unp residues 110-176	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M sodium chloride, 0.1 M Hepes, 5% Ethylene Glycol	分辨率 1.60 Å R-free 0.239
6HW2 The Crystal Structure of CaV beta4c in complex with HP1gamma chromo shadow domains 提交 2018-10-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 109–183（75 aa）链 C 109–183（75 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4 GOL GLYCEROL × 1 BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 5 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；292 K；0.15 M NaCl, 12-14% PEG 3350 , pH 5.0, calcium acetate, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K	分辨率 1.94 Å R-free 0.209
9OSC Crystal structure of HP1gamma chromoshadow domain in complex with KAP1 peptide 提交 2025-05-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 110–176（67 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；1.0 M LiCl2, 0.1 M citrate buffer pH 4.0, and 20% PEG6000	分辨率 1.77 Å R-free 0.236

共 6 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CBX3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–65； UniProt 110–173 作者链 B； PDB构建体 2–65； UniProt 110–173 作者链 C； PDB构建体 2–65； UniProt 110–173 作者链 D； PDB构建体 2–65； UniProt 110–173

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3kup
沉积日期 deposition_date	2009-11-27
结构标题 title	Crystal Structure of the CBX3 Chromo Shadow Domain
关键词 keywords	;chromo shadow domain, Structural Genomics Consortium, SGC, Chromatin regulator, Nucleus, Phosphoprotein, Repressor, Transcription, Transcription regulation ;; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

该条目暂无 SAXS 数据。

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

该条目暂无 P(r) 分析数据。

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Chromobox protein homolog 3
分子量 formula_weight	7226.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	1959

GAADKPRGFARGLDPERIIGATDSSGELMFLMKWKDSDEADLVLAKEANMKCPQIVIAFYEERLT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	UNKNOWN ATOM OR ION
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	115

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d3kupa_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.34.13 — Chromo domain-like
家族 Family family	b.34.13.2 — Chromo domain

结构域编号 domain_id	d3kupb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.34.13 — Chromo domain-like
家族 Family family	b.34.13.2 — Chromo domain

结构域编号 domain_id	d3kupc_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.34.13 — Chromo domain-like
家族 Family family	b.34.13.2 — Chromo domain

结构域编号 domain_id	d3kupd_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.34.13 — Chromo domain-like
家族 Family family	b.34.13.2 — Chromo domain

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	3kupA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

结构域编号 domain_id	3kupB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

结构域编号 domain_id	3kupC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

结构域编号 domain_id	3kupD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	44.063 Å
晶胞边长 b length_b	75.936 Å
晶胞边长 c length_c	85.944 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.770 Å
最低分辨率 resolution_low	19.546 Å
R 因子 r_factor	0.2220
R_work r_work	0.2210
R_free r_free	0.2610

Crystal Structure of the CBX3 Chromo Shadow Domain